所有资源

数据库

装配

提供关于组装基因组结构、组装名称和其他元数据、统计报告和基因组序列数据的链接的信息的数据库。

生物收集

一套用于文化收藏、博物馆、草本和其他自然历史收藏的元数据集合。记录显示收集代码,关于集合的归属机构的信息,以及在NCBI中与相关数据的链接。

基因组学、功能基因组学和遗传学研究的集合及其结果数据集的链接。该资源描述了项目范围、材料和目标,并提供了一种机制,用于检索由于不一致注释、多个独立提交、以及通常存储在不同数据库中的不同数据类型的多样性而经常难以找到的数据集。

生物量计

BioStand数据库包含在实验分析中使用的生物源材料的描述。

将生物文献、小分子和序列数据按生物关系分组的数据库。

可以直接搜索或从其他NCBI数据库中链接数据的生物医学书籍的集合。收集包括生物医学教科书,其他科学名称,遗传资源,如概括性综述和NCBI帮助手册。

克林瓦

提供一个公开的、跟踪的记录人类变异和观察到的健康状况之间的关系的证据。相关信息NIH基因检测注册中心(GTR)梅根基因奥米姆PubMed和其他源可以通过记录上的超链接来访问。

临床试验

登记和结果数据库的公开和私人支持的临床研究的人类参与者在世界各地进行。

NCBI结构群的计算资源

一个集中式页面,提供由NCBI计算生物学分支(CBB)的结构组开发的资源的访问和链接。这些资源涵盖了数据库和工具,以帮助研究大分子结构,保守结构域和蛋白质分类,小分子及其生物活性,以及生物途径和系统。

一致性CDS(CDS)

协同努力,以确定核心组的人类和小鼠蛋白质编码区,一贯注释和高品质。

序列排列和轮廓表示蛋白质结构域保守的分子进化的集合。它还包括域在MMDB数据库中与已知的三维蛋白质结构的比对。

已经开发了DVAR数据库以存档与大规模基因组变异相关的信息,包括大插入、缺失、易位和反转。除了归档变异发现,DVAR还存储定义的变体与表型信息的关联。

一个档案和分发中心的描述和研究的结果,研究基因型和表型之间的相互作用。这些研究包括全基因组关联(GWAS)、医学再测序、分子诊断分析以及基因型与非临床特征之间的关联。

包括单核苷酸变异、微卫星和小规模插入和缺失。DbSNP包含群体特异性频率和基因型数据、实验条件、分子背景和对中性变异和临床突变的映射信息。

NIH基因序列数据库,注释所有公共可用DNA序列的集合。GenBank是国际核苷酸序列数据库合作的一部分,它包括日本DNA数据库(DRBJ)、欧洲分子生物学实验室(EMBL)和NCBI的GenBank。这三个组织每天交换数据。GenBank由几个分区组成,其中大部分可以通过核苷酸数据库访问。例外是EST和GSS除法,它们分别通过核苷酸EST和核苷酸GSS数据库访问。

一个可搜索的基因数据库,专注于已经完全测序的基因组,并有一个活跃的研究团体来贡献基因特异性数据。信息包括命名、染色体定位、基因产物及其属性(例如,蛋白质相互作用)、相关标记、表型、相互作用以及与引文、序列、变异细节、地图、表达报告、同源物、蛋白质结构域内容和外部数据库的链接。

支持符合MIAME数据提交的公共功能基因组学数据仓库。阵列和序列为基础的数据被接受,并提供工具,以帮助用户查询和下载实验和精明的基因表达谱。

存储从基因表达综合库(GEO)库中收集的基因表达和分子丰度数据集。DataSet记录包含其他资源,包括群集工具和差异表达式查询。

存储从基因表达综合库(GEO)库中收集的个体基因表达和分子丰度谱。基于基因注释或预先计算的轮廓特征搜索感兴趣的特定轮廓。

概括性综述

NCBI书架上的专家撰写的、同行评审的疾病描述的集合,其应用遗传测试来诊断和管理具有特定遗传条件的患者和家庭的遗传咨询。

基因与疾病

对所选择的遗传疾病的信息的概述,讨论潜在的突变和临床特征,以及与相关数据库和组织的联系。

基因检测注册中心(GTR)

一个自愿的基因测试和实验室注册中心,有关于测试的详细信息,如测量和分析和临床效度。GTR也是关于遗传条件的信息的一个联系,并提供各种资源的上下文特定链接,包括实践指南、发表的文献和遗传数据/信息。GTR的初始范围包括孟德尔病症的单基因试验,以及阵列、面板和药理学试验。

包含来自1000个有机体的整个基因组的序列和地图数据。基因组代表了完全测序的生物体和正在进行测序的生物体。所有三个主要领域的生命(细菌,古细菌,真核生物),以及许多病毒,噬菌体,病毒类,质粒,和细胞器。

基因组参考联盟(GRC)

基因组参考联盟(GRC)维持人类和小鼠参考基因组的责任。成员由华盛顿大学基因组中心、威康信托基金桑格研究所、欧洲生物信息学研究所(EBI)和国家生物技术信息中心(NCBI)组成。GRC的工作是纠正错误的轨迹和关闭剩余的装配间隙。此外,GRC寻求提供用于复杂或结构变异的基因组位点的替代组件。在GRC网站(http://www-GeorMeNeOff.org),公众可以查看目前正在审查的基因组区域,报告基因组相关的问题,并联系GRC。

HIV-1人类蛋白质相互作用数据库

已知HIV-1蛋白与人类宿主蛋白相互作用的数据库。它提供了已发表的蛋白质相互作用报告的注释书目,以及与相应的PubMed记录和序列数据的链接。

相同蛋白质组

在GenBank和ReFeSQ中注释的编码区中识别的蛋白质的整合记录的集合,以及SwissProt和PDB蛋白序列。该资源允许调查者获得更具针对性的搜索结果并快速识别感兴趣的蛋白质。

流感病毒

NIAID流感基因组测序项目和GenBank的数据汇编。它为流感序列分析、注释和提交给GenBank提供工具。该资源还与其他流感序列资源、出版物和流感病毒的一般信息有联系。

NLM目录数据库的子集,提供关于NCBI数据库记录中引用的期刊的信息,包括PubMed摘要。可以使用日志标题、MEDLINE或ISO缩写、ISSN或NLM目录ID搜索该子集。

Mesh(医学主题标题)是美国国家医学图书馆为MEDLINE/PubMed索引文章的受控词汇表。Mesh术语提供了检索相同概念的不同术语的一致方法。

梅根

有关医学遗传学的信息门户。MEDGEN包括来自多个来源的术语列表,并将它们组织成概念分组和层次结构。链接也被提供给与这些概念相关的信息。NIH基因检测注册中心(GTR)克林瓦基因奥米姆PubMed以及其他来源。

NCBI C++工具包手册

NCBI C++工具包的全面手册,包括其设计和开发框架,C++库参考,软件示例和演示,常见问题解答和发布说明。该手册是可在线搜索的,可以作为一系列PDF文档下载。

提供教程和培训材料的链接,包括PowerPoint幻灯片和打印讲义。

NCBI术语表

NCBI手册的一部分,该术语表包含NCBI工具和缩写词、生物信息学术语和数据表示格式的描述。

广泛收集关于NCBI数据库和软件的文章。为新手用户设计,每一篇文章介绍了资源及其设计的一般概述,以及搜索和使用可用的分析工具的提示。所有的文章可以在线搜索并以PDF格式下载,手册可以通过NCBI书架访问。

通过NCBI书架访问,帮助手册包含许多NCBI资源的文档,包括PubMed、PubMed Central、Entz系统、基因、SNP和LinkOut。所有章节都可以以PDF格式下载。

NCBI病原体检测项目

收集和分析源自食物、环境和患者分离物的细菌病原体基因组序列的项目。目前,一个自动化的管道集群和识别主要由公共卫生实验室提供的序列,以协助调查食源性疾病爆发,并发现潜在的食物污染源。

国家医学图书馆(NLM)目录

图书馆馆藏所有期刊、书籍、视听、计算机软件、电子资源和其他资料的书目数据。

来自几个来源的核苷酸序列的集合,包括GenBank、RefSeq、第三方注释(TPA)数据库和PDB。搜索核苷酸数据库将从每个组件数据库产生可用的结果。

人类基因和遗传疾病数据库。NCBI保持当前的内容,并继续支持其与其他NCBI数据库的搜索和集成。然而,OMIM现在有了一个新的家。OMI.ORG并且用户被引导到这个站点进行完整的记录显示。

来源于比较研究的相关DNA序列的数据库:系统发育、群体、环境和较小程度的突变。数据库中的每个记录都是一组DNA序列。例如,群体集提供了生物体内遗传变异的信息,而系统发育组可以包含从几个相关生物体获得的单个基因的序列及其排列。

探查

一种公共核酸注册表,被设计用于各种生物医学研究应用中,以及关于试剂分配器、探针有效性和计算序列相似性的信息。

一组相关的蛋白质序列(簇),由完整的原核和细胞器质粒和基因组编码的参考序列蛋白组成。数据库提供了对注释信息、出版物、域、结构、外部链接和分析工具的简单访问。

一个数据库,包括来自各种来源的蛋白质序列记录,包括GyPePT、RefSeq、瑞士PROT、PIR、PRF和PDB。

包括沉积的生物活性数据和用于筛选PubCCHM物质数据库中包含的化学物质的生物活性测定的描述,包括对筛选过程特定的条件和读出(生物活性水平)的描述。

包含独特的、经过验证的化学结构(小分子),可以使用名称、同义词或关键词进行搜索。如果不同的储藏者提供相同的结构,复合记录可以链接到多于一个的PUBCHEM物质记录。这些化合物记录反映了用于描述蛹物质中物质的有效化学描述信息。存储在PubCHEM化合物中的结构是预先聚类和交叉引用的身份和相似性组。此外,计算的属性和描述符可用于化学结构的搜索和过滤。

PubCCHM物质记录包含由储户电子提交给PUBCHEM的物质信息。这包括提交的任何化学结构信息,以及化学名称、评论以及与储户网站的链接。

MEDLINE和其他生命科学期刊生物医学文献引文和摘要数据库当文章的全文版本通过PubMed Central(以下描述)或其他网站时,可以提供链接。

全数字化生物医学和生命科学期刊文献的数字化存档,包括临床医学和公共卫生。

人类基因特异性参考基因组序列的集合。ReFSEQ基因是NCBI的RefSeq数据库的一个子集,是基于基因位点特异性数据库和基因测试社区的馆长的定义来定义的。它们形成报告突变的稳定基础,建立一致的内含子和外显子编号惯例,并定义其他生物学上显著的变异的坐标。ReFSEQ基因是位点参照基因组的一部分(LRG)合作。

收集的非冗余基因组DNA、转录本(RNA)和NCBI产生的蛋白质序列。ReFSEQS为基因组注释、基因鉴定和鉴定、突变和多态性分析、表达研究和比较分析提供了稳定的参考。通过核苷酸和蛋白质数据库访问ReFSEQ集合。

逆转录病毒资源

专门设计用于支持反转录病毒研究的资源集合,包括使用BLAST算法来识别查询序列的基因型的基因分型工具;用于多序列的全局比对的对齐工具;HIV-1自动序列注释工具;以及GenBank、FASTA和图形格式中可查看的大量逆转录病毒的注释图,其链接到相关序列记录。

冠状病毒

SARS冠状病毒(COV)的数据摘要,包括与最近的序列数据和出版物的链接,与其他SARS相关资源的链接,以及预先计算的来自不同菌株的基因组序列的比对。

序列读取存档(SRA)存储来自下一代测序平台的测序数据,包括罗氏454 GS系统®、Illumina基因组分析器®、生命技术AB Stand Stand®、HeliSOS生物科学HELISCOPE®、完整基因组学®和太平洋生物科学SMRT®。

包含来自蛋白质数据库的大分子3D结构,以及用于它们的可视化和比较分析的工具。

包含在NCBI数据库中具有分子数据的超过160000种有机体的名称和系统谱系。随着分类数据的增加,新分类单元被添加到分类数据库中。

第三方注释(TPA)数据库

包含从GenBank中现有的主序列数据构建的序列的数据库。序列和相应的注释实验支持,并已发表在同行评审的科学期刊。通过核苷酸数据库检索TPA记录。

数据库序列的色谱图(痕量),碱基调用,和质量估计单次读取从各种大型测序项目。

病毒基因组

广泛的资源,包括病毒生物学的简要总结,链接到Enter Z基因组中的病毒基因组序列,以及关于病毒参考序列的信息,一系列参考序列,用于成千上万的病毒基因组。

病毒变异

将流感病毒资源扩展到其他生物体,提供下载所选病毒序列集的接口,分析工具,包括病毒特异性爆炸页和基因组注释管道。

下载

为Solaris、Linux、Windows和MaCOSX系统提供本地使用的BASIC可执行文件。有关更多信息,请参阅FTP目录中的自述文件。预格式数据库用于BLAST核苷酸、蛋白质和翻译搜索也可用于DB子目录下的下载。

爆破数据库

与独立的BLAST程序一起使用的序列数据库。该目录中的文件是准备好使用BLAST的预格式化数据库。

FTP:CDD

该站点为CDD提供完整的数据记录,以及每个特定位置的评分矩阵(PSSMS)、MFASTA序列和每个保守域的注释数据。请参阅自述文件以获取详细信息。

FTP:ClinVar Data

该网站提供完整的XML数据抽取和VCF格式的摘要数据。它包含了文件中关于标准术语的信息。克林瓦梅根GTR.

FTP:FASTA爆破数据库

FASTA格式的序列数据库,用于独立的BLAST程序。这些数据库必须在格式化数据库之前使用FALTATB进行格式化。

GenBank

此站点包含默认格式文件格式中GenBank中所有序列记录的文件。这些文件是由GenBank分区组织的,并且在Read Men.GenBank文件中描述了完整的内容。

GPPEPT

与GenBank中的编码序列(CDS)的翻译对应的蛋白质序列为每个GenBank发布收集。请参阅目录中的自述文件以获取更多信息。

FTP:基因

这个站点包含三个目录:数据、通用和工具。数据目录包含列出所有链接到GiNIDs的数据以及包含ASN 1数据的子目录的基因记录。泛型(基因引用到函数)目录包含PubMed标识符,用于描述单个基因的功能或两个基因的产物之间的相互作用。在工具目录中提供了用于操作基因数据的示例程序。详情请参阅自述文件。

FTP:基因表达综合(GEO)简介和数据集

这个站点包含两种格式的地理数据:软(文本格式简单的综合)和极小(标记语言中的MiMeMyType)。概要文本文件和补充数据也是可用的。有关更多信息,请参阅Read .txt文件。

基因组:FTP

该网站包含基因组序列和在Enter Z基因组中的生物体的映射数据。数据被组织在单个物种或物种群的目录中。映射数据在目录MMAVIEW中收集并按物种组织。请参阅根目录中的自述文件和物种子目录中的自述文件以获取详细信息。

基因组图谱数据

包含每个基因组的目录,包括当前基因组和先前构建的基因组的可用映射数据。

FTPC:NCBI分类法

该站点包含完整的分类数据库以及将核苷酸序列和蛋白质序列记录与其分类ID关联的文件。有关更多信息,请参见TaskDimpRead .txt和GiTasIDID.Read文件。

FTP:PUBCHEM

该网站提供了来自PubCCHM物质、化合物和生物测定数据库的数据,用于通过FTP下载。数据库的完整下载以及每日、每周和每月更新的内容和化合物。在ASN 1、SDF和XML格式中提供实体和复合数据。有关更多信息,请参阅自述文件。

FTP:RefESEQ

该位点包含参考序列(ReFSEQ)集合中的所有核苷酸和蛋白质序列记录。“释放”目录包含完整集合的最新版本,而选定生物体(如人、鼠和鼠)的数据可在单独的目录中获得。数据在FASTA和平面文件格式中可用。有关详细信息,请参阅自述文件。

FTP:Sky/M- FISH和CGH数据

该站点包含ASN 1、XML和EasySkyCGH格式的SKY-CGH数据。有关更多信息,请参见SkycGeReMe.txt文件。

FTP:单核苷酸多态性

SNP的可下载数据。

序列读取存档(SRA)下载工具

该网站包含由提交的测序项目组织的下一代测序数据。

FTP:站点

用于NCBI数据库、工具和实用工具的FTP下载站点。

FTP:结构(MMDB)

该站点包含了用于MMDB中的所有记录的ASN 1数据以及大量的对齐数据和非冗余PDB(NR PDB)数据集。有关更多信息,请参阅自述文件。

跟踪档案

该网站包含由物种组成的痕量色谱数据。数据包括色谱图、质量分数、自动基址调用的FASTA序列以及标签分隔文本和XML格式中的其他辅助信息。有关详细信息,请参阅自述文件。

UNIVEC

该网站包含了FASTA格式的UNIVEC和UnviCeCar数据库。有关详细信息,请参阅Read .UV文件。

全基因组鸟枪序列

该网站包含由4位项目代码组织的全基因组鸟枪序列数据。数据包括GenBank和GenPEPT平面文件,质量分数和汇总统计。有关更多信息,请参阅Read .GnBang.WGS文件。

开放存取数据

开放存取数据一般包括基因型/表型关联研究的摘要、测量变量的描述和研究文档,如协议和问卷。访问个体级数据,包括表型数据表和基因型,需要不同级别的授权。

MEDLINE(租赁)

NLM租赁MEDLINE/PubMed到美国个人或组织。

NCBI数据规范

ASN.1或DTD格式的NCBI数据规范可在DATAYSPECs页的索引中使用。“NCBIUDATA转换.html”链接到转换工具。

国家医学图书馆(NLM)DTDS

一套用于编辑和归档期刊文章的标签集,并将期刊文章从出版商转移到档案馆和档案馆之间。有四个标签集:存档和交换标签集-创建一个存档,以尽可能方便地捕获现有打印和标签的期刊材料的结构和语义成分;为希望规范和控制其内容的档案而优化的期刊出版标签集,不接受任何特定出版商提交给他们的顺序和安排;文章创作标签集-为创作新的期刊文章而设计;NCBI图书标签集-专门用于描述NCBI在线图书馆的卷。

PUBCHEM下载服务

该服务允许用户下载对应于一组PUBCHEM标识符的复合或实体记录,其可以手动或通过文本文件提供。许多下载格式可用,包括SDF、XML和微笑。

PubMed中央(PMC)开放存取子集

PMC开放存取子集是PMC中文章集合的相对较小的部分。虽然PMC中的大多数文章都受到传统版权限制,但这些文章受版权保护,但可以在一个创意共享或类似许可下使用,通常允许比传统版权更自由地重新分配和重用。请参阅每篇文章中的许可证声明,以说明具体使用条款。

RSS订阅

订阅Web/RSS订阅源以获取关于NCBI资源的更新。

提交

生物项目提交

一种在线形式,为研究人员、联盟和组织提供一个接口来注册他们的生物项目。这是研究基因组和遗传数据提交的起点。在生物工程注册时不需要提交数据。

ClinVar提交

提交关于人类遗传变异致病性的指导方针和说明。这些提交可以包括关于变体的汇总数据(变体级别/聚合数据);每种情况(案例级别)的支持都在开发中。

基因型和Phenotype(DBAP)数据提交策略数据库

将基因型和表型关联数据提交给BGAP的指南和要求。

一种基于网络的序列提交工具,用于GenBank数据库中的一个或几个提交,旨在使提交过程快速简便。

GenBank:条形码

从一个标准的基因位点提交给GenBank数据库的条形码短核苷酸序列,用于物种鉴定。

一个独立的软件工具开发的NCBI提交和更新条目到公共序列数据库(GenBank,EMBL,或DDBJ)。它能够处理简单的提交,包含一个短的mRNA序列,复杂的提交包含长序列,多个注释,分段的DNA组,以及序列与系统发育和人口研究与比对。对于简单的提交,使用在线提交工具BANGIT。

一种命令行程序,它使用许多与序曲相同的功能来自动生成提交给GenBank的序列记录。它主要用于提交完整的基因组和大批量的序列。

基因表达综合(GEO)Web矿床

向NCBI基因表达综合数据库(GEO)数据库提交表达数据,如微阵列、SAGE或质谱数据集。

通用的

GANIF提供了一种简单的机制,允许科学家在基因数据库中添加基因的功能注释。

基因测试注册(GTR)提交

注册实验室和提交遗传试验信息的指南和指令,包括生殖系或体细胞试验靶标的临床和研究试验。GTR欢迎孟德尔病症、药物遗传学表型和复杂面板的细胞遗传学、生化和分子测试登记。

NIH手稿提交(NIHMS)

NIH手稿提交(NIHMS)系统用于提交由NIH资助产生的稿件。公共医学中心数字档案馆,根据美国国立卫生研究院公共访问政策及其实施的法律。法律和公共获取政策旨在确保公众能够获得NIH资助的研究成果。

PUBCHEM上传

该网站允许用户向PubCCHM物质和生物测定数据库提交数据,包括化学结构、实验生物活性结果、注释、siRNA数据等等。它还可以用来更新先前提交的记录。

SNP数据库工具页提供了一般提交指南和提交处理请求的链接。该页还使用人类基因组变异社会术语对人类变异数据的单一或批量提交的两个特定链接。

顺序读取归档提交

该链接描述了SRA数据的提交者如何能够为其数据获得安全的NCBI FTP站点,并且还描述了允许的数据格式和目录结构。

提交门户

提交者在NCBI中连接和查找关于所有数据提交过程的信息的单个入口点。目前,这是一个接口,用于注册生物项目和生物样品和提交WGS和GTR的数据。该网站的未来增补计划。

跟踪存档提交

该链接描述了跟踪数据的提交者如何能够为其数据获得安全的NCBI FTP站点,并且还描述了允许的数据格式和目录结构。

工具

1000基因组浏览器

一种交互式图形查看器,它允许用户探索已经产生的变体调用、基因型调用和支持证据(例如对齐序列读取)。1000基因组计划.

氨基酸探索者

该工具允许用户通过比较它们的结构和化学性质,预测由突变引起的蛋白质序列变化,观察常见的替换,以及浏览保守域中给定的残基的功能来探索氨基酸的特性。

装配档案

将在跟踪存档中找到的原始序列信息与在公共可用的序列库(GenBank /EMBL/DDBJ)中发现的汇编信息链接起来。装配查看器允许用户看到多序列比对以及实际序列色谱图。

爆破微生物基因组

对所选完整的真核和原核基因组进行相似序列的BLAST搜索。

稻瘟病基因

在基因组中进行基因组序列的BLAST搜索Refsq基因/LRG集。默认显示提供准备好的导航以查看图形显示中的对齐方式。

爆破教程和指南

本页链接了许多与爆炸相关的教程和指南,包括BLAST算法的选择指南、BLAST输出格式的描述、独立爆炸的参数说明、在本地机器上设置独立爆炸的方向和使用BurnLoad API。

发现生物序列之间的局部相似区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算匹配的统计意义。BLAST可以用来推断序列之间的功能和进化关系,以及帮助识别基因家族成员。

间歇式浇注

允许您通过从核苷酸或蛋白质数据库上传GI或登录号文件或来自其他EntReX数据库的唯一标识符文件来检索来自许多EntRez数据库的记录。搜索结果可以以各种格式直接保存到计算机上的本地文件。

CD-树

一个独立的应用程序,用于分类蛋白质序列和研究它们的进化关系。CD树可以导入、分析和更新现有的保存域(CDD)记录和层次结构,也允许用户自己创建。CDTRAGE与Enter Z CDD和CN3D紧密集成,并允许用户创建和更新蛋白质域比对。

钴是一种蛋白质多序列比对工具,利用RPS-BLAST、BLASTP和PHI BLAST,找到从保守域数据库、蛋白质基序数据库和序列相似性导出的成对约束的集合。

一个独立的应用程序,用于从NCBI的Entz检索服务中查看三维结构。CN3D在Windows、Macintosh和UNIX上运行,并且可以配置为从最受欢迎的Web浏览器接收数据。CN3D同时显示结构、序列和对齐,并具有强大的注释和对齐编辑功能。

咖啡休息时间

NCBI书架的一部分,咖啡休息结合最近的生物医学发现使用NCBI工具的报告。每个报告都包含互动教程,显示NCBI生物信息学工具是如何作为研究过程的一部分使用的。

守恒域体系结构检索工具(CDART)

显示构成一个给定蛋白质序列的功能域。它列出了具有相似结构域的蛋白质,并且可以检索包含域的特定组合的蛋白质。

识别存在于蛋白质序列中的保守结构域。CD搜索使用RPS-BLAST(反向位置特定BLAST)来比较从保守域数据库(CDD)中保存的保守域对齐所准备的针对位置特定的得分矩阵的查询序列。

在常规Web查询接口之外提供NCBI EntEnz系统中数据访问的工具。它们提供了一种自动化软件应用程序中的Entz任务的方法。每个实用程序执行一个专门的检索任务,并且可以简单地通过编写一个特殊格式的URL来使用。

埃博特

一种工具,允许用户使用在线表单构建E-Un公用分析管道,然后生成Perl脚本来执行流水线。

基因表达综合(GEO)爆破

用于将查询序列(核苷酸或蛋白质)对准GenBank序列的工具,其包含在GEO数据库中的微阵列或SAGE平台上。

遗传密码

在表和分类树中的分类数据库中显示有机体的遗传密码。

基因组爆破

该工具将核苷酸序列或蛋白质序列与基因组序列数据库进行比较,并使用基本局部比对搜索工具(BLAST)算法计算匹配的统计显著性。

基因组数据查看器(GDV)

基因组浏览器,用于交互式导航真核RefSeq基因组组件,全面检查基因,表达,变异和其他注释。GDV提供易于加载的分析轨道预配置,一个数据轨道菜单,便于显示和定制,并支持上传和分析用户数据。该浏览器还可以生产用于发布的显示器。

基因组修饰页

一种在线工具,用于帮助生成汇编的表意符号或序列表示注释的日志质量图。

基因组重映服务

NCBI的ReMAP工具允许用户计划注释数据并将特征从一个基因组组件转换到另一个基因组组件,或者通过碱基分析通过碱基分析来重组基因序列。提供选项来调整重映射的严格性,并且汇总结果显示在网页上。在NCBI的基因组工作台图形查看器中,可以下载完整的结果查看,并且还可以下载用于重新映射的特征的注释数据以及汇总数据。

用于查看和分析序列数据的集成应用程序。使用基因组工作台,您可以查看NCBI中公开可用的序列数据库中的数据,并将这些数据与自己的数据混合。

链接输出

允许第三方直接从PubMed和其他EntReX数据库记录链接到EntEnz系统之外的相关Web可访问资源的服务。Link输出资源的例子包括全文出版物、生物数据库、消费者健康信息和研究工具。

为生物的一个子集提供地图和组装序列的特殊浏览能力。你可以查看和搜索一个有机体的完整基因组,显示地图,并放大到越来越大的细节层次,向下一个感兴趣区域的序列数据。

多序列比对查看器

交互式Web应用程序,使用户能够可视化由数据库搜索结果或其他软件应用程序创建的多个对齐。MSA查看器允许用户上传对齐并设置主序列,并使用诸如变焦和变色的特征来探测数据。

提供有关新的和更新的资源和NCBI研究和开发项目的信息。新闻站点包含突出显示服务、资源特征和工具的特征文章,以及频繁描述关于用户社区感兴趣的关键数据集和服务的重要公告。提供了NCBI社交媒体站点的链接和可用的RSS订阅和电子邮件列表的列表。

NCBI工具箱

NCBI使用的一组软件和数据交换规范,用于生产分子生物学的便携式模块化软件。工具箱中的软件主要用于读取抽象语法符号1(ASN.1)格式、国际标准组织(ISO)数据表示格式的记录。

奥西里斯

一个公共领域的质量保证软件包,有助于评估基于实验室特定协议的多重短串联重复序列(STR)DNA谱。OSIRIS使用独立导出的基于数学的施胶算法来评估原始电泳数据。它提供了两个新的峰值质量测量-拟合水平和大小的残差。它可以定制,以适应实验室特定的签名,如背景噪声设置,定制命名公约和额外的内部实验室控制。

开放式读框器(ORF查找器)

一种图形分析工具,它可以找到用户序列中的所有开放阅读框,或者已经在数据库中的序列。可以使用十六种不同的遗传密码。推导的氨基酸序列可以以各种格式保存,并利用BLAST搜索蛋白质数据库。

PSM观察器

允许用户显示,排序,子集和下载位置特定的得分矩阵(PSMS)从CDD记录或位置特定迭代(PSI)-BLAST蛋白质搜索。该工具还可以对齐查询蛋白质的PSSM和高亮位置的高保守性。

表型基因型积分器(费格尼)

通过表型、染色体定位、基因和SNP标识符来支持寻找与表型相关的人类表型/基因型关系。目前包括来自BGAP、NHGRI GWAS目录和GTEX的信息。在基因组上、序列中或下载表中显示结果。

引物爆破工具使用Prime3将PCR引物设计成序列模板。然后利用针对用户指定数据库的BLAST搜索来自动分析潜在产品,以检查目标的特异性。

用于计算蛋白质与基因组核苷酸序列的比对的实用程序。它基于Needleman Wunsch全局比对算法的变化,并且特别地解释内含子和拼接信号。由于该算法,在确定剪接位点和容忍测序误差方面,PROSPRIGN是准确的。

PUPCHEM电力用户网关(PUG)

PUG通过编程接口提供对PUBCHEM服务的访问。PUG允许用户下载数据,启动化学结构搜索,标准化化学结构,并与电子公用事业交互。可以使用标准URL或通过SOAP访问PUG。

美国普布克标准化服务

标准化,在PUBCHEM术语中,是化学结构的处理,用同样的方式从贡献者的原始结构中创建PubCHEM复合记录。这个服务让用户看到PUBCHEM如何处理他们想要提交的任何结构。

PubCHEM结构搜索允许PubCHEM复合数据库通过化学结构或化学结构模式查询。PubCCHM草图允许手动绘制查询。用户还可以通过PubCHEM复合标识符(CID)、微笑、SMART、IKI、分子公式或通过上传支持的结构文件格式来指定结构查询输入。

一个专门的PubMed搜索形式,目标是临床医生和卫生服务研究人员。该页简化了临床研究范畴的检索,寻找系统的回顾和检索医学遗传学文献。

PubMed教程

在PubMed搜索和链接上的Web和Flash教程的集合,使用Mesh和其他PubMed服务保存MyNCBI中的搜索。

相关结构

相关结构工具允许用户从与查询蛋白序列相似的分子建模数据库(MMDB)中找到3D结构。虽然查询蛋白可能尚未具有解析结构,但类似的蛋白质序列的3D形状可以揭示查询蛋白的假定形状和生物学功能。

SNP数据库专用搜索工具

各种工具可用于搜索SNP数据库,允许使用基因型、方法、群体、提交者、标记和序列相似性使用BLAST进行搜索。这些链接是在“dSnP主页左侧栏”的“搜索”下链接的。

序列细胞遗传学转换服务
为人类、大鼠、小鼠和果蝇基因组组件转换序列和细胞遗传学坐标的在线工具。
序列查看器

提供核苷酸序列或蛋白质序列的可配置图形显示和已在该序列上注释的特征。除了在NCBI序列数据库页上使用之外,该查看器还可以作为可嵌入的网页组件。详细文件包括API参考指南可供开发人员希望嵌入到他们自己的页面中。

用于计算基因组序列比对的cDNA的实用程序。它基于Needleman Wunsch全局比对算法的变化,并且特别地解释内含子和拼接信号。由于该算法,拼接在确定剪接位点和容忍测序误差方面是准确的。

支持使用部分分类名称、通用名称、通配符和语音相似名称搜索分类树。对于每个分类节点,该工具提供指向该节点Entrez的所有数据的链接,显示该谱系,并提供指向与该节点相关的外部站点的链接。

为选定的生物体群生成分类树。用户可以上传一个分类ID或名称的文件,或者他们可以直接输入名字或ID。

分类统计

显示给定级别和包含日期的数据库中分类节点的数量。

分类状态报告

显示一组分类节点或ID的当前状态。

树木观察者

用于创建和显示系统发育树数据的工具。树浏览器能够分析你自己的序列数据,产生可打印的矢量图像作为PDF,并且可以嵌入在网页中。

变化观察器
基因组浏览器搜索和查看基因组变异列表中列出的DNSNP,DVAR和CLIVAR数据库。可以使用染色体定位、基因符号、表型或来自dBSNP和DVAR的变异ID进行搜索。浏览器允许在动态图形序列查看器中使用注释的变化表来探索结果。
视频屏幕

一种快速识别可能是载体来源的核酸序列片段的系统。VCSECF搜索一个查询序列,用于匹配一个专门的非冗余向量数据库(UNIVEC)中的任何序列。

识别相似蛋白质三维结构的计算机算法。MMDB中的每个结构的结构邻居都是预先计算并通过MMDB结构摘要页上的链接访问的。这些邻居可以用来识别远距离同源物,不能单独通过序列比较来识别。

病毒基因分型工具

该工具有助于识别病毒序列的基因型。沿着查询序列滑动窗口,并且通过BLAST将每个窗口与特定病毒的每个参考序列进行比较。

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