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GOSemSim公司

GO-术语语义相似性度量


生物导体版本:释放(3.18)

基因本体(GO)注释的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量方法,并成为许多生物信息学分析方法的重要基础。GOSemSim是一个R包,用于计算GO术语、GO术语集、基因产品和基因簇之间的语义相似性。GOSemSim实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种方法。

作者:余光创[aut,cre],阿列克谢·斯图卡洛夫[ctb],郭平凡[ctb].肖传乐[ctb4],Lluís Revilla Sancho[ctb]

维护人员:Guanghuang Yu(广创语)

引文(从R中输入引文(“GOSemSim”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“GOSemSim”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“GOSemSim”)
GOSemSim公司 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,聚类,GO(开始),网络,路径,软件
版本 2.28.1
在生物导体中 生物化学2.4(R-2.9)(15年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0)
进口 注释Dbi,政府.db,方法,rlang,stats,utils,yulab.utils
系统要求
统一资源定位地址 https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
错误报告 https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/问题
查看更多
建议 批注中心,生物技术经理,clusterProfiler(群集探查器),剂量、knitr、readr、rmarkdown、,组织Hs.eg.db、prettydoc、testtat、tidyr、tidyselect、ROCR
链接到 卢比
增强功能
取决于我 t跑步机
导入我 clusterProfiler(群集探查器),剂量,浓缩图,网格,卢比,rrvgo公司,简单丰富,ViSEAGO公司
建议我 生物活性炭,epiNEM公司,FELLA公司,SemDist公司
链接到我
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 GOSemSim_2.28.1.tar.gz标准
Windows二进制 GOSemSim_2.28.1压缩
macOS二进制(x86_64) GOSemSim_2.28.1.tgz标准
macOS二进制(arm64) GOSemSim_2.28.1.tgz标准
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOSemSim网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/GOSemSim
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GOSemSim网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GOSemSim网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档