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NewWave公司

scRNA-seq的负二项模型


生物导体版本:释放(3.18)

为scRNA-seq数据的降维和批量效应消除设计的模型。它被设计为可以使用共享对象进行大规模并行化,以防止内存重复,并且可以与不同的微型备份方法一起使用,以减少时间消耗。它假设数据的负二项分布具有分散参数,该参数在基因和基因中都是常见的。

作者:Federico Agostinis[aut,cre],Chiara Romualdi[aut],Gabriele Sales[aut],Davide Risso[aut

维护人员:费德里科·阿戈斯蒂尼斯(Federico Agostinis)<Federico.Agostinis at outlook.com>

引文(从R中输入引文(“NewWave”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“NewWave”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“NewWave”)
渐晕 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果)新闻报道基因表达式回归排序单个单元格软件转录组学
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0),总结性实验
进口 方法,单细胞实验、并行、irlba、矩阵、,DelayedArray(延迟阵列)生物奇异性共享对象,统计信息
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/fedeago/NewWave/issues
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建议 测试,rmarkdown,飞溅、mclust、Rtsne、ggplot2、Rcpp、,仿生风格,尼特尔
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 新浪_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 新波形_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 新浪_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 新浪_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NewWave
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/NewWave
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/NewWave/
包短Url https://bioconductor.org/packages/NewWave/
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