BLAST(基本局部对齐搜索工具)

爆炸:使用此表单根据核苷酸序列数据库查询核苷酸序列。

TBLASTN公司:使用此表单根据翻译的核苷酸序列数据库查询氨基酸序列。

TBLASTX公司:使用此表单根据翻译核苷酸序列数据库查询翻译的核苷酸序列。

BLASTP公司:使用此表单可以针对属于单个菌株的蛋白质序列数据库查询氨基酸序列。

BLASTX公司:使用此表单根据蛋白质序列数据库查询翻译的核苷酸序列。

关于BLASTP和BLASTX搜索的重要说明:
在所有蛋白质序列的数据库上运行需要很长时间(每个序列>10分钟)。请使用DIAMOND(以下链接)在数据库中搜索更广泛的分类群或所有蛋白质序列。

金刚石爆破

这个金刚石爆破命令可以用作BLASTP搜索的快速而敏感的替代方法。使用氨基酸查询序列,它可以以比BLASTP快数百倍的速度搜索蛋白质序列数据库。

有关DIAMOND的更多详细信息,请访问开发者网站或在以下出版物中:

Benjamin Buchfink、Chao Xie和Daniel H.Huson(2015)。
使用DIAMOND快速灵敏的蛋白质比对
《自然方法》,12,59–60(2015)doi:10.1038/nmeth.3176。
项目管理标识号:25402007

在这个网站上,您可以使用DIAMOND BLASTP根据蛋白质序列数据库查询氨基酸序列。对于搜索大型数据集(例如,此数据库中所有菌株的蛋白质序列),这是唯一可用的选项。

金刚石喷砂

这个金刚石喷砂命令可以用作BLASTX搜索的快速而敏感的替代方法。它翻译一个核苷酸序列,并执行和搜索蛋白质序列数据库,速度比原始BLASTX快20000倍。

有关DIAMOND的更多详细信息,请访问开发者网站

在这个网站上,您可以使用DIAMOND BLASTX翻译核苷酸序列并查询蛋白质序列数据库。对于搜索大型数据集(例如,此数据库中所有菌株的蛋白质序列),这是唯一可用的选项。

搜索DNA基序

转到DNA模体搜索表

获取IUPAC格式的DNA基序并搜索基因组DNA序列。返回包含该基序的基因组特征列表,该基序可用于查找假定的转录因子结合位点和其他有趣的基序。

检索序列

转到序列检索表

输入该数据库中任何复制子的序列坐标和链,并检索DNA序列和/或三帧翻译。