蛋白质

数据库

基因组学、功能基因组学和遗传学研究的集合及其结果数据集的链接。该资源描述了项目范围、材料和目标,并提供了一种机制,用于检索由于不一致注释、多个独立提交、以及通常存储在不同数据库中的不同数据类型的多样性而经常难以找到的数据集。

将生物文献、小分子和序列数据按生物关系分组的数据库。

序列排列和轮廓表示蛋白质结构域保守的分子进化的集合。它还包括域在MMDB数据库中与已知的三维蛋白质结构的比对。

HIV-1人类蛋白质相互作用数据库

已知HIV-1蛋白与人类宿主蛋白相互作用的数据库。它提供了已发表的蛋白质相互作用报告的注释书目,以及与相应的PubMed记录和序列数据的链接。

相同蛋白质组

在GenBank和ReFeSQ中注释的编码区中识别的蛋白质的整合记录的集合,以及SwissProt和PDB蛋白序列。该资源允许调查者获得更具针对性的搜索结果并快速识别感兴趣的蛋白质。

一组相关的蛋白质序列(簇),由完整的原核和细胞器质粒和基因组编码的参考序列蛋白组成。数据库提供了对注释信息、出版物、域、结构、外部链接和分析工具的简单访问。

一个数据库,包括来自各种来源的蛋白质序列记录,包括GyPePT、RefSeq、瑞士PROT、PIR、PRF和PDB。

收集的非冗余基因组DNA、转录本(RNA)和NCBI产生的蛋白质序列。ReFSEQS为基因组注释、基因鉴定和鉴定、突变和多态性分析、表达研究和比较分析提供了稳定的参考。通过核苷酸和蛋白质数据库访问ReFSEQ集合。

下载

为Solaris、Linux、Windows和MaCOSX系统提供本地使用的BASIC可执行文件。有关更多信息,请参阅FTP目录中的自述文件。预格式数据库用于BLAST核苷酸、蛋白质和翻译搜索也可用于DB子目录下的下载。

爆破数据库

与独立的BLAST程序一起使用的序列数据库。该目录中的文件是准备好使用BLAST的预格式化数据库。

FTP:CDD

该站点为CDD提供完整的数据记录,以及每个特定位置的评分矩阵(PSSMS)、MFASTA序列和每个保守域的注释数据。请参阅自述文件以获取详细信息。

FTP:FASTA爆破数据库

FASTA格式的序列数据库,用于独立的BLAST程序。这些数据库必须在格式化数据库之前使用FALTATB进行格式化。

GPPEPT

与GenBank中的编码序列(CDS)的翻译对应的蛋白质序列为每个GenBank发布收集。请参阅目录中的自述文件以获取更多信息。

FTP:RefESEQ

该位点包含参考序列(ReFSEQ)集合中的所有核苷酸和蛋白质序列记录。“释放”目录包含完整集合的最新版本,而选定生物体(如人、鼠和鼠)的数据可在单独的目录中获得。数据在FASTA和平面文件格式中可用。有关详细信息,请参阅自述文件。

提交

生物项目提交

一种在线形式,为研究人员、联盟和组织提供一个接口来注册他们的生物项目。这是研究基因组和遗传数据提交的起点。在生物工程注册时不需要提交数据。

工具

发现生物序列之间的局部相似区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算匹配的统计意义。BLAST可以用来推断序列之间的功能和进化关系,以及帮助识别基因家族成员。

间歇式浇注

允许您通过从核苷酸或蛋白质数据库上传GI或登录号文件或来自其他EntReX数据库的唯一标识符文件来检索来自许多EntRez数据库的记录。搜索结果可以以各种格式直接保存到计算机上的本地文件。

钴是一种蛋白质多序列比对工具,利用RPS-BLAST、BLASTP和PHI BLAST,找到从保守域数据库、蛋白质基序数据库和序列相似性导出的成对约束的集合。

一个独立的应用程序,用于从NCBI的Entz检索服务中查看三维结构。CN3D在Windows、Macintosh和UNIX上运行,并且可以配置为从最受欢迎的Web浏览器接收数据。CN3D同时显示结构、序列和对齐,并具有强大的注释和对齐编辑功能。

识别存在于蛋白质序列中的保守结构域。CD搜索使用RPS-BLAST(反向位置特定BLAST)来比较从保守域数据库(CDD)中保存的保守域对齐所准备的针对位置特定的得分矩阵的查询序列。

在常规Web查询接口之外提供NCBI EntEnz系统中数据访问的工具。它们提供了一种自动化软件应用程序中的Entz任务的方法。每个实用程序执行一个专门的检索任务,并且可以简单地通过编写一个特殊格式的URL来使用。

用于计算蛋白质与基因组核苷酸序列的比对的实用程序。它基于Needleman Wunsch全局比对算法的变化,并且特别地解释内含子和拼接信号。由于该算法,在确定剪接位点和容忍测序误差方面,PROSPRIGN是准确的。

序列查看器

提供核苷酸序列或蛋白质序列的可配置图形显示和已在该序列上注释的特征。除了在NCBI序列数据库页上使用之外,该查看器还可以作为可嵌入的网页组件。详细文件包括API参考指南可供开发人员希望嵌入到他们自己的页面中。