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EWCE公司

此软件包适用于3.18版的Bioconductor。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定版本,请参阅EWCE公司.

表达式加权细胞型富集


生物导体版本:释放(3.18)

用于确定基因列表中富集的细胞类型。该软件包提供了测试简单基因列表(如人类疾病相关基因)和差异表达研究产生的基因富集的工具。该软件包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集,可以在分析中加载和使用用户定义的数据集。

作者:阿兰·墨菲,Brian Schilder[aut],内森·斯凯恩[aut]

维护人员:阿兰·墨菲(Alan Murphy)<alanmurph94,网址:hotmail.com>

引文(从R中输入引文(“EWCE”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“EWCE”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“EWCE”)
扩展示例 HTML格式 R脚本
入门 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物医学信息学,差异表达式,功能基因组学,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,微阵列,一个频道,蛋白质组学,RNA序列,单个单元格,软件,转录,可视化,mRNA微阵列
版本 1.10.2
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.2),RNOmni(>=1.0)
进口 stats、utils、方法,ewce数据(>=1.7.1),dplyr,ggplot2,重塑2,利马,字符串,HGNChelper,矩阵,并行,单细胞实验,总结性实验,DelayedArray(延迟阵列),生物并行,正长岩(>=0.99.8),数据表
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/NathanSkene/EWCE
错误报告 https://github.com/NathanSkene/EWCE/issues网站
查看更多
建议 rworkflow、遥控器、编织器,仿生风格、rmarkdown、testtat(>=3.0.0)、readxl、memoise、markdown、sctransform、,DESeq2公司,桅杆,延迟矩阵统计、ggdendro、鳞片、拼接
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取决于我
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 EWCE_1.10.2.tar.gz
Windows二进制 EWCE_1.10.2.zip码
macOS二进制(x86_64) EWCE_1.10.2.tgz
macOS二进制(arm64) EWCE_1.10.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EWCE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/EWCE
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/EWCE/
包短Url https://bioconductor.org/packages/EWCE/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档