此网站上的搜索功能当前不可用。
使用谷歌搜索类型网址:bioconductor.org“搜索词”在浏览器中。

毫兹罗

netCDF、mzXML、mzData以及mzML和mzIdentML文件的解析器(质谱数据)


生物导体版本:释放(3.18)

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了mzXML、mzML和mzIdentML的蛋白质组向导库子集。netCDF读取代码以前曾在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer、Steffen Neumann、Laurent Gatto、Qiang Kou、Johannes Rainer

维护人员:Steffen Neumann在ipb-halle.de>

引文(从R中输入引文(“mzR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“mzR”)

对于旧版本的R,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“mzR”)
获取原始质谱和鉴定数据 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,免疫肿瘤学,基础设施,质谱学,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本 2.36.0
在生物导体中 生物C 2.9(R-2.14)(12.5岁)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),Rcpp(>=0.10.1),方法,实用程序
进口 博科生物,生物遗传学(>= 0.13.6),ProtGenerics公司(>=1.17.3),ncdf4
系统要求 C++11,GNU制造
统一资源定位地址 https://github.com/sneumann/mzR/
错误报告 https://github.com/sneumann/mzR/问题/
查看更多
建议 msdata(msdata)(>=0.15.1),单位,mzID,仿生风格(>=2.5.19),knitr,XML,rmarkdown
链接到 卢比,Rhdf5库(>=1.1.4)
增强功能
取决于我 M数据库
导入我 内收体R,俱乐部ID,DIALINR(直径),MSnID(MSnID),ms纯度,峰值脉冲,R银行,SIMAT公司,目标诱饵,自上而下,xcms公司,山药
建议我 批注中心,元注释,MsBackendRawFileReader,MsBackendSql,msdata(msdata),MsDataHub(消息数据中心),理学硕士实验,MsQuality(消息质量),PS匹配,qc度量,蛋白质组学研究,光谱
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 mzR_2.36.0.tar.gz
Windows二进制 mzR_2.36.0.zip码
macOS二进制(x86_64) 毫瓦R_2.36.0.tgz
macOS二进制(arm64) 毫瓦R_2.36.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/mzR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/mzR网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/mzR/
软件包下载报告 下载统计信息