ipADMIXTURE:迭代剪枝人口混合推理框架
基于人口结构混合比(Q矩阵)的数据聚类软件包。该框架基于迭代剪枝过程,该过程通过将给定种群拆分为子聚类来执行数据聚类,直到满足与ipPCA、iNJclust和IPCAPS框架相同的停止条件。该软件包还提供了一个检索系统发育树的功能,该系统发育树基于簇之间的相似矩阵构建邻接树。通过给定具有不同数量祖先(K)的多个Q矩阵,该框架将簇i、j之间的类似值定义为最小数量K*,这使得两个簇的大多数成员位于不同的簇中。如果我们基于个体的最大混合比分配K*簇,则此K*反映了将簇i、j拆分为不同簇所需的最小祖先数。本文件包在Chainarong Amornbunchornvej、Pongsakorn Wangkumhang和Sissades Tongsima出版(2020)<doi:10.1101/2020.03.21.001206>.
文档:
下载内容:
链接:
请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=ipADMIXTURE链接到此页面。