卫星
批量和单细胞RNA测序应用中差异转录本使用的可缩放分析
生物导体版本:释放(3.18)
satuRn为执行差异转录使用分析提供了一个高性能和可扩展的框架。该包包含三个主要功能。第一个函数fitDTU适用于模拟不同兴趣组中转录物使用情况的准肿瘤广义线性模型。第二个函数testDTU测试感兴趣的组之间的转录本的差异使用。最后,plotDTU将感兴趣的成绩单的使用情况可视化。
作者:杰伦·吉利斯【aut,cre】,克里斯托弗·维廷·塞鲁普【ctb】,科恩·范登贝尔热【ctb),列文·克莱门特【ctb
维护人员:杰伦·吉利斯(Jeroen Gilis)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“satuRn”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文件
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“satuRn”)
细节
生物视图 |
差异表达式,实验设计,基因表达式,多重比较,RNA序列,回归,排序,单个单元格,软件,转录组学,可视化 |
版本 |
1.10.0 |
在生物导体中 |
生物化学3.13(R-4.1)(3年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
位置(locfdr),总结性实验,生物并行,利马,pbapply,ggplot2,引导,矩阵,统计,方法,图形 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/statOmics/satuRn |
错误报告 |
https://github.com/statOmics/satuRn/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。