Pseudomonas Genome Database: facilitating user-friendly, comprehensive comparisons of microbial genomes

doi:10.1093/nar/gkn861

.2009年1月；37（数据库问题）：D483-8。

doi:10.1093/nar/gkn861。 Epub 2008年10月31日。

假单胞菌基因组数据库：方便用户对微生物基因组进行全面比较

杰弗里·温莎¹, Thea Van Rossum公司, 雷蒙德·洛, 巴夫金德·哈拉, 马修·D·怀特塞德, 罗伯特·汉考克, 菲奥纳·S·L·布林克曼

附属公司

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预防性维修识别码：项目经理2686508
内政部： 10.1093/nar/gkn861

假单胞菌基因组数据库：方便用户全面比较微生物基因组

杰弗里·温莎等。核酸研究. 2009年1月.

.2009年1月；37（数据库问题）：D483-8。

doi:10.1093/nar/gkn861。 Epub 2008年10月31日。

作者

杰弗里·温莎¹, Thea Van Rossum公司, 雷蒙德·洛, 巴夫金德·哈拉, 马修·D·怀特塞德, 罗伯特·E·W·汉考克, 菲奥纳·S·L·布林克曼

附属

¹加拿大BC V5A 1S6伯纳比西蒙·弗雷泽大学分子生物学和生物化学系。

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预防性维修识别码：项目经理2686508
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摘要

铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一种已被广泛研究的条件致病菌，尤其以其固有的抗菌耐药性、多样的代谢能力以及在囊性纤维化患者中引起危及生命的感染的能力而闻名。假单胞菌基因组数据库(http://www.pseudomonas.com网站)最初是作为铜绿假单胞菌PAO1参考菌株基因组的同行评审和不断更新注释的资源开发的。为了促进与其他重要假单胞菌物种的跨菌株和跨物种基因组比较，我们现在已经扩大了数据库功能，将所有假单胞菌物种包括在内，并开发或纳入了促进高质量比较基因组学的方法。该数据库包含对直系图的稳健评估，这是一种新的直系图聚类方法，并在序列和注释级别（Gbrowse、Mauve和自定义视图）合并了五种数据视图，以便于基因组比较。通过选择简单且更灵活的用户友好布尔搜索功能，研究人员可以搜索和比较基因组内或基因组之间的注释或序列。其他功能包括更准确的蛋白质亚细胞定位预测，以及参考菌株PAO1的用户友好、布尔可搜索的更新日志文件。该数据库旨在继续为研究社区提供高质量、带注释的基因组资源，并在开放源代码许可证下可用。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
所选项目的简单“比较”分析结果截图*假单胞菌oprF*不同物种的基因。请注意，该界面以及互补的正交视图如何包括被比较基因的基因组上下文的可导航、可视化表示，该表示是自动定向的，以帮助比较。用户可以在页面上进一步向下滚动以比较这些基因的其他特征，包括其蛋白质和核酸序列、可能包含启动子区域的上游序列以及其他注释信息。

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[8] Markowitz VM、Korzeniewski F、Palaniappan K、Szeto E、Werner G、Padki A、Zhao X、Dubchak I、Hugenholtz P、Anderson I等。集成微生物基因组（IMG）系统。2006年《核酸研究》；34：D344–D348。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Peterson JD、Umayam LA、Dickinson T、Hickey EK、White O。综合微生物资源。2001年《核酸研究》；29:123–125.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Peterson JD、Umayam LA、Dickinson T、Hickey EK、White O。综合微生物资源。2001年《核酸研究》；29:123–125.-项目管理咨询公司-公共医学

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