hi注释器

用于注释GRanges对象的函数

生物导体版本：释放（3.18）

hiAnnotator包含一组函数，允许用户使用自定义注释集注释GRanges对象。该包的基本原理是获取两个带有公共序列名集（即染色体）的GRanges对象（查询和主题），并根据序列名和查询中的行返回相关注释，以匹配序列名和主题中的行（即基因或cpg岛）。该包提供了三种类型的注释函数，用于计算查询的位置是否为：在要素内、要素附近或在定义的窗口大小中统计要素。此外，每个函数都配备了并行后端以利用foreach包。此外，该包还配备了包装器函数，可以从公共数据帧中找到创建GRanges对象所需的适当列。

作者：尼拉夫·马拉尼

维护人员：Nirav V Malani＜gmail.com上的malnirav＞

引文（从R中输入引文（“hiAnnotator”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“hiAnnotator”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“hiAnnotator”）

使用hiAnnotator	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	注释,软件
版本	1.36.0
在生物导体中	生物技术3.0（R-3.1）（9.5年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	基因组范围，R（>=2.10）
进口	foreach、迭代器、，rtracklayer公司、dplyr、，牛基因组，ggplot2，刻度，方法
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织衫，doParallel，测试，生物遗传学，降价
链接到
增强功能
取决于我	hiReads处理器
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	hi注释器_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	hiAnnotator_1.36.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	hiAnnotator_1.36.0.tgz
macOS二进制（arm64）	hiAnnotator_1.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiAnnotator网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/hiAnnotator
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hiAnnotator（注释器）/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/hiAnnotator网站/
软件包下载报告	下载统计信息