2023年10月10日

原始基因组注释P.荧光SBW25在被错误删除后被重新添加（NCBI已将其标记为异常程序集）。

2023年10月6日

假单胞菌基因组数据库22.1版发布。

4883人策展更新到批注。

新建假单胞菌属基因组和旧版本的组装已经被删除。数据库现在有7982个铜绿假单胞菌基因组和14229假单胞菌属基因组整体。

基于抗性基因标识符（RGI）和卡片3.2.5版。

更新的功能域预测基于InterPro公司版本5.63-95.0。

更新的3D结构：RCSB蛋白质数据库结构（2023年8月24日下载）链接到假单胞菌属蛋白质使用序列相似性。

搜索AlphaFold 2预测3D结构的新链接：以前，铜绿假单胞菌PAO1链接可用，但现在可以使用UniProtKB登录链接其他基因组。

2022年11月15日

假单胞菌基因组数据库21.1版发布。

128策划更新到批注。

4491新假单胞菌属基因组总数增加了14291个。数据库现在有7960个铜绿假单胞菌基因组。

基于抗性基因标识符（RGI）和卡片版本3.2.4。

新功能：适用于铜绿假单胞菌PAO1，到中预测的3D结构的新链接AlphaFold蛋白质结构数据库.

更新的功能域预测基于InterPro公司版本5.57-90.0。

2020年9月21日

发布了20.2版假单胞菌基因组数据库。更新以包含铜绿假单胞菌拉紧CF39S公司按排序哈里森实验室在卡尔加里大学。

2020年9月15日

发布了20.1版假单胞菌基因组数据库。

99人策展更新到批注。

690新假单胞菌属。基因组总数增加了9796个。数据库现在有4954个铜绿假单胞菌基因组。

新的元数据，包括宿主疾病、地理位置和隔离源，添加到上提供的菌株摘要文件中下载页面下的“批量下载”链接。

修复了DIAMOND在“完整”基因组中搜索蛋白质时返回草稿基因组点击数的问题。

2019年10月9日

假单胞菌基因组数据库19.1版发布。

102名策展人更新到注释。

4262新假单胞菌属。基因组总数增加了9109个。数据库现在有4660个铜绿假单胞菌基因组。

新的搜索功能以识别铜绿假单胞菌,恶臭杆菌和萤光假单胞菌基于预测MLST序列类型的基因组。使用Torsten Seemann的“mlst”软件进行预测（Githubhttps://github.com/tseemann/mlst)以及PubMLST数据库中的方案（Jolley&Maiden 2010，BMC生物信息学，11:595）。

增强功能以增加对整个蛋白质数据库进行钻石爆炸搜索的速度序列。

更新的InterPro图案预测和计算预测的GO术语注释（基于InterProScan v5.36-75.0）。

更新的RCSB PDB 3D结构，AMR基因预测（CARD 3.0.2）、药物靶点（DrugBank 5.1.4）和人类同源物（基于Ensembl 97）。

2019年6月3日

为了提高网站的正常运行时间和性能假单胞菌基因组数据库已移至新的数据中心。我们非常感谢感谢您在我们交易期间的耐心和理解这个问题。

2019年3月18日

假单胞菌基因组数据库第18.1版发布。

在迁移到新数据中心相关的一些延迟之后，1500个新数据中心假单胞菌属基因组总数增加了4847个（数字基于RefSeq基因组将于2018年9月提供）。另一个版本很快将整合所有当前RefSeq假单胞菌基因组跟随。

102对注释进行了策划更新。

更新的InterPro motif预测和计算预测GO术语注释（基于InterProScanv5.30-69.0）。

更新的RCSB PDB 3D结构、AMR基因预测（CARD3.0.1使用RGI 4.2.2，使用位分数截止值而不是e值）、药物靶点（DrugBank 5.1.1）、人类同源物（基于合奏94）。

2018年12月11日

重要提示：请注意，将有两三天的重大活动停机时间为12月17日至20日（原定为12月11日至13日），将我们的服务重点转移到新的硬件和相关的基础设施。如果你有任何顾虑拜托联系我们和我们将尽可能提供帮助。谢谢你的理解我们的工作，以确保强大的服务，我们深表歉意不便之处。

2018年6月15日

新功能。Diamond blastp搜索结果现在显示图像与基因相似的受试蛋白的基因组背景概述页。

新功能。假单胞菌正交群数据现在可以以fasta格式下载。制表符和CSV分隔格式在最后一栏中包括氨基酸序列。

2018年6月11日

已更新UWGC公司转座子插入注释到基于的最新版本PA_two_allele_library5电子表格位于Manloil公司实验室网站。最新的库包含9429个插入，而不是9425英寸以前的版本。

2018年5月2日

针对高级搜索时出现的错误引入修复试图筛选结果以仅包括药物靶点。

2017年12月18日

重点发布17.2版假单胞菌基因组数据库关于更新PA14和PA14中VI型分泌系统基因的名称最近描述的ncRNAs。

基于InterProScan更新的InterPro基序预测v5.25-64.0。覆盖范围扩大，包括草案中的蛋白质基因组。

更新了基于计算的GO术语注释InterProScan版本5.25-64.0。覆盖范围也扩大到包括蛋白质来自基因组草图。

新的手动注释GO术语注释并传输到其他菌株中的相同蛋白质（如证据部分所示）。

新条目添加到我们的相关的链接各种页面铜绿假单胞菌参考文献集英国公共卫生部。

2017年9月11日

修复了总是返回的中断路径下载链接PAO1的结果。

2017年8月4日

修复了下载中缺少某些列的错误应变数据文件。

2017年7月7日

DNA motif搜索工具返回的最大点击数从2000年增加到5000年。通过电子邮件与我们联系以获取帮助查询返回的点击量超过5000次，因此我们可以为您提供帮助直接。

2017年6月2日

带有100个手动注释的新版本更新.

788新假单胞菌属添加到数据库(查看全部菌株).

基于电阻基因标识符（RGI）使用综合抗生素耐药性数据库（CARD）由安德鲁·麦克阿瑟主持麦克马斯特大学实验室。(PAO1示例)

使用来自的批注药物数据库5.0.5版，我们有确定了145种不同药物的112347个靶点假单胞菌属菌株(PAO1示例).

BLASTP/BLASTX搜索的新的更快的替代方案蛋白质数据库。您现在可以使用DIAMOND，即数千搜索蛋白质序列数据库的速度更快。

下载BLAST搜索结果的新功能。主题序列与查询序列对齐或完成主题序列现在可以以FASTA格式下载。对齐的查询和主题序列的部分也作为新内容包含在内CSV和Excel文件下载中的列。

链接到最新的基因组岛预测、毒力因子和AMR基因孤岛查看器4。只需转到应变复制子详细信息页面，并遵循“查看基因组岛IslandViewer 4“链接（例如。PA14复制子例子)

2017年2月15日

Pseudo Cyc代谢途径映射更新至19.5版(链接).

原始爆炸输出中命中序列ID的格式更改为允许更轻松地与其他数据源链接。现在每一次命中都包含基因座标签、RefSeq登录和GI。

2017年1月25日

229新假单胞菌属基因组总数增加了2560个。

164个手动管理的注释更新包括新基因、产品名称和亚细胞定位。

添加了13个策划的基因本体（GO）注释。

更新了PDB的3D结构。

基于81.0版的新的和/或更新的KEGG路径（2017年1月），针对93株菌株，包括PAO1、PA14和KT2440。

假循环代谢pathway数据库包含新的pathways和软件（PathwayTools）已从版本16.5更新到19.5，以提供改进了可视化、导航和分析工具。

2016年11月15日

修复了ncRNA基因发生服务器错误的问题注释。

2016年10月21日

为3D结构和人类同源数据没有显示或返回错误。

更加用户友好的直系图可视化。顶级研究人员菌株现在出现在列表的开头，然后是按物种名称的字母排序。

2016年4月12日

针对InterPro注释不全的情况修复了错误在基因卡和按功能名称筛选的案例上显示功能域映射页面的结果导致服务器错误。

2016年3月15日

基因本体注释下载的新实现CSV和制表符分隔格式可修复缺少的“GO term”字段和提高处理速度。

2016年3月14日

使用蛋白质的RefSeq添加或GI进行搜索回来了。您可以在本网站的任何搜索表单中再次输入它们包括本页顶部的表单。

2016年3月10日

789新假单胞菌属基因组总数增加了2334个。

更新了我们的假单胞菌属正交组（POG）分析包括572个完整基因组和100个以下的草图基因组连体画。

22手动管理注释更新包括新基因、产品名称和亚细胞定位。

修复了用户单击时有时导致服务器错误的错误在基因详细信息页面的“序列”选项卡上。

2016年2月5日

更新了假单胞菌骨科数据库的断开链接目前处于beta状态。

2016年1月13日

恢复了上的选项高级搜索页面允许检索没有已知3D结构的蛋白质（用于特定的隔离物）。此功能在上一版本中可用数据库的版本，但无意中从新网站。

2015年12月8日

由于风暴造成的损坏，本网站和SFU太平洋标准时间07:00至18:00期间，应急电源中断12月8日星期二，正在进行维修。

SFU校园停电后恢复服务.周日太平洋夏令时21:00，旧金山州立大学校园的大部分电力中断，12月6日，对校园IT服务和假单胞菌基因组数据库网站超过12小时。谢谢你你的耐心。

2015年10月27日

新建批处理下载选项已添加。

2015年10月26日

删除了11个具有被NCBI标记为“抑制”的组装体的基因组。许多被抑制的程序集都有指示问题的标志带组件：
铜绿假单胞菌BK1
铜绿假单胞菌PA38182
铜绿假单胞菌PFK10
铜绿假单胞菌VRFPA01
铜绿假单胞菌VRFPA03型
绿脓杆菌
假单胞菌属恶臭S11
假单胞菌CMAA1215
假单胞菌属特殊ICMP 17674
丁香假单胞菌。莫里街301020号
丁香假单胞菌。panici街道LMG 2367
假单胞菌属丁香私人。丁香树FF5

用更新的程序集重新加载RefSeq基因组以修复问题缺少一些序列文件。

2015年9月28日

129更新包括新基因、产品名称和亚细胞定位。

38个手动注释的GO术语

新分离物。添加619完整和草稿假单胞菌属基因组下载自NCBI RefSeq。

更新了毒力因子注释，以提供更多上下文信息

隔离源、宿主生物、，宿主疾病状况和地理信息。

下载页面已更新。提供了GTF文件的链接，其中包含基因间的区域和基因。中序列标头的格式相应的fasta文件已稍作调整以匹配GTF文件中的序列标识符。

修复了导致假基因无法显示的错误线性基因图谱。

2015年9月17日

已返回有关基因间区域的详细信息的链接到基因细节图像。我们增强了此功能，包括更改显示区域数量的能力（例如外观再往上游进入基因，再往下游看，等等）。

添加了主题链接以允许搜索更多出现次数（例如，搜索TF绑定站点的更多出现次数）。

BlastN搜索结果和DNA Motif搜索结果现在包含在上下文中显示所有点击（以粗体框突出显示）的链接它们周围的基因。要做到这一点，只需点击“Genomic每个匹配序列下的“Context”链接。

进行了一些配置更改以解决服务器延迟和昨天和今天的停机时间。

2015年8月31日（1）

SFU长期断电后恢复服务校园西弗吉尼亚州立大学校园大部分电力在太平洋夏令时下午12:00中断8月29日星期六，对校园IT服务产生了负面影响以及假单胞菌基因组数据库网站。感谢您在此期间的耐心等待。

2015年8月31日（2）

我们收到了用户的反馈，他们希望要查看的基因间区域注释（例如，类似于位于旧版本的网站上）。正在准备解决方案在不久的将来，将把这些建议纳入对价。

目前，基因详细信息页面将包含上游的注释和下游基因间区域例如，当您查看一个基因时，例如操作程序F.

我们还提供基因详细信息页面中的JBrowse和GBrowse链接。这些将为您带来基因间的可视化表示可以单击以获取更多信息的注释(例子). 请随时联系我们并发送任何进一步的建议。

2015年8月25日

假单胞菌基因组数据库的最新版本状态并上线。虽然旧站点已退役，但尚未更新后，它将在v2.pseudomonas.com网站.

2015年7月31日

修复了高级搜索中出现服务器错误的问题当通过亚细胞定位查询蛋白质时。提高了速度亚细胞定位搜索。

2015年6月11日

2965提供的翻译证据铜绿假单胞菌基于HPLC-MS数据的PAO1蛋白库马里et（等）阿尔。(2014).

修复了导致最近添加一些PubMed的错误未显示对的引用。

2015年6月10日

23更新包括使用纳米流高压鉴定的新蛋白质液相色谱法（HPLC）结合微喷雾LTQ XL质谱仪上的电离。基因组坐标根据RT-PCR证据对一些ORF进行了重新标记。

2015年5月21日

优化了从Orthologs下载ortholog数据所需的时间第页（在“按类别的注释”下）。向发布了新链接上预先生成的正交文件下载第页。当我们的假单胞菌Ortholog Group（POG）和Ortholuge分析在以下几项中进行了更新周。

2015年5月19日

修复了Blast搜索结果的中断下载选项。点击链接以CSV、Excel、PDF、ODS或RTF格式下载结果格式返回ERR_INVALID_RESPONSE，但现在给出了预期的结果。

添加链接以下载以tab分隔的原始Blast结果（-outmt 6）和成对对齐（-outmit 0）格式。

2015年5月14日

修复了搜索表单中有时不存在查询压力的错误当用户清除输入框时重置。

2015年5月12日

官方发布4118个手工编写的GO术语注释哪一个一多数（3457）属于铜绿假单胞菌PAO1和派生自假单胞菌属GO注释倡议去年的表现。一份描述社区GO的手稿生物化倡议正在筹备中，但符合开放数据，我们提前发布注释出版物。

2015年5月12日

我们很高兴地宣布新的和包含注释的改良假单胞菌基因组数据库，数百个假单胞菌基因组的序列和元数据。

与此关联的新功能版本包括：

1） 扩展了查看序列和注释的功能939个完整的和起草的基因组，更多即将到来！

2） 改进了菌株/隔离元数据的跟踪。

3） 新的和更新的注释，包括高质量毒力因子注释和手动注释的GO术语更新。

4） 新的全基因组计算分析，包括用3D技术鉴定病原相关基因、蛋白质结构、亚细胞定位预测、功能域映射和生物途径预测。

5） 集成新的基因组浏览器（JBrowse）具有非常适合查看您的自己的基因组注释（例如，替代基因注释，定量数据、RNA-Seq数据、变异数据）。注：我们仍在为那些仍然喜欢的人维护GBrowse使用它。

141更新包括新基因、产品名称、Pseudo CAP功能增加了分类和参考文献。

2015年3月6日

添加了从PHIDIAS Victors数据库。

2015年2月19日

增加了1143转录因子结合的高质量注释从学院TF数据库。

2014年12月1日

233更新包括新基因、产品名称、Pseudo CAP功能增加了分类和参考文献。

更新了链接页面。

2014年10月23日

我们的网站在一个意外的网络后恢复运行校园问题。很抱歉由于以下原因给您带来不便这次大修。

2014年8月9日

今天早些时候，由于网络相关，服务器关闭问题。我们已经解决了这个问题，所有资源似乎都功能正常。很抱歉给您带来不便。

2014年6月24日

我们想邀请所有假单胞菌研究人员将参与我们2014年的基因本体论注释主动性。用GO术语注释你最喜欢的基因作为交换为论文的作者！

2014年4月14日

注释文件现在可用于下载在GFF3中格式。

2014年4月11日

2014年1月29日

44更新包括新基因、产品名称、Pseudo CAP功能铜绿假单胞菌PAO1增加了分类和参考文献基因组注释。

1994年手动编写的基因本体（GO）术语注释添加到铜绿假单胞菌PAO1中，其中1042个已经过实验铜绿假单胞菌。

Curated GO术语注释转移至保守其他铜绿假单胞菌群（POG）直系群菌株。

新搜索表单：浏览伪CAP校正GO项。

铜绿假单胞菌菌株的治愈GO术语注释现在可以已下载在gaf中2.0版格式。

修复了GO术语（但不是GO登录）搜索返回0个结果。

2013年11月6日

30更新包括新基因、产品名称、Pseudo CAP功能铜绿假单胞菌PAO1增加了分类和参考基因组注释。

112个手动策划的基因本体论（GO）术语映射到129个基因。

添加了agtABCD、agtSR和magABCDEF操作的管理。

大于的假单胞菌蛋白质的最新分析与RCSB中已知3D结构的蛋白质90%的一致性蛋白质数据库。蛋白质PDB序列的更新数据库具有已知的3D结构。

具有人类同源物的假单胞菌蛋白质更新列表（基于Ensembl 73版）。

2013年9月3日

含有非典型启动子的基因的氨基酸序列密码子（例如GTG、TTG）缺少最初的蛋氨酸。这个有数据库下载文件、基因记录和BLAST数据库已更新为正确的序列。

PseudoCAP功能分类分配给P。铜绿假单胞菌PA14在2013年8月1日无意中掉落注释更新。他们已被重新分配给各自可供下载的基因和注释文件已更新。

2013年8月1日

在9例患者中鉴定病原相关基因的最新分析致病性假单胞菌菌株(更多细节).

最近添加了12个完整的基因组序列和注释对其中48个基因组的假单胞菌菌株进行测序数据库。在基因组项目概述，增加了在所有假单胞菌之间切换的功能基因组和数据库中发现的基因组。

已更新保守结构域数据库预测基于CDD版本3.10[2013年3月21日]，来自NCBI。

2013年4月4日

33个注释更新更新到铜绿假单胞菌PAO1基因组。

手动映射到350个特定基因本体（GO）术语129来自“转录调节器”功能的1类蛋白质类。开始将单个引用链接到每个策划GO术语。

基因卡包含指向正交接线柱DB.通过此链接，您可以访问预测正交曲线、平行曲线、预先计算的正交曲线组和其他细菌和古细菌菌株的分析。

我们的实验室岛屿查看器计算机识别和可视化软件基因组岛已经更新。现在可以查看毒力因子、抗生素耐药性和病原体相关基因在基因组岛预测之上。例如，查看以下项的预测第页。铜绿假单胞菌PAO1号机组或从浏览基因组使用IslandViewer的岛屿“浏览批注”页面上的表单。

2013年3月8日

2个批注更新更新到铜绿假单胞菌PAO1基因组。

2013年1月10日

增加了在blast搜索中指定单词大小的功能。整齐要搜索短的、几乎完全匹配的项，请考虑删除核苷酸的单词大小为6或7，蛋白质为2。

2012年12月7日

新数据和GBrowse轨迹。查看伪CAP-curated操纵子和启动子区域GBrowse公司或在基因页面的“Operons/Regulons”选项卡下。

在GBrowse中查看RNA-Seq数据的新功能。例如，视图Wurtzel等人2012年的研究结果（PMID:23028334)英寸铜绿假单胞菌第14页GBrowse公司.

您现在可以将RNA-Seq数据（BAM文件格式）上传到GBrowse并将其与其他基因组特征平行看待。对于有关如何执行此操作的说明，请参阅此概述。

新的数据和搜索功能-添加了所有已知的3D结构与假单胞菌属物种的蛋白质。基于从RCSB公司蛋白质数据库例如：查看基因的完整列表编码与具有已知3D的蛋白质具有>90%相似性的蛋白质中的结构全部的假单胞菌属菌株或处于应变状态PAO1号机组.

执行高级搜索时，现在可以筛选结果仅包括具有已知3D结构的蛋白质。你可以通过指定限制（例如特定的亚细胞定位或基因是否是必需的。

另有78个PAO1和PA14基因被标注为毒力共有264个因素。可以查看和/或使用下载“”浏览“毒力因子”形式在浏览基因组注释页面上。

更新了RBBH和正交测井预测，包括12个新的菌株。CDD更新至3.08版，TIGRFAM更新至v.13.0。

添加注释和顺序，以完成另外12个假单胞菌属基因组。

菌株实验表达数据的更新列表摘要页面。指向各个数据集和示例页面的新链接NCBI GEO数据库。

2012年9月19日

41个PA14基因被注释为毒力因子。

2012年4月27日

从注册TransBase数据库（基因组学部，劳伦斯伯克利国家实验室). 数据包括转录因子结合位点和其他手动管理的监管互动，以及转移到同一物种的菌株（如适用），并且可以在基因间区域或基因详细信息页面上查看(例子).

16新注释更新.

2012年4月10日

该站点在太平洋标准时间上午9:30至11:15之间停机由于校园范围内的意外停电。截至上午11:30，已满服务似乎已恢复，但如果你会遇到任何问题。

2012年3月13日

新的分析和搜索功能-查看列表病原相关基因对于各种各样的伯克氏菌属菌株。基于研究”这个毒力因子与基因组岛的关联“（何遂，Fedynak、Xiao、Langille和Brinkman（2009），公共科学图书馆一个).关于此分析的重要注意事项：的列表定义为与病原体相关的基因将随着基因组测序。此分析将在稍后更新以便反映这一点。

2012年3月12日

我们在站点加载时间和BLAST方面遇到了一些问题自3月5日上次更新以来的搜索错误。我们已经采取了措施处理问题，并继续监控现场确保已修复。很抱歉给您带来不便在此期间。如果您继续遇到问题，请联系我们.

2012年3月5日

Affymetrix基因芯片链接铜绿假单胞菌PAO1基因组已添加阵列交叉引用。

基因卡包含蛋白质物理化学信息性质（分子量、等电点、平均Kyte-DoolittlepH值为7时的亲水性和净电荷）。

52更新到铜绿假单胞菌PAO1注释。

新的亚细胞定位室（外膜囊泡）补充。分配388 铜绿假单胞菌PAO1蛋白定位基于Choi的出版物等。（PMID:21751344）。

分配了额外的406个亚细胞定位注释基于高通量蛋白质组学研究的PAO1蛋白。补充新的亚细胞定位证据字段详细说明了如何确定了这些定位。

已鉴定938个PAO1蛋白质（包括假设蛋白质）有基于蛋白质组学研究的翻译证据。补充新的“翻译证据”字段详述了参考文献和方法用于检测这些蛋白质。

已完成和正在进行的基因组项目清单已更新.

2011年11月15日

可下载的注释文件（TAB-delimited和CSV）具有新的包含基因/蛋白质长度和蛋白质信息的列理化性质（分子量、等电点、平均值Kyte-Doolittle亲水性和pH值为7时的净电荷）。

修复了填充的引用（PMID）列的错误带有“1”的注释文件。

2011年10月19日

更新了正交测井预测，包括一些缺失第页。铜绿假单胞菌LESB58和恶臭杆菌KT2440互惠最佳BLAST点击。

2011年9月26日

在GBrowse中显示所有基因组的能力恢复。很抱歉在此期间给您带来不便停电。

2011年9月23日

GBrowse查看器当前正在进行重新配置以解决正在发生的服务器错误。不幸的是，它可能已退出9月23日至26日期间的服务。当问题出现时修复后，将发布通知。

2011年8月25日

新功能-假单胞菌基因组数据库架构已经进行了重大升级，以便促进草案/不完整的比较基因组学分析假单胞菌属基因组。注：基因组不完整/草图通常注释不足。因此，补充文本是一个好主意使用BLAST或正交搜索进行搜索。

比较基因组学分析，包括预测的同源基因和现在可以对完整基因组和草稿基因组进行并行记录。草案中的SNP和小型指数铜绿假单胞菌基因组（相对于PAO1参考序列）也可以查看(例子).

新功能-查看次级基因组特征包括反向重复、终止子、转座子详细基因和基因间区页面上的插入位点(例子).

新功能-查看注释/序列以类似于我们的详细基因的方式对基因间区域报告。查看基因组特征，包括调控基序、反转重复序列、预测的转录终止因子等。。。

54注释更新.

基于Mauve渐进式对齐算法。

已升级到G罗尔斯2.38.此新版本包含用于查看和下载轨道数据。

基于NCBI保守结构域的新蛋白质结构域预测数据库（CDD）。此资源包括来自以下几个外部数据库包括Pfam、SMART、COG、PRK和TIGRFAM。这些注释可以在单个基因页面或GBrowse公司(例子).

2011年1月25日

82注释更新铜绿假单胞菌PAO1基因组注释。

2010年9月20日

6注释更新.

个人基因记录的新的打印机友好视图(例子).

新功能-下载核苷酸并推测同源基因的氨基酸序列完整/不完整的全基因组序列和多态性菌株。您也可以执行肌肉这些序列在这里的排列并将其直接导入到Jalview公司.Jalview公司是一个多对齐编辑器，它也有助于主体成分分析、二级结构预测和系统发育树的计算/查看。

对SNP查看器进行了更新，以允许筛选非同义突变(例子).

新数据-基于研究的O-抗原生物合成位点数据C.K.公司。雷蒙德（2002）已纳入SNP视图（相对于基因PA3140型-PA3161型PAO1菌株）。个体血清蛋白基因序列及其分析PAO1中的直向同源物可以从相应的基因卡下载页面，使用Mummer对齐，并使用Jalview进一步询问。

2010年8月30日

补充新的GBrowse轨迹将基因链接到假单胞菌属铜绿假单胞菌在DNASU质粒库收集cDNA ORF位于亚利桑那州立大学。此集合包括重组克隆载体中经序列验证的ORFpDONR201。

2010年8月27日

数据库概述已更新。

2010年8月26日

11注释更新.

2010年7月29日

253注释更新.

重要更新-查看SNP/小型指数的新功能同一物种的菌株。我们目前已实现此功能参考应变铜绿假单胞菌PAO1，通过具体研究确定SNP和indels，或全基因组比对（例如。铜绿假单胞菌2192）已经已确定。编码区中出现的SNP目前在基因页面的“多毛症”标签下识别(例子)但我们很快就计划好了扩展范围以包括非编码区域。请发送任何对此新功能的建议改进或评论pseudocap-mail@sfu.ca.

基因组摘要页面现在包含指向NCBI跟踪档案文件以及来自EBI阵列快递和NCBI基因表达式综合.

基因卡现在具有标签浏览功能，便于导航。

更新了完整和不完整基因组测序列表中的项目列表假单胞菌基因组项目.

修复了一些重复亚细胞定位的问题返回的分类。

一些可下载的文本文件有格式错误（例如行断裂）已修复。

更新了所有外部（即非PAO1或LESB58）基因组使用NCBI RefSeq基因组注释的注释2010-07-02.

2010年3月11日

下载搜索结果的工具已按顺序更新提高大型结果列表的下载速度，并允许更容易解析文本。因此，列格式已更改。

2010年3月8日

网站将不得不关闭进行非计划维护太平洋标准时间上午11点左右。我们预计中断持续约10分钟，对此给您带来的不便深表歉意可能导致。

2010年2月1日

基因组摘要页面现在包括更详细的信息和用于下载数据的链接。

新的批量下载功能：能够高精度下载通过基因组菜单页面中的链接（例如Orthologs在的“下载”选项卡下PAO1号机组菜单）以及主菜单下载第页。

的Transposon库数据铜绿假单胞菌PAO1号机组（MPAO1）双等位基因库已更新GBrowse公司二等位基因文库创建为原始库的子集，如果可能，包含单个每个PA ORF插入的两个等位基因的菌落纯化分离物。

GBrowse中的新分析。计算预测Rho无关终止符（TransTermHP）和回文（EMBOSS）。点击在这里查看示例。

基因摘要页面的参考部分现在包含完整的文献引用（之前仅包括PMID）。

基因卡铜绿假单胞菌PAO1基因现在有基因特异性NCBI GEO微阵列表达数据的链接。

导航栏现在包括下拉菜单。

2009年11月24日

24注释更新到铜绿假单胞菌菌株。

补充恶臭杆菌GB-1和P.荧光SBW25型基因组注释和分析。

使用NCBI更新所有其他外部基因组注释截至2009年10月14日，RefSeq基因组注释可用。

根据PFAM v.22更新了PFAM预测。最亲近的人使用Ensembl v.56中的蛋白质序列重新计算同源物。

毒力因子数据已更新对于假单胞菌属铜绿假单胞菌PAO1号机组基于毒力因子数据库（VFDB）.

代谢途径数据来源于KEGG公司代谢途径数据库已整合到基因卡中以及外部注释的GBrowse视图。所有路径，包括KEGG衍生路径，可以使用高级布尔值搜索工具.

使用GI编号链接到详细基因页面的新功能（例如。http://www.pseudomonas.com/getAnnotation.do？gi=15596473（http://www.pseudomonas.com/getAnnotation.do？gi=15596473）)

这个DNA基序搜索工具已更新，允许在中搜索DNA基序数据库中的所有菌株。结果页面已更新可以下载以逗号分隔的值和制表符分隔格式。

的集成新的指向IslandViewer的链接鉴定基因组岛的分析观点。岛屿查看器是一种计算工具集成了两种序列组成GI预测方法（SIGI-HMM3和IslandPath-DIMOB4）与IslandPick，三个最准确的已知的预测基因组岛的方法。

新的亚细胞定位预测PSORTb公司第3.0版（手稿正在准备中）。PSORTb v.3.0可以识别子类别细菌细胞器和细菌相互作用的定位与宿主一起，区分针对宿主的蛋白质单元格。新版本还显示出更高的灵敏度和基因组预测覆盖率与前一版本相比，具有革兰氏阴性菌平均基因组覆盖率增加15%。

铜绿假单胞菌LESB58 GI编号现已在数据库。

的GI编号铜绿假单胞菌PAO1已更新。

从数据库中合并计算预测操纵子原核操纵子（门）变成基因卡(例子)和GBrowse(例子).

2009年7月17日

8个新注释更新制造至铜绿假单胞菌菌株。

2009年7月16日

2个新注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1

2009年5月15日

8个新注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1

新的PseudoCyc条目：肉碱甘氨酸甜菜碱的分解代谢.

修复了到的断开链接假单胞菌属同源群（POG）基因卡上。

修复了常见问题页面上的文本格式。

2009年5月1日

92新更新到绿脓杆菌PAO1、PA14、LESB58和PA7基因组注释。

承载PseudoCyc的Pathway Tools Web服务器更新到12.5版。此版本的PseudoCyc包括创建可选用户帐户的功能，允许您定义并保存站点的显示方式。此外Pseudo Cyc和其他1层/2层Pathway基因组数据库现已可能。

Pseudo-Cyc基因/产品名称和亚细胞定位已更新。基因坐标/转录错误指导，基于2000年9月的原始基因组出版物数据已更正。

修复了导致搜索“所有常规字段”的错误从简单的搜索表单到失败。

2009年3月9日

已链接到基因卡注释的GBrowse视图固定的。这纠正了导致50个基点的小视图的错误基因组正在返回。

2008年12月10日

补充铜绿假单胞菌 oprD、oprI和oprL等位基因序列数据来自Jean-Paul Pirnay小组的研究分子和细胞技术实验室，Queen Astrid比利时布鲁塞尔军事医院。

铜绿假单胞菌来自我们的PAO1代谢途径数据姐妹数据库PseudoCyc已导入该数据库。增加了搜索PseudoCyc代谢基因的能力路径使用高级搜索页面上的表单。注意，当前搜索（例如路径=“精氨酸”）可能会超路径返回包含搜索条件，如“精氨酸和脯氨酸代谢”。

代谢途径数据和与Pseudo Cyc的链接已添加到基因卡。上以制表符和csv分隔的文件下载佩奇已经找到了路更新列以包含此信息。

2008年12月4日

添加了用于查看整个基因组的新工具（GBrowse_syn）路线。GBrowse_syn是一个基于GBrowse的synteny浏览器用一个中心参考物种显示多个基因组与另外两个或更多物种相比。

这个现在的gbrowse_syn视图是基于紫红色的全基因组序列第页。铜绿假单胞菌菌株PAO1、PA14和PA7。

有关此应用程序的更多详细信息，请访问gbrows_syn主页上的GMOD网站.

2008年12月1日

预先出版的假单胞菌属铜绿假单胞菌LESB58基因组序列于2008年12月公布发行基因组研究.

Craig Winstanley、Morgan G.I.Langille、Joanne L.Fothergill、IrenaKukavica Ibrulj、Catherine Paradis Bleau、François Sanschagrin、，尼古拉斯·R·汤姆森、杰夫·L·温莎、迈克尔·A·奎尔、尼古拉Lennard、Alexandra Bignell、Louise Clarke、Kathy Seeger、David桑德斯、大卫·哈里斯、朱利安·帕克希尔、罗伯特·汉考克、菲奥娜S.L.Brinkman和Roger C.Levesque（2008年）。新引入的基因组原噬菌体岛是in的关键决定因素利物浦流行株的体内竞争力铜绿假单胞菌。 基因组研究。提前出版2008年12月1日。

2008年11月27日

4个新注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1。

新的全基因组比对铜绿假单胞菌PAO1、PA14和使用Mauve的LESB58菌株。单击此处下载并查看此和其他全基因组比对。

所有基因组的PFAM预测都已使用NCBI的反向位置特定爆破（v.2.2.18）搜索序列位置特定评分矩阵数据库已知的PFAM分类（基于PFAM v.22.0）。

特定位置NCBI数据库的RPS-BLAST搜索已知COG分类序列的评分矩阵（基于COG v.1.00）使用尚未分析的新蛋白质序列。

已更新TIGRFAM公司使用蛋白质TIGRFAM数据库的Hmmer搜索进行预测系列（版本8.0）。

TIGRFAM接入的新基因本体映射。

修复了使用基因本体术语进行高级搜索的错误。

下载页面更新：添加EMBL下载格式。TAB-和CSV分隔格式已更新。

基因卡页面已更新，包括以下内容：

更新正交图的堆叠视图以便于同时在屏幕上观看更多的直方图。

如果您在使用这些新布局时遇到任何问题，请联系我们.

这个确认页面已被已更新。

2008年11月26日

41新注释更新对于铜绿假单胞菌女同性恋。

2008年10月15日

12新注释更新.

基因组注释现在可以已下载以GenBank格式

这个丁香假单胞菌DC3000注释已更新基于RefSeq版本NC_004578.1（2008年7月20日）。

PsortB亚细胞定位预测（3级）现在可以查看是否存在1类或2类亚细胞蛋白质本地化分类。

假单胞菌属长度较小的正交群（POG）成员现在，组成员的平均长度标记为可能的正交片段。

上游500bp区域的加载序列假单胞菌属荧光灯Pf-5基因。

2008年10月2日

阻止某些Blast搜索返回点击数的错误已修复。

2008年9月30日

的位置标记荧光假单胞菌Pf0-1已经更新以匹配最新RefSeq版本在NCBI。

荧光假单胞菌Pf0-1注释更新基于RefSeq版本NC_007492.1（2008-09-18）。

请注意，我们最近对数据库，允许搜索引擎索引我们网站上的数据。然而，当我们微调搜索引擎时，出现了一些停机时间可以访问，以避免他们在索引期间过度使用过程。在此期间给您带来不便，我们深表歉意时间。

2008年9月17日

GBrowse注释铜绿假单胞菌发射脱离系统基因组的岛屿/原噬菌体区域和STM公司突变体已更正。

2008年9月9日

48个新注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1。

新的正交群分类系统假单胞菌属正交曲线。有关详细信息，请单击在这里.

这个假单胞菌属基因组数据库现在方便了通过合并预先计算的全基因组进行全基因组比对基于Mauve软件包的路线（Darling，A.C.2004）。使用Mauve开发人员开发的Java applet，假单胞菌属物种全基因组比对可以下载和查看，而无需本地安装，尽管是最新版本的Java语言运行时环境是必要的。

结果搜索限制从8000次增加到30000次。

为添加了基因组注释假单胞菌属铜绿假单胞菌利物浦流行株，包括新的计算每个基因组的分析（PSORTb预测亚细胞定位，COG、PFAM、TIGRFAM、倒数最佳爆破命中）。

2008年4月15日

的所有locusID恶臭假单胞菌KT2440已经更新以匹配当前的NCBI约定，这意味着所有的PP###现在是PP_###。

2008年1月10日

5个新基因组的注释已添加到数据库中，如下所示以及每个基因组的新计算分析（PSORTb-预测亚细胞定位、COG、PFAM、TIGRFAM、互惠最佳爆破点击次数）。这些计算分析也可以看作GBrowse中的曲目。

36新注释更新添加到数据库中。

由于核苷酸序列的反向互补出现错误对于显示的反向链基因，我们更新了第页。荧光灯Pf-5和P.丁香。相寡糖1448安Refseq版本NC_005773.3和NC_004129.6已从NCBI下载。我们对此深表歉意不便。

组合搜索-用于搜索两者的界面假单胞菌属和伯克氏菌属基因组数据库。

预测的同源基因和相邻基因的堆叠视图，便于它们的基因顺序和亚细胞定位的比较基因。点击在这里对于一个例子。

剪贴板和正交图页面中的“全部翻转”功能允许你可以在一次点击中翻转所有基因的方向。

最近对所有基因组进行了人类同源基因分析在此数据库中。为了使数据更容易看到，我们已经提供了与每个人最接近的人类同源物的链接带有查看BLAST报告选项的基因卡页面。

现在可以筛选转座子突变体和/或人类所需物种中的同系物，而不指定任何其他输入搜索界面。无转座子的所有基因的过滤器突变体有助于获得假定的基本要素列表基因。请注意，目前可用于第页。铜绿假单胞菌仅PAO1和PA14菌株。

多个PFAM系列对单个蛋白质的预测可以是查看（所有预测均高于1E-4的e值截止值）。对于例如，查看PFAM预测PA0285基因卡

添加了WebACT（全基因组比对工具）的链接。

2007年10月1日

对于那些对囊性纤维化相关病原体感兴趣的人，请注意伯克氏菌属已经是最近创建的。您可以访问它网址：www.burkholderia.com.

2007年8月13日

距离ASM会议还有两周时间假单胞菌属在西雅图，华盛顿（2007年8月26日至30日）。有关此次会议的更多详细信息，点击在这里.

2007年6月19日

13个更新到这个铜绿假单胞菌PAO1基因组注释。

新建PRODORIC GBrowse轨道显示新的和更新的PRODORIC操纵子、调节子、结合因子和启动子注释。

2007年3月20日

这个假单胞菌属基因组数据库网站经历了一次今天发生了大约2小时的技术故障，用户无法查看数据库记录。这个问题现在已经解决了。我们对由此给您带来的不便深表歉意，并表示感谢用户提供的快速反馈提醒了我们问题。

2007年2月28日

查看公开质量图像的技术难题已修复个GBrowse轨道中的个。

2007年2月15日

修复了从单个基因卡到GBrowse公司的视图铜绿假单胞菌PAO1和PA14转座子突变体。

2007年2月5日

的列表假单胞菌属基因组项目已完成或正在进行的已更新。

2007年1月24日

60个新的和更新的注释已添加到铜绿假单胞菌PAO1号机组注释。这包括17个新的sRNA基因，基于利夫尼等。(2006).

更新了序列检索输入和结果页面。增加了搜索功能假单胞菌属丁香DC3000质粒。固定序列检索工具，以便适应数据库架构的最新更改。

基因卡页面上的新功能：查看500 BP区域上游每个基因。当比较剪贴板上的多个基因时，您将现在可以选择将500个BP区域的所有上游这些基因。

新建GBrowse公司轨迹：链接到的功能基因间区核苷酸序列已全部启用数据库中的基因组。

2006年12月12日

假单胞菌属基因组数据库2.3版发布。

假单胞菌L48基因组注释，基于Refseq版本NC_008027号（2006年5月31日），已添加到数据库中。排序由执行基因检测仪，与合作中国科学院和发布于自然生物技术（沃多瓦，等。，2006)除基因组测序中心提供的数据外，增加了新的计算分析，包括：

这些计算分析也可以被视为轨迹以GBrowse为单位。

丁香假单胞菌使用更新的DC3000基因组注释Refseq版本NC_004578.1（更新于2006年10月6日），网址为美国国立生物技术信息中心. The丁香假单胞菌DC3000基因组注释由假单胞菌属-工厂互动项目（由协调Magdalen Lindeberg）和该组作为更新源NCBI的基因组注释。请注意：何时提交此基因组的更新，提交给假单胞菌属-植物相互作用网站。

丁香假单胞菌DC3000位点标签更改为PSPTOXXX格式到PSPTO_XXXX以匹配NCBI中使用的格式。

基于Refseq添加质粒pDC3000A和pDC3000 B的注释版本NC_004633（05-OCT-2006）和NC_00463（05-OCT-2006），分别是。这些注释也是基于提供给NCBI由假单胞菌属-工厂互动项目。

一个新的注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1基因组添加了注释。

更新的证据参考：将Medline参考ID替换为他们各自的PubMed参考ID。获得了这些值从NCBI下载的MuId-PmId文件（时间戳1/13/2004）(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubmed公司/).

查看基于双向最佳BLAST点击数（针对该数据库中的所有基因组）和更高质量Ortholuge公司分析（针对铜绿假单胞菌PAO1，第页。荧光灯第5页，恶臭杆菌KT2440，丁香假单胞菌DC3000，丁香假单胞菌B728a和丁香假单胞菌光伏。相寡糖1448A）直接从基因卡链接。更新的正交轨迹也可以在中查看GBrowse公司.

• 更新BLAST搜索以便于使用多个复制子搜索基因组。
• 最大搜索结果数更改为6000（从5000起）。
• 批注搜索表单已更改，以便允许您为搜索结果页面的URL添加书签。这个将允许重复查看结果而无需重新输入您的查询。
• v2.pseudomonas.com的硬编码链接删除并替换为www.pseudomonas.com。
• 已删除原件铜绿假单胞菌PAO1（9月2000年-未更新的版本）对执行简单的关键字搜索。原始注释可以仍然使用高级布尔搜索进行搜索。

2006年10月31日

铜绿假单胞菌基于更新的PA14基因组注释2006年10月13日在NCBI上提供的注释。基因组PA14的序列发表在Genome Biology上李等。(2006).

修复了基因卡页面上的TIGRFAM和COG链接。

2006年10月15日

发布了PseudoCyc 10.0版。升级到Pathway Tools版本10.5。

增加了1013个新的计算操纵子预测PathorLogic（Pathway Tools软件包的一部分）到伪Cyc。新建GBrowse轨迹显示PatholLogic操纵子预测并链接到伪循环。

添加97个计算预测转运蛋白和54个计算预测的对Pseudo Cyc的转运反应。这些使用PatholLogic的Transporter Identification Parser进行识别（Pathway Tools软件包的一部分）。

基因页面更新。NCBI分类数据库和所有复制子的RefSeq数据库条目。数据库架构更新为使RefSeq登录号成为每个复制子的唯一标识符在数据库中。

2006年9月27日

更新日志搜索引擎以允许按特定日期搜索没有指定关键字。还为用户添加了一项功能指定计算预测是否应包括在记录搜索结果。

使Refseq Accession成为复制子的新唯一标识符表，并增加了从基因链接到NCBI RefSeq数据库的能力使用此标识符的页面。使NCBI分类ID唯一物种信息表的标识符。增加了链接功能使用分类ID从基因页面转到NCBI分类浏览器。

2006年9月7日

将基因位点标签映射到TIGR CMR位点标签。已更新相应的基因页面链接到CMR数据库中的TIGR注释。

11个新注释更新添加到数据库中。

IslandPath分析的新链接假单胞菌属基因组现在可以在相关的链接第页。IslandPath是一个图形工具，可帮助鉴定基因组岛，包括致病岛，潜在水平转移的基因。

2006年8月25日

第9.6版伪循环已释放。有关这些更新的详细信息，请单击在这里.

2006年8月22日

更新了序列检索第页通过输入后面的大数字来启用负链查询与在检查中指定反向补码相比框。修复了阻止所有三个读取帧翻译反向补语时返回。

索引页上的染色体图像现在链接到的图像地图假单胞菌属铜绿假单胞菌PAO1基因（类似于网站）。

2006年8月2日

新建批注更新.78酶委员会（E.C.）编号映射到假单胞菌属铜绿假单胞菌PAO1蛋白。

2006年7月16日

41个新注释更新基于文献综述和来自PseudoCAP参与者。

描述第2类亚细胞定位的更新文本信心：

高度相似基因的亚细胞定位实验在另一个有机体中或在实验上向一个伞兵演示在同一有机体中证明。BLAST预期值为10e-10在主题长度的80-120%范围内进行查询。注：2类中的此更改亚细胞定位置信度不适用于产品名称信心。

2006年7月12日

新链接到核糖核苷酸还原酶数据库（斯德哥尔摩分子生物学系瑞典斯德哥尔摩大学）。

2006年7月10日

6个新注释更新和一个新基因（PA0195.1，pntAB）。有关详细信息，请在我们的更新日志.

2006年7月1日

20个更新制造的到铜绿假单胞菌PAO1基因组注释。

更新了个人记录的基因卡页面。删除的超链接取自未发表的手稿中的证据参考部分。阿尔索将GO ID移动到TIGRFAM部分，因为它们是来自TIGRFAM ID。这将有助于将它们与由基因本体联盟.

已编辑指向上序列文件的链接下载第页。更新氨基酸序列和基因间DNA序列的文件铜绿假单胞菌PAO1.添加新的内含物的序列文件铜绿假单胞菌第14页。

2006年5月29日

基因组项目表已更新。假单胞菌属荧光灯Pf0-1和假单胞菌L48层项目的排序状态从“未完成”更改为“完成”。添加了新的铜绿假单胞菌PA7基因组项目TIGR（排序状态：未完成）。请注意序列和这些项目的注释尚未添加到假单胞菌属基因组数据库。

2006年5月12日

新建铜绿假单胞菌新增PAO1输出信号数据基于计算预测和PhoA融合研究勒文扎等(2005)数据包括801个预测的I型信号肽，通过4种计算方法中的至少3种（SignalP v.3.0的神经网络和隐马尔可夫模型实现，LipoP v.1.0，以及Phobius）和185个II型（脂蛋白）输出信号预测LipoP v.1.0版。此外，24个人工识别的IV型（prepilin肽酶底物）输出信号基序和16个人工识别双精氨酸转运蛋白（TAT）基序被添加到数据库中。Phobius和/或TMHMM预测1042个蛋白质至少有一个观察到跨膜螺旋。经计算，上述295项预测的输出信号通过碱性磷酸酶进行了验证（PhoA）融合屏（注：PhoA融合屏方法将当然不能识别所有输出的蛋白质）。所有这些数据都是在给定的“结构特征”字段下可用基因卡。例如，在中的结构特征字段铜绿假单胞菌PAO1号机组数据库搜索，或查看以下示例一张基因卡的数据在这里.

新链接到铜绿假单胞菌PA14非冗余转座子插入突变体库相关的链接.

2006年4月5日

补充新的GBrowse轨迹对于铜绿假单胞菌PA14：非冗余转座子突变文库由奥苏贝尔实验室（哈佛大学）。

增加了通过存在/不存在转座子过滤结果的能力突变体铜绿假单胞菌aPA14高级搜索。

更改的搜索界面：为转座子移动下拉框从高级搜索框的底部到顶部进行筛选。

2006年3月30日

相关链接节已更新以添加新链接对于丁香假单胞菌基因组注释项目（DC3000、B728a和1448A）。

2006年3月23日

潜在人类同源物的新链接（简单的顶部BLAST点击人类） 属于铜绿假单胞菌PAO1蛋白在下面相关链接第节。

新的搜索功能：能够根据是否存在两个文库的转座子突变插入(假单胞菌属铜绿假单胞菌PAO1 TN5勒克斯转座子突变文库由汉考克实验室（UBC）和铜绿假单胞菌PAO1号机组美国大学生成的phoA/lacZ转座子库华盛顿基因组中心）。此过滤器的一个应用是返回假定的与其他搜索功能。我们希望包括更多转座子突变体该过滤器中更多菌株的可用库。

与每个基因卡相关的新字段，说明如果转座子突变体可用。如果是，则显示提供了GBrowse中的插入站点。

更新了的批注铜绿假单胞菌PA14至包括gi编号和唯一的测序中心基因id每个基因。在PA14测序中为每个基因的卡片添加了一个链接中心。

2006年3月6日

已完成在服务器上安装CVS客户端。网站已存放在远程CVS存储库中。

2006年3月3日

新建正交预测替换互惠最佳爆炸冲击（RBBH）分析铜绿假单胞菌PAO1。这些是计算预测的假设假单胞菌属基于高通量计算方法的spp.正交Ortholuge公司之前进一步评估的预测正交曲线（包括使用基于RBBH的预测方法和这些分析的情况一样）确定直系图最能反映物种差异，可能更多可能具有类似功能(看法传奇). 当没有Ortholuge预测可用时可能包括再倒立最佳冲击打击。可以查看此数据在6条新轨道的背景下GBrowse公司.

2006年3月1日

138更新制造到铜绿假单胞菌PAO1基因组注释。121个更新包含新的1类本地化数据，基于文献综述。

2006年2月13日

已更新伪循环模式以便于升级到Pathway Tools 9.5版。

代谢PseudoCyc数据库中的基因和产品名称路径已经更新，包括最新的注释更新。基因组DNA序列和碱基对坐标更新为适应去年的序列校正（核苷酸插入位置2669175）。添加亚细胞定位数据，PseudoCap功能分类和对Pseudo Cyc的注释。

向PseudoCyc添加PubMed证据参考。

已升级到Pathway Tools 9.5版。这方面的改进版本包括：

-Cellular Overview图表的增强功能，包括改进查看微阵列和蛋白质组学数据。
-新建比较分析功能
-新的和改进的基因组浏览器

有关详细信息，请访问：http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/release-notes.html

2006年1月4日

假单胞菌属基因组数据库版本2.2是发布。

查看和排序返回结果的新界面BLAST搜索工具.

-蛋白质数据库搜索的输出现在可以被视为蛋白质列表（带有基因名称和位点ID）以及每个对齐的详细信息（期望值、位分数、%标识、，等）。此外，可以将结果添加到剪贴板实用程序用于进一步分析/查看。

-核苷酸序列数据库搜索的输出可在列表格式，带有指向每个对齐区域的GBrowse视图的链接。注：包含完整BLAST输出的可下载文件，包括每次搜索都会提供两两对齐。

-添加了检索和显示序列的函数使用此选项时，单个爆炸搜索结果的对齐接口。包括所有结果对齐的完整输出可以仍然可以作为文本文件从同一页面下载。

的新曲目铜绿假单胞菌PAO1号机组GBrowse公司链接到蓝图小分子交互数据库（SMID）。每个glyph链接到一个列表预测小分子的结合位点。

中添加到亚细胞定位轨道的新链接GBrowse公司和亚细胞定位个人基因卡上的条目。具有定位等级的蛋白质类2或类3现在包含指向cP端口数据库,基于计算的亚细胞定位数据库预言。

基因组项目页面更新为包含更多详细信息（应变添加到数据库的日期/应变最后的日期在数据库中更新）和排序能力。此外条目(铜绿假单胞菌2192,假单胞菌属铜绿假单胞菌C3719，铜绿假单胞菌临床分离物文件包416（提前）和铜绿假单胞菌临床隔离pacs5296（延迟））已添加到此页面。

添加了将更新日志搜索结果导出到的功能制表符分隔的文件。导出的字段包括轨迹ID、，基因组、染色体、更新描述、更新日期和名称向数据库提交注释的个人。

编辑了下载第页，以便表中包含的紧凑信息。添加了下载的链接铜绿假单胞菌PA14注释文件。

创建了单独的网页以查看或编辑的内容剪贴板。剪贴板现在可以通过一个名为“查看我的剪贴板”在右上角此网站上大多数网页的一角。此外，现在是可以从个人向剪贴板添加注释基因卡页面。

添加了翻转基因图像方向的选项，drop批注并将剪贴板批注从下载到文本文件注释比较页。

新建界面用于检索基因组DNA序列以及特定ORF的DNA或蛋白质序列。使用此工具，用户可以检索任何基因组的序列在此数据库中。

更新了概述页面。

修复了geneRecord.jsp和compareAnnotation.jsp页面上的错误使用时阻止链接到预先格式化的blast页面Internet Explorer浏览器。尝试执行时出现问题自互联网以来使用超长核苷酸序列的blast搜索资源管理器浏览器对查询字符串的长度有限制。已更改表单从“get”到“post”的提交方法。

对进行的更正铜绿假单胞菌PA14基因组DNA序列（中的错误可下载的FASTA文件夹以及核苷酸序列爆炸数据库）。此网站上以前的文件包含相反的内容正确基因组DNA序列的补充。我们对此深表歉意这造成了不便。

删除了与单个关联的重复PubMed引用数据库中的ORF。

2005年10月12日

更新了的列表基因组计划到反映状态的变化铜绿假单胞菌，利物浦流行菌株（鸟枪测序完成）和假单胞菌属荧光灯Pf0-1（排序完成）。

2005年10月3日

增加了搜索功能丁香假单胞菌。番茄DC3000更新（2005年9月29日起）。请注意，我们不当前接受提交的丁香假单胞菌DC3000型基因组。请直接提交更新至丁香假单胞菌。番茄DC3000基因组项目网站.

设置Struts消息资源以存储错误消息和集中配置文件中可下载文件的名称。编辑了download.jsp、search.jsp和/updates以显示这些信息。

修正了更新日志搜索引擎中导致引擎的错误执行布尔搜索时崩溃。

更正了更新日志搜索引擎中阻止某些从返回的更新。

2005年9月29日

14注释更新对于铜绿假单胞菌PAO1号机组基因组已经添加。

4新注释对于小的、未翻译的调节性RNA添加到PAO1基因组注释中。

2005年9月27日

添加了两个新基因组的注释：假单胞菌属铜绿假单胞菌PA14（由提供奥苏贝尔实验室,哈佛医学院)和相溶性紫丁香假单胞菌1448安（染色体，大小质粒；下载自美国国立生物技术信息中心).除了各自基因组提供的数据外每个项目都完成了新的计算分析基因组（PSORTb-预测亚细胞定位，COG，PFAM，TIGRFAM，基因本体预测和假定的直系图/倒数最佳爆破命中）并添加到数据库中。这些计算分析也可以被视为GBrowse中的轨迹。注：这些注释可能会更改。虽然我们目前没有接受来自个人的这些基因组注释更新社区研究人员，我们可能会收到来自相关的基因组中心。如果您希望进行更新，请联系基因组测序中心第一。

更新86英镑假单胞菌属丁香DC3000基因和产品名称。大多数更新基于Hrp外蛋白（Hop）效应蛋白命名法的变化(林德伯格等，2005).

已更新GBrowse公司申请查看从版本1.61到1.62的注释轨迹并将其移动到托管此网站的同一服务器。

2005年9月22日

Tomcat 5.5和Apache 2.0 Web服务器已成功集成在单个服务器上。Apache将处理所有传入请求并将JSP请求转发给Tomcat。

DNA模体搜索工具移动到此服务器。更新了表单所在的页面，以匹配新网站。

2005年9月20日

新页面列表假单胞菌属基因组计划已完成或进度。如果你有这些项目的最新消息。拜托联系我们.

2005年8月2日

假单胞菌属基因组数据库第二版上线！

除了在版本2中发现的新功能之外，它仍然应该做旧版本可以做的所有事情。注：原件版本1属于这个假单胞菌属基因组数据库将保持可用从这个日期算起大约一年。

2005年6月12日

新增4615个中心距预测铜绿假单胞菌PAO1号机组基于反向位置特定爆破（RPSBLAST；爆破版本2.2.10）使用1E-4的截止。

增加了2448个新的TIGRFAM分类假单胞菌属铜绿假单胞菌基于Hmmer TIGRFAM分类的PAO1（2.3.2版）搜索蛋白质家族的TIGRFAM数据库（4.1版），截止值为1E-4。

4066个新的PFAM预测铜绿假单胞菌PAO1号机组基于反向位置特定爆破（RPSBLAST；爆破版本2.2.10）使用1E-4切断。

1501个新的基因本体分类假单胞菌属铜绿假单胞菌基于当前TIGRFAM接入映射的PAO1查找表中提供的一个或多个GO ID（TIGRFAMS_GO_LINK:2005年3月7日）从TIGR FTP站点下载ftp://ftp.tigr.org/pub/data/TIGRFAMs/。

2005年6月10日

新建GBrowse公司跟踪：Operon Finding Software V1.2预测。数据基于使用Operon Finding进行的计算分析软件V1.2由Jeremy Buhler于年在华盛顿大学开发圣路易斯。此轨迹上的符号显示概率（P值）相邻的左右基因属于同一个操纵子。

2005年5月23日

这个可下载的逗号分隔文件已重新设置更新注释的格式，使其周围包含引号所有数据都更容易解析。指向显示所有数据字段的文件的链接属性已包含在同一页中。

2005年5月12日

11更新已成为假单胞菌属铜绿假单胞菌基因组数据库。

2005年4月27日

由于计划停电，网站将在上不可用二○○五年四月三十日（星期六）上午7点至下午1点（太平洋标准时间）。对于由此给您带来的不便，我们深表歉意。

2005年4月22日

常见问题(常见问题解答)页面具有已更新，包括解释如何获得的信息基因间区域的核苷酸序列。

2005年4月4日

GBrowse公司已更新为包含链接到假单胞菌属铜绿假单胞菌PAO1号机组最小Tn5勒克斯转座子突变文库由开发于勒文扎等(2005)的汉考克门诊化验室在不列颠哥伦比亚大学。

2005年2月8日

请注意假单胞菌属基因组数据库网站周六不可用，二月第十九由于计划停电，从下午5点到4点（太平洋标准时间）。我们道歉对此次停机造成的任何不便负责。

2005年1月19日

基于计算预测的新亚细胞定位数据使用PSORTb公司2.0版软件已添加到更新的基因组数据库中注释。以前基于亚细胞定位的数据已在铜绿假单胞菌（类别1）或在另一种生物（2类）在这一轮更新。

2004年12月15日

铜绿假单胞菌线性的基因组图谱固定：由于最近的注释更新少数HTML页面的某些访问权限被意外更改这导致该网站的访问者被提示输入尝试访问地图时的用户名和密码。请注意这个问题已经解决了，应该没有问题现在访问它。

2004年12月14日

13更新已成为假单胞菌属铜绿假单胞菌基因组数据库。

十一月9, 2004

34更新有被制作成铜绿假单胞菌基因组数据库。

2004年10月12日

这个托管PseudoCyc数据库的服务器在中午停机（太平洋标准时间）。虽然这个技术问题超出了我们的控制范围，我们预计它将在24小时内得到纠正。我们道歉如有任何不便。问题于下午3:30（太平洋标准时间）解决。伪循环已恢复联机。

9月16日，2004

基于倒数的假定正交数据重新分析和更新了最畅销的BLAST歌曲，包括380多首丁香假单胞菌DC3000直方图和393多个假单胞菌属恶臭KT2440正交曲线。可以在中查看此分析GBrowse公司.

2004年8月13日

A类已为那些愿意在不经过注册过程。为了得到适当的认可注释提交并查看提交历史记录在网上，我们鼓励您注册一个免费的登录ID。

2004年8月10日

两首新曲目包含指向的链接假定的中的正交曲线假单胞菌属普蒂达KT2440和丁香假单胞菌病理变种番茄DC3000已添加到GBrowse公司请注意，这些是基于互惠的粗略分析最佳BLAST点击。我们目前无法直接与基因联系上假单胞菌属丁香DC3000基因组项目网站因此与NCBI有联系而不是条目。然而，我们鼓励您也检查相关条目丁香假单胞菌网站，其中可以提供更多更新的信息。


2004年7月19日

GBrowse公司已更新以包含上的数据大学华盛顿基因组中心的 铜绿假单胞菌PAO1号机组phoA/lacZ转座子突变文库.

2004年7月15日

新建链接已添加到相关链接第节。

2004年6月16日

我们的Web服务器上的操作系统已升级到Windows 2003。第二十三条注释更新已成为铜绿假单胞菌基因组数据库。

2004年4月28日

托管GBrowse和我们的DNA motif搜索工具的服务器已关闭昨天。我们已采取措施纠正此问题服务器已恢复联机。不便之处，我们深表歉意。

2004年3月29日

现场临时停工计划时间：之间将进行计划的网络升级2004年3月30日上午7:00和早上8:00（太平洋标准时间），在旧金山州立大学校园导致无法访问网站。此外，还有一个2004年4月3日SFU校园计划停电导致web服务丢失。停电将于5点左右开始上午（太平洋标准时间），持续约7小时。我们对此深表歉意这可能会给您带来不便。

3月2日，2004

该网站已重新上线。之后2004年2月29日星期日发生安全漏洞，该网站被关闭同时我们采取措施提高安全性。我们感谢您的耐心并对给您带来的不便表示歉意。

2004年2月24日

这个GBrowse中的KEGG代谢途径注释已更新。

2004年2月24日


重要信息更改：核苷酸序列更新

A类缺失的G核苷酸插入位置2669175。这个已编辑可下载的更新序列文件，以便反映这一变化。六个注释更新已添加到假单胞菌属铜绿假单胞菌基因组数据库。

12月16日，2003GBrowse和DNA模体搜索工具将关闭一段时间12月17日星期三大约15分钟服务器。

2003年12月1日

公共web服务器上的硬件修复已完成该网站已被移回。

十一月4, 2003

提高了中的记录速度通过调整高级，可以在我们的web服务器上访问数据库Microsoft Access驱动程序的选项值。

十一月3, 2003

网站已临时移动在对我们网络上的硬件进行修复时，连接到另一台服务器服务器。我们在过去一个月里遇到的问题似乎源于主板电容器故障-一个问题出现在两年前制造的许多主板上。如果您在访问任何此网站上的资源。

2003年10月22日

DNA模体搜索工具再次上线。我们要感谢您在此次服务期间的耐心等待向下。

2003年10月17日

我们在过去几年中遇到了一个技术问题可能是因为我们最近的一次更新。在为了确定来源，我们暂时删除了DNA基序服务中的搜索工具。我们鼓励您继续使用网络这将有助于我们进行故障排除。我们感谢您的耐心等待我们解决这个问题。

10月8日，2003PseuRECa（假单胞菌REannotation和Context）的链接分析）网站已添加到相关的链接站点的部分。已添加八个注释更新到铜绿假单胞菌基因组数据库。这个批注更新节已修改为包括与这些新更新有关的信息。

2003年9月3日

一种新的DNA模体搜索该工具已上线。它搜索更新的假单胞菌属铜绿假单胞菌可变长度匹配的PAO1基因组数据库用户输入的DNA一致序列。搜索工具返回包含所有信息的摘要和详细报告基序所在的基因和基因间区域。用户还可以选择下载以tab分隔的结果文件以便进一步分析。

新的GBrowse曲目具有已添加（附加Rho独立终端（Brinkman））。这些是计算预测的rho-independent的子集从西蒙的Brinkman实验室获得的转录终止子弗雷泽大学（Winsor和Brinkman，未发表数据）。

2003年7月30日

已更新在7月添加到网站的注释提交中3/03. 关于提交未发表的注释信息，请注意尚未命名的新基因和蛋白质已发表的被输入为“替代”（alt）基因和蛋白质名称，直到研究发表。这个将有助于保持同行评审科学的高标准现场数据。

2003年7月4日

具有Rho独立转录的GBrowse音轨综合微生物资源提供的终止剂（CMR）恢复正常工作

7月3日，2003

已添加批准的注释提交到现场

2003年6月30日

网站地图已更新，包括对GBrowse视图的引用

2003年5月21日

进行了更改到GBrowse视图“Instructions”部分中的文本和链接

2003年5月16日

FASTA和。基因间序列的GFF文件被修改以替换PA相邻基因的主要基因名称编号（如适用）基因间序列。这样可以消除任何混淆与比较“所有带假单胞菌链接的基因”相关和GBrowse中的“基因间序列”轨迹。

四月29, 2003

G浏览原始和已更新铜绿假单胞菌PAO1基因组注释如下现在在线。

单击此处查看的GBrowse视图更新了第一个10Kbp基因组的基因组注释。

GBrowse公司（Stein等人，2002年。基因组研究12:1599-610）是GMOD（通用模式生物）的基因组浏览器组件数据库）项目，是一个轻量级、易用且易于配置的基因组浏览器，允许用户操作并将基因组注释可视化为相对于基因组坐标系统，通过交互式网页。一些GBrowse的功能包括同时可视化鸟瞰图和基因组的详细视图；滚动和缩放；按关键字、基线范围或相对坐标进行搜索；可由用户自定义的注释轨迹和管理员；第三方注释；存储设置和跨会话的偏好；和功能扩展插件。预计GBrowse的这些功能，尤其是第三方注释的能力，将使其成为对www.pseudomonas.com的自然而有用的扩展。

要了解有关GMOD和GBrowse的更多信息，请参阅http://www.gmod.org

2003年2月25日

已将文件添加到可下载的.zip。Z、 基因间序列的.sit文件。

2003年2月3日

第个文件，共个第页。铜绿假单胞菌基因间序列现在可以下载了。两个注释更新：可以在最新的更新第节。

2003年1月28日

提交系统现已联机。谢谢你的耐心。

2003年1月20日

提交系统目前处于脱机状态。请核对稍后。对于由此给您带来的不便，我们深表歉意。

2003年1月10日

超过50条注释注释数据已经更新。它们可以在中找到这个最新更新第节。此外，75结构RNA，包括转移RNA和核糖体RNA作为基因添加到数据库中。这些RNA基因被给予PA小数点表示法中的数字。现在可以下载RNA数据以及更新的基因组注释表中的其他注释。提交系统能够处理新的基因插入。任何要插入的新基因都将获得小数点PA数字。

2002年8月23日

现在有20多个新的注释更新可用，它们可以在中找到最新更新第节。
PseudoCAP提交表单的微小更改：现在，用户可以输入多个PubMed参考，引文标题不再如果提供了他们的PubMed ID，则需要。

六月12, 2002

使用PA编号的新检索序列表单位于检索序列数据部分。这个序列可以以纯文本文件格式下载。

2002年4月29日

增强的接口更新的数据库搜索.立即搜索合并注释字段（例如PA编号、蛋白质名称、，基因名称等）以及数据库更新的日志文件（例如更新日期和参与者）。

新建更新日志关键字搜索用于搜索描述注释数据库的所有更新的日志文件。

改进了查看搜索结果的界面。记录可以现在可以重新排序，这样就更容易从一页移到另一页。也，搜索结果现在可以以TAB格式下载。

2002年3月6日

可下载更新和原始基因组注释表可在获取所有注释数据第节。电子邮件不再需要请求注释表。

2002年3月1日

亚细胞定位有关基因的信息现在可以通过Browse By功能获得.亚细胞定位信息由分类（如外膜蛋白、细胞质蛋白等）以及反映我们对分类。请注意，此时，只有外层膜蛋白质已被鉴定。

2月4日，2002

所有1类基因（基于置信水平在蛋白质名称上）被命名为基因名称，而不是替代基因名称。这意味着所有没有基因的1类基因名称，但有一个替代基因名称，如果替代基因变成列出的基因名称。

2002年1月28日

我们有一个新的电子邮件地址来发送您的问题和对的评论(向我们发送电子邮件). 前者地址“genemaster@pseudomonas.com“将不再是已使用。

2002年1月4日

现在，每个基因注释都包含指向以下站点上的相应注释：·Pseudo Cyc（代谢途径）·TIGR综合微生物资源·昆士兰大学第页。铜绿假单胞菌基因组数据库站点2002年1月3日

常见问题（FAQ）部分已审查和更新。

2001年12月21日

pseudomonas.com网站2001-12-21版上线！此新版本包含一组基于web的表单，以便于快速方便地提交注释数据。我们鼓励研究人员将参与假单胞菌属社区注释项目（PseudoCAP）确保第页。铜绿假单胞菌基因组序列仍然是一种有价值的最新资源。点击在这里有关如何参与进来。新的PseudoCyc网站的链接，其中包含概述铜绿假单胞菌添加了代谢图到相关链接站点的部分。这个批注更新节已修改为包括每次更新的修改日期。

2001年12月11日

的注释PA0336号已更新。

2001年11月16日

注释对于PA3556型已经是已更新。

2001年11月6日

默认搜索字段已从“All”更改为“All上的“基因名称”字段数据库搜索第页。这是为了鼓励用户尽可能具体地进行搜索避免使用较慢的“所有字段”搜索选项。答案对于研究人员提出的常见问题发布在常见问题站点的部分。

2001年10月22日

这个批注更新现场的一部分修改为承认生物研究部西雅图Chiron-Seattle感谢他们对更新版本的假单胞菌属基因注释数据库。的批注更新已添加PA1559和PA1560。

十月15, 2001

A类常见问题问题（FAQ）节已添加到假单胞菌属铜绿假单胞菌第页。它解决了我们面临的一些问题收到来自以下人员的邮件假单胞菌属感染，或来自与假单胞菌属感染，关于药物治疗、临床试验和感染风险。

2001年10月1日

我们似乎接收发送到的电子邮件时出现问题”genemaster@pseudomonas.com“地址。我们正在尝试解决此问题，并将电子邮件临时路由到备选地址，请继续通过电子邮件向我们发送您的问题或来自的评论向我们发送电子邮件第节，共节现场。如果您的电子邮件被退回，我们深表歉意。

2001年9月25日

布尔值搜索引擎已在数据库搜索第页。用户现在可以使用在多个字段上搜索更新的注释数据库多个关键字。

2001年9月17日至20日

pseudomonas.com网站的PAO1-2001-09版本公众！安批注更新部分，其中列出了最近的批注更改，已添加到网站。每个基因注释现在包含到相应注释的链接昆士兰大学铜绿假单胞菌基因组数据库现场。在“链接到更多”中添加了一些新链接分析”部分。