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M数据库

质谱和蛋白质组学的基本函数和类别


生物导体版本:发布(3.18)

MSnbase为质谱和蛋白质组学数据的操作、处理和可视化提供了基础设施,包括原始数据、定量数据和注释数据。

作者:Laurent Gatto、Johannes Rainer和Sebastian Gibb的贡献来自Guanghuang Yu、Samuel Wieczorek、Vasile-Cosmin Lazar、Vladislav Petyuk、Thomas Naake、Richie Cotton、Arne Smits、Martina Fisher、Ludger Goeminne、Adrian Sticker、Lieven Clement和Pascal Maas。

维护人员:劳伦特·加托在uclouvane.be>

引文(从R中输入引文(“MSnbase”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MSnbase”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“MSnbase”)
“MSnbase”开发简介 HTML格式 R脚本
基于MS的蛋白质组学的基本函数和类 HTML格式 R脚本
MSnbase基准 HTML格式 R脚本
MSnbase IO功能 HTML格式 R脚本
MSnbase:剖面模式MS数据的中心 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 数据导入,免疫肿瘤学,基础设施,质谱学,蛋白质组学,质量控制,软件
版本 2.28.1
在生物导体中 生物技术2.8(R-2.13)(13年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5),方法,生物遗传学(>= 0.7.1),博科生物(>= 2.15.2),毫兹罗(>= 2.29.3),S4矢量,ProtGenerics公司(>=1.29.1)
进口 MsCoreUtils(MsCore实用程序),生物并行,I范围(>=2.13.28),年,vsn(vsn),网格,统计4,阿菲,插补,pca方法,麦地喹(>=1.16),mz标识(>=1.5.2)、摘要、晶格、ggplot2、XML、尺度、MASS、Rcpp
系统要求
统一资源定位地址 https://lgatto.github.io/MSnbase网站
错误报告 https://github.com/lgatto/MSnbase/issues网站
查看更多
建议 testtat、pryr、gridExtra、microbenchmark、zoo、knitr(>=1.1.0),角色,雷迪索,pRoloc公司,pRolocdata公司(>= 1.7.1),msdata(msdata)(>=0.19.3),氧,rgl,rpx公司,批注中心,仿生风格(>=2.5.19),rmarkdown,imputeLCMD,normal,gplots,shinny,magrittr,总结性实验
链接到 卢比
增强功能
取决于我 带子,DAPAR数据,移动变压器,msmsEDA公司,msms测试,pRoloc公司,pRolocdata公司,pRolocGUI,qPLEX分析仪,蛋白质组学研究,突触,xcms公司
导入我 小集团MS,俱乐部ID,DAPAR公司,环境保护部,MSnID(MSnID),MS统计QC,峰值脉冲,优先购买权,ptairMS公司,qPLEX数据,R银行,自上而下的
建议我 批注中心,生物扫帚,生物遗传学,等压线,msdata(msdata),ms纯度,msqrob2型,项目开发署,qc度量,湿塑性塑料
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 MS数据库_2.28.1.tar.gz
Windows二进制 MSnbase_2.28.1.zip
macOS二进制(x86_64) MS数据库_2.28.1.tgz
macOS二进制(arm64) MS数据库_2.28.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:程序包/M数据库
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSnbase网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/MSnbase网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档