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DelayedArray(延迟阵列)

一个统一的框架,用于透明地使用磁盘上和内存中类似阵列的数据集


生物导体版本:释放(3.19)

将类阵列对象(通常是磁盘上的对象)包装在DelayedArray对象中,可以对其执行常见的阵列操作,而无需将对象加载到内存中。为了减少内存使用并优化性能,对象上的操作要么被延迟,要么使用块处理机制执行。注意,这也适用于内存中类似数组的对象,如DataFrame对象(通常带有Rle列)、Matrix对象、普通数组和数据帧。

作者:埃尔维·帕格斯【aut,cre】,亚伦·伦【ctb】,彼得·希基【ctb)

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“DelayedArray”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“DelayedArray”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“DelayedArray”)
1.使用R中的大型阵列(2017年7月的幻灯片) PDF格式 R脚本
2.实现延迟阵列后端 HTML格式
3.DelayedArray/HDF5Array更新(2021年4月的幻灯片) PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,数据表示,基因组注释,基础设施,软件
版本 0.30.1
在生物导体中 生物活性炭3.5(R-3.4)(7年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),方法,统计4,矩阵,生物遗传学(>= 0.43.4),矩阵泛型(>= 1.1.3),S4载体(>=0.27.2),I范围(>= 2.17.3),S4阵列(>= 1.3.5),稀疏阵列(>= 1.1.10)
进口 统计数据
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/DelayedArray网站
错误报告 https://github.com/Bioconductor/DelayedArray/issues网站
查看更多
建议 BiocParallel公司,HDF5阵列(>= 1.17.12),基因过滤器,总结性实验,气道,洛布斯特尔,延迟矩阵统计,针织者,rmarkdown公司,仿生风格,RUnit(运行单位)
链接到 S4载体
增强功能
取决于我 奇哈亚,延迟数据帧,延迟矩阵统计,延迟随机阵列,GDS阵列,HDF5阵列,rhdf5客户端,SCArray公司,单细胞TK,SQL数据帧,平铺DBArray,VCF阵列,restfulSE数据
导入我 副翼SCarial,雪花石膏矩阵,AUCell公司,批处理器,海滩动物,海滩管理员.hdf5,生物奇异性,bsseq公司,CAGEr公司,塞拉夫,塞尔达,ChromS磁带,集群实验,一致性R,CRISPseek公司,细胞描记器,解译X,延迟张量,德斯卡纳2,梦想家,DropletUtils公司,ELMER公司,EWCE公司,流工作区,弗雷泽,基因组得分,全球伽马波依,GSVA公司,希帕提亚,织机实验,马卡隆,水手,mbkmeans(百万美元),有条不紊的,MethReg公司,methrix公司,甲基Sig,米娅,迈阿维兹,米菲,财政部2,多数据,多重分析实验,蒙莫萨,NetActivity(网络活动),网络平滑,NewWave公司,正长岩,正位体,PC工具,残差矩阵,RTCGA工具箱,缩放矩阵,SCArray.sat公司,散射,scDblFinder,sc功能,sc合并,短链甲基安非他明,scPCA公司,尖叫声,卵石,舷窗,签名搜索,单细胞通道实验,单细胞实验,单个R,草图R,拼接向导,总结性实验,变换GamPoi,TSCAN公司,变型实验,速度捕捉器,威特里克斯,x芯,zellkonverter公司,Zygosity预测器,细胞索引,imc数据集,scMultiome公司,scRNA序列,ebv管,scDiffCom公司
建议我 生物遗传学,ChIPpeakAnno公司,格瓦斯卡特,爱马仕,iSEE公司,琵琶,桅杆,矩阵泛型,ProteoDisco公司,S4阵列,S4载体,卫星,稀疏阵列,聚光灯,轨迹实用程序,数字D分拣机,修拉,修饰符对象,空间DDLS
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 延迟阵列-0.30.1.tar.gz
Windows二进制 延迟阵列-0.30.1.zip
macOS二进制(x86_64) 延迟数组_0.30.1.tgz
macOS二进制(arm64) 延迟数组_0.30.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DelayedArray网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DelayedArray
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DelayedArray(网址:https://code.bioconductor.org/browse/DelayedArray)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/DelayedArray网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档