rhdf5型

HDF5的R接口


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包提供了HDF5和R之间的接口。HDF5的主要功能是能够通过完全可移植的文件格式存储和访问非常大和/或复杂的数据集以及海量存储(磁盘)上的各种元数据。因此,rhdf5包适合在R和其他软件包之间交换大型和/或复杂数据集,并允许R应用程序在大于可用RAM的数据集上工作。

作者:伯恩德·菲舍尔[aut],迈克·史密斯[aut,cre]、格雷戈伊尔·鲍【aut】、马丁·摩根【ctb】、丹尼尔·范·提夫斯克【ctb)

维护人员:迈克·史密斯(Mike Smith)

引文(从R中输入引文(“rhdf5”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“rhdf5”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“rhdf5”)
在云中读取HDF5文件 HTML格式 R脚本
rhdf5-R的HDF5接口 HTML格式 R脚本
rhdf5实用提示 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,基础设施,软件
版本 2.48.0
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),方法
进口 Rhdf5库(>= 1.13.4),rhdf5过滤器(>= 1.15.5)
系统要求 GNU品牌
统一资源定位地址 https://github.com/grimbough/rhdf5
错误报告 https://github.com/grimbough/rhdf5/issues网站
查看更多
建议 位64,仿生风格,针织物,市场营销,测试那个,长凳,数字播放器,ggplot2,嘲弄,BiocParallel公司
链接到 Rhdf5库
增强功能
取决于我 GSCA公司,HDF5阵列,HiC支架,织机实验,多数据,八进制
导入我 雪花石膏底座,雪花石膏浮雕,雪花石膏.mae,雪花石膏矩阵,雪花石膏.范围,雪花石膏.空间,贝叶斯空间,BgeeCall电话,生物格式,英国广播公司,bsseq公司,奇哈亚,城市保险丝,cmapR公司,CoGAPS公司,复制数字图,cTRAP公司,细胞描记器,差异Hic,DropletUtils公司,会厌HMM,事件指针,弗雷泽,基因组得分,gep2pep公司,h5vc公司,HicAggR公司,HiC比较,HiCE实验,离子加速器,水手,有条不紊的,财政部2,分子实验,幻影,ptairMS公司,PureCN公司,重新计算甲基化,核糖核糖,scCB2型,scMito静音,烤饼,scRNAseq应用程序,签名搜索,拼接向导,现场清理,冲浪者,轨迹查看器,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,MafH5.标称AD.v4.0.GRCh38,DmelSGI公司,甲基SeqData,ptair数据,scMultiome公司,签名搜索数据,肿瘤MethData,生物辐射,ebv管,文件2meco,核糖核酸酶R,洛马,NEONiso公司,ondisc公司,r数据管道
建议我 海滩.hdf5,边缘R,HiCDOC公司,成对GSEA,幻影Lite,rhdf5过滤器,SCArray公司,scviR公司,回转,空间特征实验,空间热图,光谱,总结性实验,TENxIO公司,tximport(最大端口),旅行者号,zellkonverter公司,科诺斯,CR度量,数字DLSorteR,国际奥委会,Mplus自动化,新星,新公用事业,印度比姆,SignacX公司,空间DDLS
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 rhdf5_2.48.0.tar.gz号
Windows二进制 rhdf5_2.48.0.zip格式
macOS二进制(x86_64) rhdf5_2.48.0.tgz格式
macOS二进制(arm64) rhdf5_2.48.0.tgz格式
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rhdf5
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/rhdf5/
包短Url https://bioconductor.org/packages/rhdf5(https://bioconductor.org/packages/rhdf5)/
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