新的RefSeq注释鼠标,玉米,向日葵和更多!

新的RefSeq注释鼠标,玉米,向日葵和更多!

在八月和九月真核生物基因组注释管道在中发布了新批注参考文献对于以下生物体:

  • 角斑鲷(小丑银莲花鱼)
  • 斯蒂芬氏按蚊(亚洲疟蚊)
  • 加州海兔
  • 橄榄果蝇
  • 花鳃鲷科(佛罗里达长矛)
  • 白鹭(小白鹭)
  • 假丝酵母(春尾)
  • 斜视眼底
  • 海豹(灰海豹)
  • 向日葵
  • 智人(人类)
  • 加拿大猞猁
  • 莫洛西斯(帕拉斯的獒蝙蝠)
  • 法老单孢菌
  • 家鼠
  • 肌炎
  • 新安眠药
  • 鲑鱼
  • 南方蚱蜢
  • 黄羊(印度麦达卡)
  • 变色叶状菌(淡色枪鼻蝙蝠)
  • 埃及罗赛特
  • Sander lucioperca(梭子鲈)
  • 玉米

有关详细信息,请参见真核生物RefSeq基因组注释状态页.

了解有关新鼠标引用程序集GRCm39的注释的更多信息,在这里. 这是自2012年发布GRCm38以来对鼠标引用的首次坐标更改更新。

10月31日,新的PubMed更新和旧版PubMed退役

新的PubMed自5月以来一直是默认的,99%以上的人都在使用这个新网站。最近NLM技术公告详细介绍了我们根据您的请求添加到新PubMed中的功能。

与新的PubMed并行提供的遗留PubMed最终将在2020年10月31日。在可预见的将来,我们将继续通过使用旧系统的E-utilities提供对PubMed的API访问,直到我们可以过渡到访问新系统的API为止。

我们知道,在一个新的界面中适应变化和找到最喜欢的特性是需要时间的。有几种学习和培训资源可帮助您使用新的PubMed:继续阅读“新的PubMed更新和10月31日旧PubMed的退役”

Structure viewer iCn3D 2.20.0提供了新功能,包括查看静电势图!

NCBI结构查看器iCn3D2.20.0现已在NCBI网站和github. 现在你可以查看30000个原子内任何3D结构子集的静电势图。利用德尔菲通过求解线性Poisson-Boltzmann方程编制程序。你可以显示一个表面上的电位或显示一个等电位图。势图定性地显示了电荷对分子相互作用的影响。

这个例子图1显示了格列卫与人Abl2蛋白结合的静电势。这个新功能可以从菜单“分析>德尔福潜力”访问。你也可以下载PQR文件格式和指定的部分费用。

图1:3GVU人晶体结构:2。配体显示-25 mV(红色)和+25 mV(蓝色)等电位图,网格大小为65,盐浓度为0.15 M,pH值为7。该蛋白具有从-75mV(红色)到+75mV(蓝色)的表面电位梯度

继续阅读“Structure viewer iCn3D 2.20.0提供了新功能,包括查看静电势图!

NCBI在ASHG2020上展示了两个在线Colab!

NCBI在ASHG2020上展示了两个在线Colab!

在美国人类遗传学学会(ASHG)2020年年度会议上,两个即将到来的NCBI资源将在视频、调查和现场活动中呈现。来CoLab剧院看点播视频吧。然后,让我们知道你的想法,你如何做或可能使用这些资源,要么采取在线调查或加入我们的CoLab Live!2020年10月29日,星期四。

继续阅读“NCBI在ASHG2020上展示了两个在线Colab!

BLAST现在提供了RefSeq Select数据库,以实现更快的搜索和更好的结果

参照选择一套高质量的小鼠和人类基因序列;原核生物,RefSeq select是在RefSeq上注释的一组蛋白质参考和代表基因组.你现在可以在核苷酸和蛋白质上搜索这些集合爆炸服务。新的数据库是参照选择rna序列参考文献选择蛋白质类(图1)。图1。新的BLAST RefSeq选择rna(上面板)和蛋白质(底部面板)数据库和结果。搜索使用了红系己糖激酶1转录本(新元033496.3)还有蛋白质(NP_.1)作为查询。BLAST蛋白被限制在186801)突出原核生物的匹配。

针对这些更紧凑数据库的搜索运行速度更快,并提供定义更好、更易于解释的搜索结果。您还可以从BLAST db FTP目录用于局部喷砂装置。您还可以使用爆炸+Docker图像.

请写信给我们blast-help@ncbi.nlm.nih.gov告诉我们你对这些新数据库的看法。

 

宣布鼠标GRCm39的RefSeq注释!

NCBI RefSeq已经完成了新鼠标引用程序集GRCm39的初始注释最近发布基因组参考联盟. 这是自2012年发布GRCm38以来首次对鼠标引用进行坐标更改的更新,解决了400多个问题,几乎使scaffold N50增加了一倍,几乎缩小了一半的差距,并增加了1.9mb的序列。这是件大事!图1。基因组数据查看器显示了小鼠假常染色体区域的注释,包括先前缺失的四个基因的注释:Sts、Nlgn4l、Akap17a和2510022D24Rik

继续阅读“宣布鼠标GRCm39的RefSeq注释!

NCBI数据集现在提供了3万多个生物体的基因数据下载

NCBI数据集现在提供基因表:您指定的基因的可定制表,包含关键基因信息,并能够轻松下载基因组、转录和蛋白质序列的数据集。

拖放列表基因ID或基因符号,数据表显示你的基因包含多达15列元数据,包括基因组坐标,参考文献转录和蛋白质材料,Ensembl ID和UniProt材料,以及其他基因信息。您可以在web上浏览并选择表中的项目,或者将所有内容下载到您的计算机上以供以后分析(图1)。

图1。数据表的网络下载。顶部面板。输入或上传基因标识符或符号列表。底部面板。结果表格显示允许您浏览结果,下载表格或基因序列数据(基因组、转录本、蛋白质) 继续阅读“NCBI数据集现在提供了3万多个生物体的基因数据下载”

Genome Workbench 3.5.0版的最新增强功能

新功能

版本3.5.0基因组工作台NCBI的序列注释与分析平台包括两个新的功能:首先,我们改进了系统发育重建算法,增加了序列附加的元信息,如分离源、采集日期和国家。例如,这对于分析冠状病毒非常有用。有关此功能的更多信息,请查看我们的新教程:从搜索开始创建系统进化树以及从多重比对建立系统发育树.

其次,我们对图形序列视图中的工具提示进行了改进,以包括有关插入和未对齐数据的信息。

错误修复和改进

我们做了一些其他的修正和改进,在文本视图中,我们修复了显示某些AGP数据时的崩溃。使用AGP导出,我们修复了AGP中的序列id与FASTA文件中的序列id不匹配的问题(当使用序列范围时)。

在树视图中,我们修复了一个搜索崩溃和一个工具提示问题,即设置自定义标签时工具提示元信息消失。我们还改进了启动时间,并修复了图形序列视图中工具提示中的一些视觉问题。

最后,在编辑包中,我们修改了表读取器对话框中的控件布局以适应小屏幕;提高了表读取器的速度;修复了导入特征表后撤消不起作用的几种情况。

COVID-19相关人类基因注释的最新进展

对涉及COVID-19生物学的人类基因感兴趣吗?NCBI的参考文献该小组一直致力于编制一组与冠状病毒感染和疾病有关的人类基因,现在您可以在NCBI基因和RefSeq中看到并搜索这些基因及其调控元件。

图1.人体的顶部ACE2记录在基因数据库中。信息可在COVID部分找到。

继续阅读“最新的COVID-19相关人类基因注释,现载于NCBI-RefSeq和gene”

10月14日网络研讨会:利用AWS-Athena和SARS-CoV-2的新数据集探索SRA元数据

10月14日网络研讨会:利用AWS-Athena和SARS-CoV-2的新数据集探索SRA元数据

10月14日加入我们,学习如何使用雅典娜在AWS上快速搜索序列读取存档(SRA)在云端加速你的生物信息研究和发现项目,并探索一个新的SRA SARS-CoV-2数据集。在本次网络研讨会中,我们将向您介绍一种使用本地AWS工具Athena搜索SRA提交者提供的元数据和SRA分类分析结果的方法,该工具使用类似SQL的查询来探索基于云的数据表。您将看到一个真实的案例研究,演示如何查找有关SRA运行的关键信息并为您自己的分析管道识别数据集。这个例子将突出一种新的数据格式,旨在帮助推进SARS-CoV-2的研究。这个SRA对齐读取格式是一个新的压缩数据对象。此数据格式包括与预组装的连续数据程序集(contigs)对齐的原始读取,这将帮助您更轻松地确定序列数据样本中的实际内容。

  • 日期和时间:2020年10月14日星期三美国东部时间下午12:00–下午1:00
  • 登记

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI YouTube频道. 您可以在网络研讨会和课程页面.