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下载BLAST软件和数据库

BLAST +可执行文件

你在大容量爆炸搜索中有困难吗?是否有专有序列数据要搜索,不能使用NCBI BLAST网站?你有自己的服务器吗?你有自己的研究管道吗?在您的组织之外发送搜索有安全性或IP关注吗?如果你回答了这些问题中的任何一个,请继续阅读!

NCBI提供了一组命令行工具来运行称为BLAST的BLAST。这允许用户在没有大小、体积和数据库限制的情况下在自己的服务器上执行BLAST搜索。可以使用一个命令行,它可以直接集成到你的工作流程中。

下一步是什么?

下载并安装BLAST+。安装程序和源代码可从FTP://FTP.NCBI.NLM.NIH.GOV/BLAST/可执行文件/BLAST + /最新/. 下载你需要的数据库,(见下面的数据库部分),或者创建你自己的数据库。开始搜索。

有关详细信息,请参见BLAST +用户手册, the爆炸帮助手册爆炸释放注意事项BMC生物信息学的文章(PubMed Link). 看到我们的版本控制策略.

Stult+Sube是当前支持的包。不再支持旧的C工具包可执行文件。看到我们版本控制策略.

我们一直在倾听并欢迎您的反馈。爆破支援中心.

魔法爆炸

魔术爆破是一种工具映射大一代的RNA或DNA测序运行对整个基因组或转录组。阅读更多关于魔法爆炸的信息HTTPS://NCBI.GithuBiI/MgICBLAST.

安装程序和源代码可从FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/BLAST/Exctuababs/MigICBLAST/最新版本.

伊格尔布特

IGBLAST有助于免疫球蛋白和T细胞受体可变结构域序列的分析。详情请参阅文档HTTPS://NCBI.GITHUBIO/IGBLAST/核酸研究中的文章HTTPS://www. ncBi.nL.NIH.GOV/PUBMED/36131333

安装程序和源代码可从FTP://FTPNCBI.NIH.GOV/BLAST/ExtruTabs/IGBLAST/Relase/最新.

斯普林主义

SrpRIST是一个短阅读对齐工具,与基因组序列一起工作,并处理替代位点。欲了解更多信息,请参阅FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/PUB/AgARWALA/SRPRESSM/ReMeMe. Linux下的可执行文件是可用的FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/PUB/AgARWALA/SrpRISM

数据库

BLAST数据库每天更新,并可通过FTP下载FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/BLAST/dB/数据库集合可以用UpDeTyBLASTBD.PL自动检索,这是BLAST +套件的一部分。BLAST数据库文档更多细节。

NCBI对可用于敏感蛋白和翻译核苷酸搜索的位置特异性评分矩阵进行可搜索的收集。这些被称为守恒域数据库,并且可以用RStBLAST和RPSTBLASTN可执行文件进行搜索,这些可执行文件分布在BLAST +包中。最全面的CDD的集合可在FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/PUB/MMdB/CDD/LITTLE LyEndia/CDdnncBiLe.T.Gz. 综合收集的子集可在FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/PUB/MMdB/CDD/LITTLE. 这些CDD集合的文档可在FTP://FTPNCBI.NLM.NIH.GOV/PUB/MMCD/CDD/Read.