如何:设计PCR引物并检查其特异性
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一个或多个底漆序列
转到 底漆BLAST 提交表格。 在表单的primer Parameters部分中输入一个或两个引物序列。如果只有一个引物可用,则还需要模板序列。 请参阅下面的“目标模板序列…”。 在引物对特异性检查参数部分,选择合适的源生物体和可能包含目标序列的最小数据库。 这些设置可以提供最精确的结果。 要获得最广泛的覆盖范围,请选择nr数据库,不要指定生物体。 单击“Get Primers”按钮提交搜索并检索模板和特异性信息。
目标模板序列或访问号
转到 底漆BLAST 提交表格。 以FASTA格式输入目标序列,或在表单的PCR模板部分输入NCBI核苷酸序列的登录号。如果使用NCBI mRNA参考序列登录号,该工具将自动设计对该剪接变体特异的引物。 如果要在搜索中使用一个或两个引物序列,请在表单的primer Parameters(引物参数)部分中输入这些序列。primer BLAST仅在提供目标模板和两个引子时执行特异性检查。 在引物对特异性检查参数部分,选择合适的源生物体和可能包含目标序列的最小数据库。 这些设置可以提供最精确的结果。 要获得最广泛的覆盖范围,请选择nr数据库,不要指定生物体。 点击“获取引物”按钮提交搜索并检索特定的引物对。