sc合并

scMerge：合并多批scRNA-seq数据

生物导体版本：释放（3.18）

与所有基因表达数据一样，单细胞数据也存在批处理效应和其他不需要的变化，这使得准确的生物学解释变得困难。scMerge方法利用因子分析、稳定表达基因（SEG）和（伪）复制来消除不需要的变异并合并多个单细胞数据。此软件包包含scMerge管道中的所有必要功能，包括SEG识别、复制识别方法和单小区数据合并。

作者：林英欣[aut，cre]，王凯文[aut]，悉尼生物信息和生物计量集团[fnd]

维护人员：林英欣（Yingxin Lin）<悉尼爱德华州英欣（Yingxin.Lin）>

引文（从R中输入引文（“scMerge”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“scMerge”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“scMerge”）

sc合并	HTML格式	R脚本
sc合并2	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	BatchEffect（批次效果）,基因表达,规范化,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学
版本	1.18.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.6.0）
进口	生物并行,BiocSingular公司,生物邻居，群集，DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计、分布、图表、，M3下降（>=1.9.4），代理C，ruv，cvTools，散射,批处理器,尖叫声、方法、，S4载体(>= 0.23.19),单细胞实验(>= 1.7.3),总结性实验
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/SydneyBioX/sc合并
错误报告	https://github.com/SydneyBioX/scMerge/issues网站

建议	仿生风格，盖，HDF5阵列、knitr、Matrix、rmarkdown、scales、proxy、testhat、獾
链接到
增强功能
取决于我
导入我	单细胞TK
建议我	Cepo公司
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	scMerge_1.18.0.tar.gz公司
Windows二进制	scMerge_1.18.0.zip合并
macOS二进制（x86_64）	scMerge_1.18.0.tgz合并
macOS二进制（arm64）	scMerge_1.18.0.tgz合并
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMerge
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/scMerge
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scMerge（网址：https://code.bioconductor.org/browse/scMerge）/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/scMerge/
软件包下载报告	下载统计信息