类人猿：系统发育与进化分析

用于读取、写入、绘制和操作系统发育树的功能，在系统发育框架中分析比较数据，祖先特征分析，多样性和宏观进化分析，计算与DNA序列的距离，读取和写入核苷酸序列，以及从BioConductor导入，以及一些工具，如Mantel的测试、广义天际线图、系统发育数据的图形化探索（alex、trex、kronoviz）、使用平均路径长度和惩罚可能性估计绝对进化率和钟型树、用非暂时序列测定树的年代、将DNA转换为AA序列、，并评估序列比对。可以使用NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM和三角形方法以及处理不完全距离矩阵的几种方法（NJ*、BIONJ*、MVR*和相应的三角形方法）进行系统发育估计。一些函数调用外部应用程序（PhyML、Clustal、T-Coffee、Muscle），其结果返回到R。

版本：	5.8
取决于：	R（≥3.2.0）
进口：	国家实验室，晶格，图形，方法，统计，实用程序，并行，卢比(≥ 0.12.0),消化
链接到：	卢比
建议：	向右，矩阵指数函数，记录仪，潘戈恩
出版：	2024-04-11
作者：	伊曼纽尔·帕拉迪斯[aut，cre，cph]，西蒙·布隆伯格[aut，cph]，本·博尔克[自动，cph]，瑟夫·布朗[aut，cph]，圣地亚哥·克拉拉蒙特[aut，cph]，朱利安·克劳德[aut，cph]，Hoa Sien Cuong【aut，cph】，理查德·德斯珀，吉勒斯·迪迪尔[aut，cph]，贝诺伊特·杜兰德[aut，cph]，朱利安·杜希尔[aut，cph]，RJ尤因[aut，cph]，Olivier Gascuel【aut，cph】，托马斯·吉勒姆[aut，cph]，克里斯托夫·海布尔[aut，cph]，安东尼·艾夫斯[aut，cph]，布拉德利·琼斯[aut，cph]，弗兰兹·克拉[自动，cph]，丹尼尔·劳森[aut，cph]，文森特·勒福特[aut，cph]，皮埃尔·勒让德尔[aut，cph]，吉姆·莱蒙，纪尧姆·卢维尔[aut，cph]，埃里克·马肯[自动，cph]，罗斯玛丽·麦克洛斯基[aut，cph]，约翰·尼兰德[aut，cph]，Rainer Opgen-Rhein【aut，cph】，安德烈·阿林·波佩斯库[aut，cph]，曼纽拉·罗伊尔·卡伦齐[aut，cph]，克劳斯·施利普[aut，cph]，科尔比尼安·斯特里默[aut，cph]，达米安·德维安[aut，cph]
维护人员：	伊曼纽尔·帕拉迪斯。天堂在ird.fr>
错误报告：	https://github.com/emmanuelparadis/ape/issues
许可证：	GPL-2型|GPL-3公司
网址：	https://github.com/emmanuelparadis/ape
需要编译：	对
引用：	猿类引文信息
材料：	自述文件 新闻
在视图中：	环境计量学，系统发育学
CRAN检查：	猿类结果

文档：

参考手册：	ape.pdf文件
渐晕图：	绘制谱系 莫兰的I 随机拓扑

下载内容：

包源：	猿5.8.tar.gz
Windows二进制文件：	r-devel公司：ape_5.8.zip文件，r版本：ape_5.8.zip文件，r-oldrel：ape_5.8.zip文件
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：猿5.8.tgz，r-oldrel（arm64）：猿5.8.tgz，r-release（x86_64）：猿5.8.tgz，r-oldrel（x86_64）：猿5.8.tgz
旧来源：	猿类档案

反向依赖关系：

反向取决于：	管理工具，水蟒，顶，阿菲罗，BAMMtools公司，条形码R，天蓬，跳跃，卡蒂，考菲，克拉迪斯，clstutils公司，聚结MCMC，convol公司，科尔姆，连续油管维护，显示（dispRity），苦恼的，多样性树，财务总监，盖革，嘶嘶声，IP地址，JN图，杰里奇，MCMCglmm公司，MCMCtreeR公司，MiSPU公司，MonoPhy公司，摩托车，MPSEM公司，MSC四重奏，MSCsim测试仪，mvMORPH公司，尼切沃，节点子节点，OUwie公司，古潜水，古树，聚乙二醇，透视，佩兹，潘戈恩，藻簇，藻菌素，系统发育EM，藻门，藻纲，phyloTop公司，植物醇，皮坎特，魁地奇，重合闸，RNeXML，RPANDA公司，Rphylopars公司，rwty（相对湿度），桑杰分析仪，敏感生理学，带子，结构FDR，表面，TESS公司，对待，树酶，树栖动物，树图像，树空间，树木引导器，树工具，VDJ生殖系，温德克斯
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反向增强：	线索

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