类人猿:系统发育和进化分析

用于读取、写入、绘制和操作系统发育树的功能,在系统发育框架中分析比较数据,祖先特征分析,多样性和宏观进化分析,计算与DNA序列的距离,读取和写入核苷酸序列,以及从BioConductor导入,以及一些工具,如Mantel的测试、广义天际线图、系统发育数据的图形化探索(alex、trex、kronoviz)、使用平均路径长度和惩罚可能性估计绝对进化率和钟型树、用非暂时序列测定树的年代、将DNA转换为AA序列、,并评估序列比对。可以使用NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM和三角形方法以及处理不完全距离矩阵的几种方法(NJ*、BIONJ*、MVR*和相应的三角形方法)进行系统发育估计。一些函数调用外部应用程序(PhyML、Clustal、T-Coffee、Muscle),其结果返回到R。

版本: 5.8
取决于: R(≥3.2.0)
进口: 国家实验室,晶格,图形,方法,统计,实用程序,并行,卢比(≥ 0.12.0),消化
链接到: 卢比
建议: 向右,矩阵指数函数,记录仪,潘戈恩
出版: 2024年4月11日
作者: 伊曼纽尔·帕拉迪斯ORCID标识[aut,cre,cph],西蒙·布隆伯格ORCID标识[aut,cph],本·博尔克ORCID标识[自动,cph],瑟夫·布朗ORCID标识[aut,cph],圣地亚哥·克拉拉蒙特ORCID标识[aut,cph],朱利安·克劳德ORCID标识[aut,cph],Hoa Sien Cuong【aut,cph】,理查德·德斯珀,吉勒斯·迪迪尔ORCID标识[aut,cph],贝诺伊特·杜兰德[aut,cph],朱利安·杜泰尔ORCID标识[aut,cph],RJ尤因[aut,cph],Olivier Gascuel【aut,cph】,托马斯·吉勒姆ORCID标识[aut,cph],克里斯托夫·海布尔ORCID标识[aut,cph],安东尼·艾夫斯ORCID标识[aut,cph],布拉德利·琼斯ORCID标识[aut,cph],弗兰兹·克拉ORCID标识[自动,cph],丹尼尔·劳森ORCID标识[aut,cph],文森特·勒福特[aut,cph],皮埃尔·勒让德尔ORCID标识[aut,cph],吉姆·莱蒙,纪尧姆·卢维尔ORCID标识[aut,cph],埃里克·马肯ORCID标识[自动,cph],罗斯玛丽·麦克洛斯基ORCID标识[aut,cph],约翰·尼兰德[aut,cph],Rainer Opgen-Rhein【aut,cph】,安德烈·阿林·波佩斯库[aut,cph],Manuela Royer Carenzi[aut,cph],克劳斯·施利普ORCID标识[aut,cph],科尔比尼安前锋ORCID标识[aut,cph],达米恩·德·维埃纳ORCID标识[aut,cph]
维护人员: 伊曼纽尔·帕拉迪斯。ird.fr>的天堂
错误报告: https://github.com/emmanuelparadis/ape/issues
许可证: GPL-2型|GPL-3公司
网址: https://github.com/emmanuelparadis/ape
需要编译:
引用: 猿类引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 环境计量学,系统发育学
CRAN检查: 猿类结果

文档:

参考手册: ape.pdf文件
渐晕图: 绘制谱系
莫兰的I
随机拓扑

下载内容:

包源: 猿5.8.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:ape_5.8.zip文件,r版本:ape_5.8.zip文件,r-oldrel:ape_5.8.zip文件
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旧来源: 猿类档案

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