1.简介

2.ePSORTdb

3.cPSORTdb公司

4.使用PSORTdb

5.ePSORTdb字段

6.cPSORTdb字段

7.细菌细胞膜和细胞结构

介绍

细菌蛋白质亚细胞定位（SCL）的鉴定为其生物学功能提供了有价值的线索。例如，表面暴露或分泌的蛋白质具有作为候选疫苗、诊断试剂（环境或医学）的潜力，并且容易获得药物，因此引起人们的主要兴趣。通过对越来越多的完整细菌基因组或单个蛋白质进行SCL计算分析，研究人员可以筛选候选疫苗/药物，自动注释基因产物或选择蛋白质进行进一步研究。

PSORTdb是细菌和古细菌SCL数据库，包含通过实验室实验确定的信息（ePSORTdb数据集）和计算预测（cPSORTdb数据集）。实验验证信息的数据集（>11000个蛋白质）由我们手动整理，是同类数据中最大的数据集。该数据库的第二个组成部分包含从最新的NCBI RefSeq全序列基因组数据集推导的蛋白质计算分析。目前的分析是使用PSORTb进行计算的，这是细菌蛋白质最精确的自动SCL预测因子。

PSORTdb数据库属于PSORT公司为亚细胞定位预测提供资源和链接的家族。

最新版本的PSORTdb包含了对具有更广泛多样性细胞膜结构的微生物的改进分析。例如，请参阅几种不同细菌细胞膜的示意图在这里.

如果您在研究中使用PSORTdb，如果您引用以下出版物，我们将不胜感激：

以前的出版物：

Peabody MA、Laird MR、Vlaschaert C、Lo R、Brinkman FS。（2016）PSORTdb：扩大细菌和古菌蛋白质亚细胞定位数据库，以更好地反映细胞膜结构的多样性。核酸研究。44（D1）:D663-8.

Yu，N.Y.、Laird，M.R.、Spencer，C和Brinkman，F.S.L.（2011）PSORTdb——细菌和古菌的一个扩展的、自动更新的、用户友好的蛋白质亚细胞定位数据库。核酸研究。39：D241-244（数据库问题）。

Rey，S.、M.Acab、J.L.Gardy、M.R.Laird、K.deFays、C.Lambert和F.S.L.Brinkman（2005年）。PSORTdb：细菌亚细胞定位数据库。核酸研究。33：D164-168（数据库问题）。