丰富TF
转录因子富集分析
生物导体版本：释放（3.18）
由于转录因子（TF）通过单独或以组合方式与基因组结合，在调节转录过程中起着关键作用，因此TF富集分析是从一组实验定义的调控区域中定位候选功能TF的有效而重要的过程。虽然人们普遍认为结构相关的TF可能与序列（即基序）具有类似的结合偏好，并且一个TF可能具有多个基序，但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里，我们提出了一个用于TF富集分析的R包，该包将基序富集与PECA模型相结合。
作者：郑伟、扎娜·杜伦、闪亮马
维护人员：郑伟在斯坦福大学
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“enrichTF”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文件
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“enrichTF”）
细节
| 生物视图 |
基因目标,图形和网络,Motif注释,软件,转录 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.9（R-3.6）（5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
管道框架 |
| 进口 |
牛基因组,rtracklayer公司,图案匹配器,TFBS工具、R.utils、方法、，2018年日本,基因组信息Db,基因组范围,I范围,生物遗传学,S4载体、utils、parallel、stats、ggpubr、heatmap3、ggplot2、，集群探查器、rmarkdown、grDevices、magrittr |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/wzthu/encrichTF |
| 错误报告 |
https://github.com/wzthu/enrichTF/issues |
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程序包档案
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