贝叶斯空间
空间转录组的聚类和分辨率增强
生物导体版本：释放（3.18）
用于聚类和提高空间基因表达实验分辨率的工具。BayesSpace将基因表达矩阵的低维表示进行聚类，并加入空间优先权，以鼓励相邻点聚集在一起。该方法可以提高低维表示到“子点”的分辨率，从而可以输入诸如基因表达或细胞类型组成等特征。
作者：Edward Zhao[aut]、Matt Stone[aut，cre]、Xing Ren[ctb]、Raphael Gottardo[ctb]
维护人员：马特·斯通（Matt Stone）<mstone at fredhutch.org>
引文（从R中输入引文（“BayesSpace”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：install（“BayesSpace”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影（“贝叶斯空间”）
细节
| 生物视图 |
群集,数据导入,基因表达式,免疫肿瘤学,单个单元格,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0.0），单细胞实验 |
| 进口 |
Rcpp（>=1.0.4.6），统计，purr，散射,尖叫声,总结性实验，尾声，rhdf5基因,S4矢量，矩阵，资产，mclust，RCurl，DirichletReg，xgboost，utils，ggplot2，scales，生物文件缓存,BiocSingular公司 |
| 系统要求 |
C++11 |
| 统一资源定位地址 |
edward130603.github.io/贝叶斯空间 |
| 错误报告 |
https://github.com/edward130603/BayesSpace/issues（贝叶斯空间） |
查看更多
| 建议 |
测试，针织者，rmarkdown，移民，空间LIBD、dplyr、翡翠、拼花、RColorBrewer、修拉 |
| 链接到 |
Rcpp、RcppArmadillo、Rcpp Dist、Rcpp-Progress |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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区域ST |
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