塞尔达

细胞潜在Dirichlet分配

生物导体版本：释放（3.18）

Celda是一套用于聚类单细胞RNA-sequencing（scRNA-seq）数据的贝叶斯层次模型。它能够执行“双聚类”，同时将基因聚类到基因模块中，将细胞聚类到细胞亚群中。它还包含DecontX，这是一种新的贝叶斯方法，可以在没有空液滴信息的情况下计算估计并去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种scRNA-seq数据可视化功能。

作者：Joshua Campbell[aut，cre]，Shiyi Yang[aut]，Zhe Wang[aut]，Sean Corbett[aut】，Yusuke Koga[aut

维护人员：约书亚·坎贝尔（Joshua Campbell）

引文（从R中输入引文（“celda”）):

安装

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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“celda”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

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浏览幻影（“celda”）

用celda分析单细胞基因组数据	HTML格式	R脚本
用DecontX估算并消除单细胞数据中环境RNA的交叉污染	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	贝叶斯主义者,群集,数据导入,基因表达式,免疫肿瘤学,排序,单个单元格,软件
版本	1.18.2
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.0），单细胞实验，矩阵
进口	plyr，foreach，ggplot2，RColorBrewer，网格，比例，gtable，grDevices，图形，matrixStats，doParallel，摘要，方法，重新显示2，S4矢量，数据表，Rcpp，RcppEigen，uwot，enrichR，总结性实验、MCMCprecision、ggexit、Rtsne、withr、，散射(>= 1.14.4),尖叫声，数据库扫描，DelayedArray（延迟阵列），字符串，复杂热图，gridExtra，圈选
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/campbio/celda/issues

建议	测试，knitr，roxygen2，rmarkdown，生物反应器，covr，生物经理，生物风格,TENxPBMC数据,单细胞TK,M3D示例数据
链接到	Rcpp、RcppEigen
增强功能
取决于我
导入我	解译X,单细胞TK
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

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源程序包	摄氏度_1.18.2.tar.gz
Windows二进制	塞尔达_1.18.2.zip
macOS二进制（x86_64）	摄氏度_1.18.2.tgz
macOS二进制（arm64）	摄氏度_1.18.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/celda
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/celda/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/celda/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档