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卵石

高维数据的小样本分析方法


生物导体版本:释放(3.18)

许多现代生物数据集由小计数组成,而这些小计数无法通过主成分分析等标准线性高斯方法进行很好的拟合。该软件包提供了基于计数的特征选择和降维算法的实现。这些方法可用于促进对任何高维数据(如单细胞RNA-seq)的无监督分析。

作者:Kelly Street[aut,cre]、F.William Townes[aut、cph]、Davide Risso[aut]、Stephanie Hicks[aut]

维护人员:凯利街<Street.Kelly at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“scry”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scry”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“scry”)
Scry方法概述 HTML格式 R脚本
大数据集的Scry方法 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 尺寸缩减,基因表达,规范化,主要组件,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学
版本 1.14.0
在生物导体中 生物柴油3.11(R-4.0)(4年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0),统计,方法
进口 DelayedArray(延迟阵列),glmpca(>=0.2.0),矩阵,单细胞实验,总结性实验,BiocSingular公司
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/scry.html
错误报告 https://github.com/kstreet13/scry/issues网站
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建议 生物遗传学,盖,2018双集群,ggplot2,HDF5阵列,针织者,降价,降价,TENxPBMC数据,测试
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 屏幕_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 scry_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) 屏幕_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) 屏幕_1.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scry网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/scry
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scry/
包短Url https://bioconductor.org/packages/scry网站/
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