变体注释

遗传变异注释

生物导体版本：释放（3.19）

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者：Valerie Oberchain[aut]、Martin Morgan[aut'、Michael Lawrence[aut]、Stephanie Gogarten[ctb]、Bioconductor Package Maintainer[cre]

维护人员：生物导体包维护者<Bioconductor.org上的维护者>

引文（从R中输入引文（“变体注释”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“VariantAnnotation”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“变体注释”）

1.VariantAnnotation简介	HTML格式	R脚本
2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量	HTML格式	R脚本
ensemblVEP：将REST API与Bioconductor结合使用	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
读取VCF数据	视频

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	注释，数据导入，遗传学，SNP公司，排序，软件，变量注释
版本	1.50.0
在生物导体中	生物碳2.9（R-2.14）（12.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0.0），方法，生物遗传学(>= 0.37.0),矩阵泛型，基因组信息Db(>= 1.15.2),基因组范围(>= 1.41.5),总结性实验(>= 1.19.5),Rsamtools软件(>= 2.19.1)
进口	utils、DBI、，zlibbico公司，博科生物，S4矢量(>= 0.27.12),I范围(>= 2.23.9),十六矢量(>= 0.29.2),生物串(>= 2.57.2),注释Dbi(>= 1.27.9),rtracklayer公司(>= 1.39.7),牛基因组(>= 1.47.3),基因组特征(>= 1.31.3)
系统要求	GNU品牌
网址

建议	RUnit公司，批注中心，英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19，TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因，SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型，SIFT公司。赫萨皮恩斯.dbSNP132，SIFT公司。赫萨皮恩斯.dbSNP137，PolyPhen公司。赫萨皮恩斯.dbSNP131，snpStats（snpStat），ggplot2，仿生风格、knitr、magick、jsonlite、httr、rjsoncons
链接到	S4矢量，I范围，十六矢量，生物串，Rhtslib公司(>= 2.99.0)
增强功能
取决于我	雪花石膏，注释，CNVrd2号机组，深SNV，解复用SNP，信号群VEP，HelloRanges（HelloRange），HTSeqGenie软件，我变种，PolyPhen公司。赫萨皮恩斯.dbSNP131，PureCN公司，R453Plus 1工具箱，RareVariantVis系列，seqCAT，排序，SIFT公司。赫萨皮恩斯.dbSNP132，SIFT公司。赫萨皮恩斯.dbSNP137，签字人，躯体特征，结构变量注释，服务器编号，变量筛选，变体，变量工具，变量工具数据
导入我	过敏性失衡，APAlyzer公司，大约8R，BadRegionFinder（错误区域查找器），BBC分析仪，biovizBase公司，饼干商，卡德利诺，CNV过滤器，复制数字绘图，宇宙67，crispr设计，自定义ProDB，DAME探测器，去肿瘤2Sig，多米诺效应，表等位基因R，fc扫描，GA4GH客户端，基因组文件，GenVisR系统，ggbio公司，gmapR（gmapR），格瓦斯卡特，gwasurvr公司，冰茶，igvR型，核倍体R，卡特探测器，血统斑点，MADSEQ公司，MMAPPR2（MMAPPR2），motifbreakR图案，MungeSumstats公司，音乐剧，突变模式，ProteoDisco公司，RAIDS公司，scoreInvHap评分，SigsPack系列，SNPhood公司，svaRetro公司，塔达尔，泰坦CNA，tLOH（有毒液体），变速箱R，电视广播公司，Uniquorn公司，UPDhmm（更新），VCF阵列，雅加达，Zygosity预测器
建议我	雪花石膏.files，批注中心，阿什肯纳兹语第21期，BiocParallel公司，单元库R，CNV齿轮，脆皮RVariants，基因组数据共享，基因组范围，基因组得分，GeuvadisTranscriptExpr公司，GWA工具，igv闪亮，ld块，omics打印，podkat公司，RVS公司，SeqArray（序列阵列），闪亮的小鹅，飞溅，超高，系统管道R，轨迹查看器，三人组，vtpnet（vtpnet）
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	变量注释_1.50.0.tar.gz
Windows二进制	变量Annotation_1.50.0.zip
macOS二进制（x86_64）	变量注释_1.50.0.tgz
macOS二进制（arm64）	变体注释_1.50.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/变量注释
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VariantAnnotation网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/VariantAnnotation网站/
软件包下载报告	下载统计信息