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PCA工具

PCA工具:万物主成分分析


生物导体版本:释放(3.18)

主成分分析(PCA)是一种非常强大的技术,在数据科学、生物信息学等领域具有广泛的适用性。它最初用于分析大量数据,以梳理所分析逻辑实体之间的差异/关系。它提取数据的基本结构,而无需构建任何模型来表示它。数据的“总结”是通过一个简化过程得出的,该过程可以将大量变量转换为不相关的较小数量(即“主成分”),同时能够对原始数据进行简单解释。PCA工具提供了通过PCA进行数据探索的功能,并允许用户生成发布就绪的数字。PCA是通过BiocSingular进行的,用户还可以通过不同的度量来确定最佳主成分数量,如肘法和Horn的平行分析,这与单细胞RNA-seq(scRNA-seqs)和高维质谱数据的数据缩减相关。

作者:Kevin Blighe[aut,cre],Anna Leigh Brown[ctb],Vincent Carey[ctb],Guido Hooiveld[ctb]Aaron Lun[aut、ctb]

维护人员:凯文·布利赫(Kevin Blighe)<Kevin at clinicalbioinformatics.co.uk>

引文(从R中输入引文(“PCAtools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“PCAtools”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文件

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“PCA工具”)
PCA工具:一切——主成分分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 ATACSeq公司,基因表达式,主要组件,RNA序列,单个单元格,软件,转录
版本 2.14.0
在生物导体中 生物技术3.9(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 ggplot2,ggreset
进口 晶格,grDevices,cowplot,方法,重新绘制2,统计数据,矩阵,延迟矩阵统计,DelayedArray(延迟阵列),BiocSingular公司,生物并行,卢比,dqrng
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址 https://github.com/kevinblighe/PCAtools
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建议 测试,尖叫声,生物遗传学、knitr、,博科生物,地理查询,hgu133a.db公司、ggplotify、,海滩动物、RMTstat、ggalt、,DESeq2公司,气道,组织Hs.eg.db、magrittr、rmarkdown
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 PCA工具_2.14.0.tar.gz
Windows二进制 PCA工具_2.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) PCA工具_2.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) PCA工具_2.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PCA工具
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/PACtools
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/PCAtools(网址:https://code.bioconductor.org/browse/PCAtools)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/PCA工具/
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