EWCE公司
此软件包适用于3.18版的Bioconductor。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定版本,请参阅EWCE公司.
表达式加权细胞型富集
生物导体版本:释放(3.18)
用于确定基因列表中富集的细胞类型。该软件包提供了测试简单基因列表(如人类疾病相关基因)和差异表达研究产生的基因富集的工具。该软件包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集,可以在分析中加载和使用用户定义的数据集。
作者:阿兰·墨菲,Brian Schilder[aut],内森·斯凯恩[aut]
维护人员:阿兰·墨菲(Alan Murphy)<alanmurph94,网址:hotmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“EWCE”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文件
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“EWCE”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,差异表达式,功能基因组学,基因表达式,GeneSet扩展,遗传学,微阵列,一个频道,蛋白质组学,RNA序列,单个单元格,软件,转录,可视化,mRNA微阵列 |
版本 |
1.10.2 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.2),RNOmni(>=1.0) |
进口 |
stats、utils、方法,ewce数据(>=1.7.1),dplyr,ggplot2,重塑2,利马,字符串,HGNChelper,矩阵,并行,单细胞实验,总结性实验,DelayedArray(延迟阵列),生物并行,正长岩(>=0.99.8),数据表 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/NathanSkene/EWCE |
错误报告 |
https://github.com/NathanSkene/EWCE/issues网站 |
查看更多
建议 |
rworkflow、遥控器、编织器,仿生风格、rmarkdown、testtat(>=3.0.0)、readxl、memoise、markdown、sctransform、,DESeq2公司,桅杆,延迟矩阵统计、ggdendro、鳞片、拼接 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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指向我的链接 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。