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BLAST微生物基因组
从选定的完整真核和原核基因组中执行BLAST搜索相似序列。
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BLAST RefSeqGene（BLAST参考序列基因）
对中的基因组序列执行BLAST搜索参考SeqGene/LRG组。默认显示提供就绪的导航，以查看图形显示中的路线。
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基本局部对齐搜索工具（BLAST）
查找生物序列之间的局部相似区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算匹配的统计意义。BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助识别基因家族成员。
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比较基因组查看器（CGV）
基于全基因组组装比对比较基因组
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COBALT公司
COBALT是一种蛋白质多序列比对工具，它使用RPS-BLAST、BLASTP和PHI-BLAST，从保守域数据库、蛋白质模体数据库和序列相似性中找到一组成对约束。
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保护域搜索服务（CD搜索）
识别蛋白质序列中存在的保守结构域。CD-Search使用RPS-BLAST（反向位置特定BLAST）将查询序列与保存域数据库（CDD）中保存的域比对生成的位置特定得分矩阵进行比较。
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基因表达综合（GEO）BLAST
用于将查询序列（核苷酸或蛋白质）与GEO数据库中微阵列或SAGE平台上包含的GenBank序列对齐的工具。
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基因组BLAST
该工具将核苷酸或蛋白质序列与基因组序列数据库进行比较，并使用基本局部比对搜索工具（BLAST）算法计算匹配的统计显著性。
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基因组数据查看器（GDV）
一个基因组浏览器，用于交互式导航真核生物RefSeq基因组组合，全面检查基因、表达、变异和其他注释。GDV提供了易于加载的分析轨迹预配置，数据轨迹菜单便于显示和定制，并支持上传和分析用户数据。此浏览器还可以生成用于发布的显示。
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多序列对齐查看器
一种交互式web应用程序，使用户能够可视化由数据库搜索结果或其他软件应用程序创建的多条路线。MSA Viewer允许用户上传校准和设置主序列，并使用缩放和更改颜色等功能浏览数据。
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打开阅读框查找器（ORF查找器）
一种图形分析工具，用于查找用户序列中或数据库中已有序列中的所有打开的读取帧。可以使用16种不同的遗传密码。推导出的氨基酸序列可以以各种格式保存，并使用BLAST对照蛋白质数据库进行搜索。
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底漆-BLAST
Primer-BLAST工具使用Primer3为序列模板设计PCR引物。然后根据用户指定的数据库，通过BLAST搜索自动分析潜在产品，以检查目标的特异性。
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ProSplign公司
用于计算蛋白质与基因组核苷酸序列的比对的实用程序。它基于Needleman-Wunsch全局比对算法的一种变体，特别考虑了内含子和剪接信号。由于该算法，ProSplign能够准确地确定剪接位点，并且能够容忍测序错误。
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序列查看器
提供核苷酸或蛋白质序列的可配置图形显示，以及已在该序列上注释的特征。除了在NCBI序列数据库页面上使用外，此查看器还可以作为可嵌入的网页组件使用。详细文档包括API参考指南，供希望将查看器嵌入自己页面的开发人员使用。
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拆分（Splign）
计算cDNA到基因组序列比对的实用程序。它基于Needleman-Wunch全局对齐算法的一种变体，特别考虑了内含子和剪接信号。由于该算法，Splign能够准确地确定剪接位点并容忍测序错误。
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树查看器
用于创建和显示系统发育树数据的工具。Tree Viewer可以分析您自己的序列数据，生成可打印的矢量图像作为PDF，并且可以嵌入到网页中。
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VecScreen（视频屏幕）
一种快速识别可能来自载体的核酸序列片段的系统。VecScreen在查询序列中搜索与专用非冗余向量数据库（UniVec）中任何序列匹配的段。
