jackalope：一种快速、通用的系统发育和高通量测序模拟器

简单高效模拟（i）来自参考基因组的变异和（ii）来自Illumina的读取<https://www.illumina.com网站/>和太平洋生物科学（PacBio）<https://www.pacb.com/>平台。它既可以从FASTA文件中读取参考基因组，也可以模拟新基因组。基因组变异可以通过摘要统计、系统发育、，变量调用格式（VCF）文件和合并模拟，后者可以包括选择、重组和人口波动。“jackalope”可以模拟Illumina的单读、双读或双读，以及PacBio读数。这些模拟包括测序错误、映射质量、多路复用、，光学/聚合酶链反应（PCR）副本。基于ART模拟Illumina测序黄等人（2012）<doi:10.1093/bioinformatics/btr708>.PacBio测序模拟基于Stöcker等人的SimLoRD（2016）<doi:10.1093/bioinformatics/btw286>.所有输出都可以写入标准文件格式。

版本：	1.1.5
取决于：	R（≥2.10）
进口：	猿,R6级,卢比(≥ 0.12.11),zlibbico公司
链接到：	卢比,RcppArmadillo公司,Rcpp进度,Rhtslib公司,zlibbico公司
建议：	煤,针织物,降价,rmarkdown公司,供应链风险管理,测试那个
出版：	2023-11-28
作者：	卢卡斯·内尔[cph、aut、cre]
维护人员：	Lucas A.Nell<gmail.com上的lucnell>
错误报告：	https://github.com/lucasnell/jackalope/issues网站
许可证：	麻省理工学院+文件许可证
网址：	https://github.com/lucasnell/jackalope网站
需要编译：	对
系统要求：	GNU品牌
引用：	jacklope引文信息
材料：	自述文件 新闻
CRAN检查：	jackalope结果

文档：

参考手册：	杰克罗佩.pdf
渐晕图：	jackalope简介 核苷酸替代模型

下载：

包源：	jackalope_1.1.5.tar.gz
Windows二进制文件：	r-预发布：jackalope_1.1.5.zip，r版本：jackalope_1.1.5.zip，r-oldrel：jackalope_1.1.5.zip
macOS二进制文件：	r-prerel（arm64）：jackalope_1.1.5.tgz，r-release（arm64）：jackalope_1.1.5.tgz，r-oldrel（arm64）：jackalope_1.1.5.tgz，r-prerel（x86_64）：jackalope_1.1.5.tgz，r-release（x86_64）：jackalope_1.1.5.tgz
旧来源：	jackalope档案

链接：

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