GUniFrac:广义UniFrac距离,基于距离的多变量微生物组的方法和基于特征的单变量方法数据分析
一套强大而稳健的微生物群数据分析方法,包括数据规范化、数据模拟、社区级关联测试和差异丰度分析。它实现了广义UniFrac距离、几何平均成对比率(GMPR)归一化、半参数数据模拟器、基于距离的统计方法和基于特征的统计方法。基于距离的统计方法包括PERMANOVA的三个扩展:(1)使用Freedman Lane置换方案的PERMANO_VA,(2)使用多个矩阵的PERMANOVA综合测试,以及(3)近似PERMANOUA p值的分析方法。基于特征的统计方法包括基于线性模型的方法,用于零膨胀高维成分数据的差异丰度分析。
版本: |
1.8 |
取决于: |
R(≥3.5.0) |
进口: |
卢比(≥ 0.12.13),素食主义者,ggplot2,矩阵统计,矩阵,猿,并行,统计,实用程序,随机反演,rmutil公司,杜姆特,MASS(质量),gg排斥,foreach公司,最时髦的,内联,方法 |
链接到: |
卢比 |
建议: |
ade4(ade4),针织物,降价,ggpubr公司 |
出版: |
2023-09-14年 |
作者: |
陈军、张咸阳、杨璐、张路军 |
维护人员: |
陈骏<陈骏2在mayo.edu> |
许可证: |
GPL-3公司 |
需要编译: |
对 |
在视图中: |
系统发育学 |
CRAN检查: |
GUniFrac结果 |
文档:
下载内容:
反向依赖关系:
链接:
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