所有资源

数据库

装配

一种数据库，提供有关组装基因组结构、组装名称和其他元数据、统计报告以及基因组序列数据链接的信息。

生物采集

为文化藏品、博物馆、标本馆和其他自然历史藏品策划的一组元数据。这些记录显示了藏品代码、藏品所在机构的信息以及与NCBI相关数据的链接。

生物项目（原基因组项目）

基因组学、功能基因组学和遗传学研究的集合及其结果数据集的链接。该资源描述了项目范围、材料和目标，并提供了一种机制来检索由于注释不一致、多次独立提交以及经常存储在不同数据库中的不同数据类型的多样性而通常很难找到的数据集。

生物样品

BioSample数据库包含实验分析中使用的生物源材料的描述。

书架

生物医学书籍的集合，可以直接搜索或从其他NCBI数据库中的链接数据进行搜索。藏品包括生物医学教科书、其他科学书籍、遗传资源，如GeneReviews公司和NCBI帮助手册。

ClinVar公司

一种资源，用于提供报告的人类变异与观察到的健康状态之间关系的公开跟踪记录，并提供支持证据。中的相关信息NIH基因检测注册中心（GTR）, MedGen公司, 基因, 奥米姆, 公共医学其他来源可以通过记录上的超链接访问。

临床试验.gov

世界各地进行的公共和私人支持的人类参与者临床研究的注册和结果数据库。

NCBI结构组的计算资源

一个集中的页面，提供对NCBI计算生物学分支（CBB）结构组开发的资源的访问和链接。这些资源包括数据库和工具，以帮助研究大分子结构、保守域和蛋白质分类、小分子及其生物活性、生物途径和系统。

共识CDS（CCDS）

共同努力确定一组核心的人类和小鼠蛋白质编码区，这些编码区具有一致的注释和高质量。

保留域数据库（CDD）

代表分子进化中保守的蛋白质结构域的序列比对和图谱的集合。它还包括结构域与MMDB数据库中已知的三维蛋白质结构的比对。

基因组结构变异数据库（dbVar）

dbVar数据库已开发用于存档与大规模基因组变异相关的信息，包括大规模插入、缺失、易位和反转。除了存档变异发现外，dbVar还存储定义的变异与表型信息的关联。

基因型和表型数据库（dbGaP）

用于描述研究基因型和表型相互作用的研究结果的档案和分发中心。这些研究包括全基因组关联（GWAS）、医学重测序、分子诊断分析以及基因型和非临床性状之间的关联。 

短遗传变异数据库（dbSNP）

包括单核苷酸变异、微卫星和小规模插入和缺失。dbSNP包含特定人群的频率和基因型数据、实验条件、分子背景以及中性变异和临床突变的映射信息。

GenBank（基因银行）

GenBank是NIH基因序列数据库，是所有公开可用DNA序列的注释集合。GenBank是国际核苷酸序列数据库合作组织的一部分，该组织由日本DNA数据库（DDBJ）、欧洲分子生物学实验室（EMBL）和NCBI的GenBank组成。这三个组织每天交换数据。GenBank由几个部门组成，其中大部分可以通过核苷酸数据库访问。例外情况是EST和GSS部门，它们分别通过核苷酸EST和核苷酸GSS数据库访问。

基因

一个可搜索的基因数据库，重点关注已完成测序的基因组，并有活跃的研究社区提供基因特定数据。信息包括命名法、染色体定位、基因产物及其属性（例如蛋白质相互作用）、相关标记、表型、相互作用和引用链接、序列、变异细节、地图、表达报告、同源物、蛋白质域内容和外部数据库。

基因表达综合数据库

支持MIAME兼容数据提交的公共功能基因组数据存储库。接受基于阵列和序列的数据，并提供工具帮助用户查询和下载实验以及精心策划的基因表达谱。

基因表达综合（GEO）数据集

存储从基因表达综合（GEO）存储库中收集的精选基因表达和分子丰度数据集。数据集记录包含其他资源，包括群集工具和差异表达式查询。

基因表达综合（GEO）图谱

存储从基因表达综合（GEO）库中收集的单个基因表达和分子丰度剖面。基于基因注释或预先计算的剖面特征搜索感兴趣的特定剖面。

GeneReviews公司

NCBI书架上的专家撰写、同行评审的疾病描述集，将基因检测应用于具有特定遗传条件的患者和家庭的诊断、管理和遗传咨询。

基因与疾病

选定遗传疾病的信息摘要，包括潜在突变和临床特征的讨论，以及与相关数据库和组织的链接。

遗传检测注册中心（GTR）

基因测试和实验室的自愿注册，包括测试的详细信息，如测量结果、分析结果和临床有效性。GTR也是遗传条件信息的纽带，并提供与各种资源的特定上下文链接，包括实践指南、已发表的文献和遗传数据/信息。GTR的初始范围包括孟德尔疾病的单基因测试，以及阵列、小组和药物遗传学测试。

基因组

包含1000多个生物体的整个基因组的序列和地图数据。基因组既代表已完成测序的生物体，也代表正在进行测序的有机体。生命的三个主要领域（细菌、古生菌和真核生物）以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒和细胞器都被描述出来。

基因组参考联盟（GRC）

基因组参考联合会（GRC）负责人类和小鼠参考基因组。成员包括华盛顿大学基因组中心、威康信托桑格研究所、欧洲生物信息学研究所（EBI）和国家生物技术信息中心（NCBI）。GRC致力于纠正错误的轨迹并缩小剩余的装配间隙。此外，GRC寻求为复杂或结构变异的基因组位点提供替代组合。在GRC网站上(http://www.genomereference.org)公众可以查看当前正在审查的基因组区域，报告基因组相关问题，并联系GRC。

葡聚糖

一个集中的页面，提供对糖信息学和糖生物学相关资源的访问和链接。

HIV-1，人类蛋白质相互作用数据库

HIV-1蛋白与人类宿主蛋白已知相互作用的数据库。它提供了已发表的蛋白质相互作用报告的注释书目，以及相应PubMed记录和序列数据的链接。

相同的蛋白质组

描述在GenBank和RefSeq的注释编码区以及SwissProt和PDB蛋白质序列中识别的蛋白质的合并记录集合。该资源使研究人员能够获得更有针对性的搜索结果，并快速识别感兴趣的蛋白质。

流感病毒

NIAID流感基因组测序项目和GenBank的数据汇编。它提供了流感序列分析、注释和提交给GenBank的工具。该资源还链接到其他流感序列资源，以及有关流感病毒的出版物和一般信息。

NCBI数据库中的期刊

NLM目录数据库的子集，提供NCBI数据库记录中引用的期刊信息，包括PubMed摘要。可以使用期刊标题、MEDLINE或ISO缩写、ISSN或NLM目录ID搜索此子集。

MeSH数据库

MeSH（医学主题标题）是美国国家医学图书馆的受控词汇，用于为MEDLINE/PubMed的文章编制索引。MeSH术语提供了一种一致的方法来检索可能对相同概念使用不同术语的信息。

MedGen公司

医学遗传学信息门户。MedGen包括来自多个来源的术语表，并将其组织为概念组和层次结构。还提供了与这些概念相关的信息的链接NIH基因检测注册中心（GTR）,ClinVar公司, 基因,奥米姆,公共医学和其他来源。

NCBI C++工具包手册

关于NCBI C++工具包的全面手册，包括其设计和开发框架、C++库参考、软件示例和演示、常见问题解答和发行说明。该手册可在线搜索，并可作为一系列PDF文档下载。

NCBI教育页面

提供指向教程和培训材料的链接，包括PowerPoint幻灯片和打印讲义。

NCBI术语表

作为NCBI手册的一部分，本术语表包含NCBI工具和缩写词、生物信息学术语和数据表示格式的描述。

NCBI手册

关于NCBI数据库和软件的广泛文章集。每一篇文章都是为新手用户设计的，它概述了资源及其设计，以及搜索和使用可用分析工具的提示。所有文章都可以在线搜索并以PDF格式下载；可以通过NCBI书架访问该手册。

NCBI帮助手册

通过NCBI书架访问，帮助手册包含许多NCBI资源的文档，包括PubMed、PubMedCentral、Entrez系统、Gene、SNP和LinkOut。所有章节都可以PDF格式下载。

NCBI病原检测项目

一个涉及收集和分析来自食品、环境和患者分离物的细菌病原基因组序列的项目。目前，一个自动化管道集群并识别主要由公共卫生实验室提供的序列，以协助调查食源性疾病暴发并发现潜在的食品污染源。

国家医学图书馆（NLM）目录

图书馆馆藏的所有期刊、书籍、视听资料、计算机软件、电子资源和其他材料的书目数据。

核酸数据库

来自多个来源的核苷酸序列集合，包括GenBank、RefSeq、第三方注释（TPA）数据库和PDB。搜索核苷酸数据库将从其每个成分数据库中产生可用的结果。

人类孟德尔在线遗传（OMIM）

人类基因和遗传疾病数据库。NCBI维护当前内容，并继续支持其搜索和与其他NCBI数据库的集成。然而，OMIM现在在omim.org网站，用户将被引导到此站点进行完整记录显示。

弹出集

来自比较研究的相关DNA序列数据库：系统发育、种群、环境，以及在较小程度上的突变。数据库中的每个记录都是一组DNA序列。例如，种群集提供了生物体内遗传变异的信息，而系统发育集可能包含从几个相关生物体获得的单个基因的序列及其比对。

蛋白质簇

相关蛋白质序列（簇）的集合，由完整的原核和细胞器质粒和基因组编码的参考序列蛋白质组成。该数据库提供了对注释信息、出版物、域、结构、外部链接和分析工具的轻松访问。

蛋白质数据库

一个数据库，包括来自各种来源的蛋白质序列记录，包括GenPept、RefSeq、Swiss-Prot、PIR、PRF和PDB。

蛋白质家族模型

一种数据库，包括表示具有共同功能的同源蛋白质的模型集合。它包括保守域结构、隐马尔可夫模型和BlastRules。原核基因组注释管道（PGAP）使用这些模型的子集为预测的蛋白质指定名称和其他属性。

PubChem生物检测

由保存的生物活性数据和用于筛选PubChem物质数据库中所含化学物质的生物活性分析描述组成，包括筛选程序特定条件和读数（生物活性水平）的描述。

PubChem化合物

包含独特的、经过验证的化学结构（小分子），可以使用名称、同义词或关键字进行搜索。如果不同的储户提供相同的结构，化合物记录可能链接到多个PubChem物质记录。这些化合物记录反映了为描述PubChem物质中的物质而提供的经验证的化学描述信息。PubChem化合物中存储的结构通过身份和相似性组预先聚集和交叉引用。此外，计算出的属性和描述符可用于搜索和筛选化学结构。

PubChem物质

PubChem物质记录包含存款人以电子方式提交给PubChem.的物质信息。这包括提交的任何化学结构信息，以及化学名称、评论和到存款人网站的链接。

公共医学

MEDLINE和其他生命科学期刊生物医学文献的引文和摘要数据库。当文章的全文版本可通过PubMed Central（如下所述）或其他网站获得时，将提供链接。

公共医疗中心（PMC）

全文生物医学和生命科学期刊文献的数字档案，包括临床医学和公共卫生。

参考SeqGene
人类基因特异性参考基因组序列的集合。RefSeq基因是NCBI RefSeq数据库的一个子集，是根据特定于当地数据库和基因检测社区的管理者的审查而定义的。它们为报告突变、建立一致的内含子和外显子编号约定以及定义其他具有生物学意义的变异的坐标奠定了稳定的基础。RefSeqGene是基因座参考基因组的一部分(LRG公司)协作。
参考序列（RefSeq）

由NCBI产生的精选、非冗余基因组DNA、转录物（RNA）和蛋白质序列的集合。RefSeq为基因组注释、基因鉴定和表征、突变和多态性分析、表达研究和比较分析提供了稳定的参考。通过核苷酸和蛋白质数据库访问RefSeq集合。

逆转录病毒资源

一组专门用于支持逆转录病毒研究的资源，包括一个使用BLAST算法识别查询序列基因型的基因分型工具；用于多序列全局对齐的对齐工具；HIV-1自动序列注释工具；以及以GenBank、FASTA和图形格式显示的许多逆转录病毒的注释地图，以及相关序列记录的链接。

冠状病毒

SARS冠状病毒（CoV）数据摘要，包括与最新序列数据和出版物的链接，与其他SARS相关资源的链接，以及各种分离物基因组序列的预先计算比对。

序列读取存档（SRA）

序列读取档案（SRA）存储来自下一代测序平台的测序数据，包括Roche 454 GS System®、Illumina Genome Analyzer®、Life Technologies AB SOLiD System®、Helicos Biosciences Heliscope®、Complete Genomics®和Pacific Bioscinces SMRT®。

结构（分子模型数据库）

包含源自蛋白质数据库的大分子3D结构，以及用于其可视化和比较分析的工具。

分类学

包含在NCBI数据库中拥有分子数据的160000多种生物的名称和系统发育谱系。随着数据的保存，新的分类单元被添加到分类数据库中。

第三方注释（TPA）数据库

包含从GenBank中现有主序列数据构建的序列的数据库。这些序列和相应的注释得到了实验支持，并已在同行评审的科学期刊上发表。TPA记录通过核苷酸数据库检索。

病毒基因组

广泛的资源，包括病毒生物学的简要概述，Entrez基因组中病毒基因组序列的链接，以及病毒参考序列的信息，这是数千个病毒基因组的参考序列集合。

病毒变异

将流感病毒资源扩展到其他生物体，提供下载选定病毒序列集、分析工具（包括病毒特异性BLAST页面）和基因组注释管道的界面。

下载

BLAST（独立）

为Solaris、LINUX、Windows和MacOSX系统提供了本地使用的BLAST可执行文件。有关更多信息，请参阅ftp目录中的README文件。用于BLAST核苷酸、蛋白质和翻译搜索的预格式化数据库也可在db子目录下下载。

FTP：BLAST数据库

用于独立BLAST程序的序列数据库。此目录中的文件是预格式化的数据库，可以与BLAST一起使用。

FTP：客户尽职调查

该网站提供了CDD的完整数据记录，以及各个位置特定评分矩阵（PSSM）、mFASTA序列和每个保守域的注释数据。有关详细信息，请参阅README文件。

FTP：ClinVar数据

该网站提供XML格式的完整数据提取和VCF格式的摘要数据。它包含有关中使用的标准术语的信息的文件ClinVar公司, MedGen公司、和全球技术法规.

FTP：FASTA BLAST数据库

FASTA格式的序列数据库，用于单机BLAST程序。这些数据库必须使用formatdb格式化，然后才能与BLAST一起使用。

FTP：GenBank

此网站包含GenBank中所有序列记录的默认平面文件格式的文件。文件由GenBank部门组织，完整内容在README.GenBank文件中描述。

FTP：GenPept

为每个GenBank版本收集与GenBank中编码序列（CDS）翻译相对应的蛋白质序列。。有关更多信息，请参阅目录中的README文件。

FTP：基因

该站点包含三个目录：DATA、GeneRIF和tools。DATA目录包含列出与GeneID链接的所有数据的文件，以及包含Gene记录的ASN.1数据的子目录。GeneRIF（Gene References into Function）目录包含描述单个基因功能或两个基因产物之间相互作用的文章的PubMed标识符。工具目录中提供了用于操作基因数据的示例程序。有关详细信息，请参阅README文件。

FTP：基因表达综合（GEO）配置文件和数据集

此站点包含两种格式的GEO数据：SOFT（文本格式的简单综合）和MINiML（标记语言的MIAME表示法）。还提供了摘要文本文件和补充数据。请参阅自述文件。TXT文件了解更多信息。

FTP：基因组

该站点包含Entrez genome中生物体的基因组序列和图谱数据。数据被组织在单个物种或物种组的目录中。地图数据收集在MapView目录中，并按物种进行组织。有关详细信息，请参阅根目录中的README文件和species子目录中的README文件。

FTP：基因组定位数据

包含每个基因组的目录，其中包括该基因组当前和以前构建的可用映射数据。

FTP：NCBI分类

该网站包含完整的分类数据库，以及将核苷酸和蛋白质序列记录与其分类ID相关联的文件。有关详细信息，请参阅taxdump_readme.txt和gi_taxid.readme文件。

FTP：PubChem

该网站提供PubChem Substance、Compound和Bioassay数据库的数据，可通过ftp下载。数据库的完整下载，以及物质和化合物的每日、每周和每月更新。物质和化合物数据以ASN.1、SDF和XML格式提供。有关详细信息，请参阅自述文件。

FTP：参考序列

该站点包含参考序列（RefSeq）集合中的所有核苷酸和蛋白质序列记录。“release”目录包含完整集合的最新版本，而选定生物体（如人类、老鼠和老鼠）的数据可在单独的目录中获得。数据以FASTA和平面文件格式提供。有关详细信息，请参阅README文件。

FTP:SKY/M-Fish和CGH数据

此网站包含ASN.1、XML和EasySKYCGH格式的SKY-CGH数据。有关详细信息，请参阅skychreadme.txt文件。

文件传输协议：SNP

SNP的可下载数据。

FTP：序列读取存档（SRA）下载工具

该网站包含由提交的测序项目组织的下一代测序数据。

FTP：站点

NCBI数据库、工具和实用程序的FTP下载站点。

FTP：结构（MMDB）

该站点包含MMDB中所有记录的ASN.1数据，以及VAST校准数据和非冗余PDB（nr-PDB）数据集。有关更多信息，请参阅README文件。

FTP：UniVec

该网站包含FASTA格式的UniVec和UniVec_Core数据库。有关详细信息，请参阅README.uv文件。

FTP：全基因组鸟枪序列

该站点包含由4位项目代码组织的全基因组鸟枪序列数据。数据包括GenBank和GenPept平面文件、质量分数和汇总统计数据。有关更多信息，请参阅README.genbank.wgs文件。

FTP：dbGAP Open-Access数据

开放存取数据通常包括基因型/表型关联研究的总结、测量变量的描述以及研究文件，如方案和问卷。访问个人级别的数据，包括表型数据表和基因型，需要不同级别的授权。

MEDLINE（租赁）

NLM将MEDLINE/PubMed租赁给美国个人或组织。

NCBI数据规范

ASN.1或DTD格式的NCBI数据规范可在“数据规范索引”页面上找到。“NCBI_data_conversion.html”链接到转换工具。

国家医学图书馆（NLM）DTD

一套标记集，用于创作和归档期刊文章，以及将期刊文章从出版商传输到档案馆以及在档案馆之间传输。有四个标记集：存档和交换标记集-创建此标记集是为了使存档能够尽可能方便地捕获现有打印和标记期刊材料的结构和语义组件；期刊出版标签集-针对希望规范和控制其内容的档案进行优化，不接受任何特定出版商向其提供的顺序和安排；文章创作标签集-专为创作新的期刊文章而设计；NCBI图书标签集-专门用于描述NCBI在线图书馆的卷。

PubChem下载服务

该服务允许用户下载与一组PubChem标识符相对应的化合物或物质记录，这些标识符可以手动或通过文本文件提供。提供了多种下载格式，包括SDF、XML和SMILES。

PubMed Central（PMC）开放访问子集

PMC Open-Access子集在PMC中的文章总集合中只占相对较小的一部分。尽管PMC中的大多数文章都受到传统版权限制，但这些文章受版权保护，但在Creative Commons或类似许可下提供，通常允许比传统版权更自由的重新分发和重用。有关具体的使用条款，请参阅每一篇文章中的许可声明。

订阅

订阅Web/RSS提要以获取有关NCBI资源的更新。

提交的资料

生物项目提交

一个在线表单，为研究人员、财团和组织注册其生物项目提供界面。这是为研究提交基因组和遗传数据的起点。生物项目注册时无需提交数据。

ClinVar提交

提交关于人类基因变异致病性的断言的指南和说明。这些提交文件可以包括关于变量的汇总数据（变量级别/汇总数据）；正在开发对每个案例（案例级）的变体的支持。

基因型和表型数据库（dbGaP）数据提交政策

向dbGaP提交基因型和表型关联数据的指南和要求。

GenBank:BankIt银行

一个基于web的序列提交工具，用于向GenBank数据库提交一个或几个文件，旨在使提交过程快速简便。

GenBank：条形码

用于将标准遗传位点的条形码短核苷酸序列提交给GenBank数据库以用于物种鉴定的工具。

GenBank：表2asn

一个命令行程序，使用与Sequin相同的许多功能自动创建序列记录以提交给GenBank。它主要用于提交完整基因组和大批量序列。

基因表达综合（GEO）网上存款

向NCBI基因表达综合数据库（GEO）提交表达数据，如微阵列、SAGE或质谱数据集。

通用RIF

GeneRIF提供了一种简单的机制，允许科学家在基因数据库中添加基因的功能注释。

遗传检测注册（GTR）提交文件

注册实验室和提交基因测试信息的指南和说明，包括生殖系或体细胞测试目标的临床和研究测试。GTR欢迎登记孟德尔病、药物遗传学表型和复杂小组的细胞遗传学、生物化学和分子测试。

NIH手稿提交（NIHMS）

NIH稿件提交（NIHMS）系统用于将NIH资助产生的稿件提交给公共医学中心数字档案，符合NIH公共访问政策及其实施的法律。该法律和公共获取政策旨在确保公众能够获取NIH资助的研究的公开结果。

PubChem上传

该网站允许用户向PubChem Substance和BioAssay数据库提交数据，包括化学结构、实验生物活性结果、注释、siRNA数据等。它还可以用于更新以前提交的记录。

SNP提交工具

SNP数据库工具页面提供了一般提交指南和提交处理请求的链接。该页面还有两个特定链接，用于使用人类基因组变异学会命名法提交人类变异数据的单次或批量提交。

序列读取存档提交

此链接描述了SRA数据的提交者如何为其数据获取安全的NCBI FTP站点，还描述了允许的数据格式和目录结构。

提交门户

提交者链接到NCBI所有数据提交流程并查找相关信息的单一入口点。目前，这是生物项目和生物样品注册以及WGS和GTR数据提交的接口。该网站未来的新增内容正在计划中。

工具

BLAST微生物基因组

从选定的完整真核生物和原核生物基因组中进行BLAST搜索，寻找相似的序列。

BLAST RefSeqGene（BLAST参考序列基因）

对中的基因组序列执行BLAST搜索参考SeqGene/LRG组。默认显示提供了准备好的导航，以便在图形显示中查看路线。

BLAST教程和指南

本页链接到许多与BLAST相关的教程和指南，包括BLAST算法的选择指南、BLAST输出格式的描述、单机BLAST参数的解释、在本地计算机上设置单机BLAST的说明以及使用BLAST URL API的说明。

基本局部对齐搜索工具（BLAST）

查找生物序列之间的局部相似区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算匹配的统计显著性。BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助识别基因家族成员。

批次输入

允许您通过上传核苷酸或蛋白质数据库中的GI或登录号文件，或其他Entrez数据库中的唯一标识符文件，从许多Entrez数据中检索记录。搜索结果可以以各种格式直接保存到计算机上的本地文件中。

CD目录树

用于分类蛋白质序列和研究其进化关系的独立应用程序。CDTree可以导入、分析和更新现有的保护域（CDD）记录和层次结构，还允许用户创建自己的记录。CDTree与Entrez CDD和Cn3D紧密集成，允许用户创建和更新蛋白质结构域比对。

比较基因组查看器（CGV）

基于全基因组组装比对比较基因组

COBALT公司

COBALT是一种蛋白质多序列比对工具，它使用RPS-BLAST、BLASTP和PHI-BLAST，从保守域数据库、蛋白质模体数据库和序列相似性中找到一组成对约束。

Cn3D公司

从NCBI的Entrez检索服务查看三维结构的独立应用程序。Cn3D在Windows、Macintosh和UNIX上运行，可以配置为从大多数流行的web浏览器接收数据。Cn3D同时显示结构、序列和对齐，并具有强大的注释和对齐编辑功能。

咖啡休息时间

《咖啡休息》是NCBI书架的一部分，它结合了有关最近生物医学发现的报告和NCBI工具的使用。每个报告都包含了交互式教程，展示了NCBI生物信息学工具如何作为研究过程的一部分使用。

保护域体系结构检索工具（CDART）

显示组成给定蛋白质序列的功能域。它列出了具有相似结构域结构的蛋白质，并可以检索包含特定结构域组合的蛋白质。

保护域搜索服务（CD搜索）

识别蛋白质序列中存在的保守结构域。CD-Search使用RPS-BLAST（反向位置特定BLAST）将查询序列与保存域数据库（CDD）中保存的域比对生成的位置特定得分矩阵进行比较。

电子实用程序

提供在常规web查询界面之外访问NCBI Entrez系统内数据的工具。它们提供了一种在软件应用程序中自动化Entrez任务的方法。每个实用程序都执行一个专门的检索任务，只需编写一个特殊格式的URL即可使用。

埃博特

一种工具，允许用户使用在线表单构建E-utility分析管道，然后生成Perl脚本来执行管道。

基因表达综合（GEO）BLAST

用于将查询序列（核苷酸或蛋白质）与GEO数据库中微阵列或SAGE平台上包含的GenBank序列比对的工具。

遗传密码

以表格和分类树的形式显示分类数据库中生物体的遗传代码。

基因组BLAST

该工具将核苷酸或蛋白质序列与基因组序列数据库进行比较，并使用基本局部比对搜索工具（BLAST）算法计算匹配的统计显著性。

基因组数据查看器（GDV）

一个基因组浏览器，用于交互式导航真核生物RefSeq基因组组合，全面检查基因、表达、变异和其他注释。GDV提供了易于加载的分析轨迹预配置，数据轨迹菜单便于显示和定制，并支持上传和分析用户数据。此浏览器还可以生成用于发布的显示。

链接输出

一种允许第三方直接从PubMed和其他Entrez数据库记录链接到Entrez系统之外的相关网络可访问资源的服务。LinkOut资源包括全文出版物、生物数据库、消费者健康信息和研究工具。

图谱浏览器

为生物体子集提供地图和组装序列的特殊浏览功能。你可以查看和搜索有机体的完整基因组，显示地图，并逐步放大到更详细的层次，直至感兴趣区域的序列数据。

多序列对齐查看器

一种交互式web应用程序，使用户能够可视化由数据库搜索结果或其他软件应用程序创建的多条路线。MSA Viewer允许用户上传校准和设置主序列，并使用缩放和更改颜色等功能浏览数据。

NCBI新闻

提供有关新资源和更新资源以及NCBI研发项目的信息。新闻网站包含突出服务、资源功能和工具的专题文章，以及经常发布的描述用户社区感兴趣的关键数据集和服务的重要公告。提供了NCBI社交媒体网站的链接以及可用RSS提要和电子邮件列表服务的列表。

NCBI工具箱

NCBI使用的一组软件和数据交换规范，用于为分子生物学生产便携式模块化软件。工具箱中的软件主要用于读取抽象语法符号1（ASN.1）格式的记录，这是一种国际标准组织（ISO）的数据表示格式。

OSIRIS公司

一个公共领域质量保证软件包，用于根据实验室特定协议评估多重短串联重复序列（STR）DNA图谱。OSIRIS使用独立衍生的基于数学的分级算法评估原始电泳数据。它提供了两个新的峰值质量度量-适合程度和尺寸残差。它可以自定义以适应实验室特定的特征，如背景噪声设置、自定义命名约定和额外的内部实验室控制。

打开阅读框查找器（ORF查找器）

一种图形分析工具，用于查找用户序列中或数据库中已有序列中的所有打开的读取帧。可以使用16种不同的遗传密码。推导出的氨基酸序列可以以各种格式保存，并使用BLAST根据蛋白质数据库进行搜索。

PSSM查看器

允许用户从CDD记录或位置特定迭代（PSI）-BLAST蛋白质搜索中显示、排序、子集和下载位置特定评分矩阵（PSSM）。该工具还可以将查询蛋白与PSSM对齐，并突出显示高度保守的位置。

表型基因积分器（PheGenI）

支持通过查询表型、染色体位置、基因和SNP标识符来查找人类表型/基因型关系。目前包括来自dbGaP、NHGRI GWAS目录和GTeX的信息。显示基因组、序列或下载表格中的结果。

底漆-BLAST

Primer-BLAST工具使用Primer3为序列模板设计PCR引物。然后根据用户指定的数据库，通过BLAST搜索自动分析潜在产品，以检查目标的特异性。

ProSplign公司

用于计算蛋白质与基因组核苷酸序列的比对的实用程序。它基于Needleman-Wunsch全局比对算法的一种变体，特别考虑了内含子和剪接信号。由于该算法，ProSplign能够准确地确定剪接位点，并且能够容忍测序错误。

PubChem Power用户网关（PUG）

PUG通过编程接口提供对PubChem服务的访问。PUG允许用户下载数据、启动化学结构搜索、标准化化学结构以及与电子工具交互。可以使用标准URL或通过SOAP访问PUG。

PubChem标准化服务

标准化，在PubChem术语中，是指化学结构的处理方法，与根据贡献者的原始结构创建PubChem-Compound记录的方法相同。该服务让用户了解PubChem如何处理他们想要提交的任何结构。

PubChem结构搜索

PubChem Structure Search允许通过化学结构或化学结构模式查询PubChem-Compound Database。PubChem Sketcher允许手动绘制查询。用户还可以通过PubChem Compound Identifier（CID）、SMILES、SMARTS、InChI、Molecular Formula或通过上传受支持的结构文件格式指定结构查询输入。

PubMed临床查询

面向临床医生和卫生服务研究人员的专业PubMed搜索表单。该页面简化了按临床研究类别搜索、查找系统综述和搜索医学遗传学文献的过程。

PubMed教程

关于PubMed搜索和链接的网络和flash教程集合，使用MeSH和其他PubMed服务将搜索保存在MyNCBI中。

相关结构

Related Structures工具允许用户从分子建模数据库（MMDB）中查找序列与查询蛋白相似的3D结构。尽管查询蛋白可能还没有解析的结构，但类似蛋白序列的3D形状可以揭示查询蛋白的假定形状和生物功能。

SNP数据库专用搜索工具

有多种工具可用于搜索SNP数据库，允许使用BLAST按基因型、方法、群体、提交者、标记和序列相似性进行搜索。这些链接在dbSNP主页左侧栏的“搜索”下。

序列查看器

提供核苷酸或蛋白质序列的可配置图形显示，以及已在该序列上注释的特征。除了在NCBI序列数据库页面上使用外，此查看器还可以作为可嵌入的网页组件使用。详细文档包括API参考指南，供希望将查看器嵌入自己页面的开发人员使用。

拆分（Splign）

一种用于计算cDNA与基因组序列比对的实用程序。它基于Needleman-Wunch全局对齐算法的一种变体，特别考虑了内含子和剪接信号。由于该算法，Splign能够准确地确定剪接位点并容忍测序错误。

分类浏览器

支持使用部分分类名称、通用名称、通配符和语音相似的名称搜索分类树。对于每个分类节点，该工具提供指向该节点Entrez中所有数据的链接，显示谱系，并提供指向与该节点相关的外部站点的链接。

分类通用树

为选定的有机体组生成分类树。用户可以上传分类法ID或名称的文件，也可以直接输入名称或ID。

分类统计

显示数据库中给定列组和包含日期的分类节点数。

分类状态报告

显示一组分类节点或ID的当前状态。

树查看器

用于创建和显示系统发育树数据的工具。Tree Viewer可以分析您自己的序列数据，生成可打印的矢量图像作为PDF，并且可以嵌入到网页中。

变体查看器
基因组浏览器，用于搜索和查看dbSNP、dbVar和ClinVar数据库中列出的基因组变异。可以使用来自dbSNP和dbVar的染色体位置、基因符号、表型或变体ID进行搜索。浏览器允许在动态图形序列查看器中探索结果，该查看器带有注释的变体表。
VecScreen（视频屏幕）

一种快速识别可能来自载体的核酸序列片段的系统。VecScreen在查询序列中搜索与专用非冗余向量数据库（UniVec）中任何序列匹配的段。

矢量对齐搜索工具（VAST）

一种识别类似蛋白质三维结构的计算机算法。MMDB中每个结构的结构邻居都是预先计算的，可以通过MMDB结构摘要页面上的链接访问。这些邻域可用于识别仅通过序列比较无法识别的远距离同源序列。

病毒基因分型工具

该工具有助于识别病毒序列的基因型。窗口沿着查询序列滑动，每个窗口由BLAST与特定病毒的每个引用序列进行比较。