ipADMIXTURE:迭代剪枝人口混合推理框架

基于人口结构混合比(Q矩阵)的数据聚类软件包。该框架基于迭代剪枝过程,该过程通过将给定种群拆分为子聚类来执行数据聚类,直到满足与ipPCA、iNJclust和IPCAPS框架相同的停止条件。该软件包还提供了一个检索系统发育树的功能,该系统发育树基于簇之间的相似矩阵构建邻接树。通过给定具有不同数量祖先(K)的多个Q矩阵,该框架将簇i、j之间的类似值定义为最小数量K*,这使得两个簇的大多数成员位于不同的簇中。如果我们基于个体的最大混合比分配K*簇,则此K*反映了将簇i、j拆分为不同簇所需的最小祖先数。本文件包在Chainarong Amornbunchornvej、Pongsakorn Wangkumhang和Sissades Tongsima出版(2020)<doi:10.1101/2020.03.21.001206>.

版本: 0.1.0
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 统计数据,树状图,
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2020-03-26
作者: Chainarong Amornbunchornvej公司ORCID标识[单位,克]
维护人员: Chainarong Amronbunchornvej<grandca at gmail.com>
错误报告: https://github.com/DarkEyes/ipADMIXTURE/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/DarkEyes/ipADMIXTURE网站
需要编译:
语言: 英语-美国
引用: ipADMIXTURE引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: ipADMIXTURE结果

文档:

参考手册: ipADMIXTURE.pdf
守夜人: ipADMIXTURE_demo(ipADMIXTURE_demo)

下载内容:

包源: ipADMIXTURE_.1.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:ipADMIXTURE_0.1.0.zip,r版本:ipADMIXTURE_0.1.0.zip,r-oldrel:ipADMIXTURE_0.1.0.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):ipADMIXTURE-0.1.0.tgz(ipADMIXTURE_0.1.0.tgz),r-oldrel(arm64):ipADMIXTURE-0.1.0.tgz(ipADMIXTURE_0.1.0.tgz),r-版本(x86_64):ipADMIXTURE-0.1.0.tgz(ipADMIXTURE_0.1.0.tgz),r-oldrel(x86_64):ipADMIXTURE-0.1.0.tgz(ipADMIXTURE_0.1.0.tgz)

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