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网络平滑

scRNAseq的网络平滑


生物导体版本:释放(3.18)

netSmooth是一个用于单细胞RNA测序数据网络平滑的R包。利用蛋白质相互作用等生物网络作为基因共表达的先验信息,netsmooth改进了从噪声、稀疏的scRNAseq数据中识别细胞类型的能力。

作者:乔纳森·罗宁[aut,cre],阿尔图娜·阿卡林[aut]

维护人员:乔纳森·罗恩(Jonathan Ronen)<yablee at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“netSmooth”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“netSmooth”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“网络平滑”)
PPI图的生成 HTML格式 R脚本
netSmooth示例 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 群集尺寸缩减基因表达式图形和网络网络规范化预处理RNA序列排序单个单元格软件转录组学
版本 1.22.0
在生物导体中 生物技术3.7(R-3.5)(6年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5),散射(>=1.11.5.11),集群实验(>= 2.1.6)
进口 熵,总结性实验单细胞实验,矩阵,集群,数据表,统计,方法,DelayedArray(延迟阵列)HDF5阵列(>= 1.15.13)
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth网站
错误报告 https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth/issues
查看更多
建议 knitr、testtat、Rtsne、,生物反应器、图表、,字符串db、NMI、pheatmap、ggplot2、,仿生风格、rmarkdown、,生物并行,超高速
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 网络平滑_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 netSmooth_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64) 网络平滑_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64) 网络平滑_1.22.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netSmooth网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/net平滑
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/netSmooth网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/netSmooth/
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