（IUCr）《结晶学报》第D卷第69卷第10部分，2013年10月

《水晶学报》。(2013).D类69,1865-1866
doi:10.1107/S090744491301528X

论错误的传播

雅斯科尔斯基

蛋白质数据库的政策是，小分子配体的首次沉积，即使原子编号错误，也为公认的命名规则开创了先例，这一政策受到了争议。

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周质铜结合蛋白CueP的结构肠道沙门菌伤寒血清型

B.Y.Yoon先生,Y.-H.金,N.金,B.-Y.Yun,J.-S.金,J.-H.李,H.-S.Cho先生,K.李和N.-C.哈

在本研究中，CueP是一种周质铜结合蛋白肠道沙门菌，揭示了V形二聚体结构。

PDB参考:CueP，4gqz

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蓝藻和参与叶绿素醌生物合成的植物中结构不同的硫酯酶的功能聚合

F.毛皮,W.J.艾伦,J.R.维达尔姆,P.马泽兰,R.C.里佐,G.贝塞特和M.A.威尔逊

本文介绍了参与叶喹酮生物合成的两种来源于植物和蓝藻的1,4-二羟基-2-萘甲酰基-CoA硫酯酶的晶体结构。这两种功能相似的酶的不同结构表明进化是收敛的。

PDB参考:Slr0204，4k00号;在DHNAT1，4k02

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VI型肽聚糖胞酶效应器和同源免疫蛋白的复合结构

T·王,J.丁,Y.Zhang（张）,D.-C.王和刘伟（W.Liu）

与细菌VI型分泌系统相关的Tse3–Tsi3复合物的结构铜绿假单胞菌已解决并在1.9 奥分辨率。揭示了胞壁酶效应器识别及其同源免疫蛋白失活的结构基础。

PDB参考:Tse3–Tsi3综合体，3wa5

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抗磁悬浮、硅油和琼脂糖凝胶无容器条件下生长的蛋白质晶体的质量比较

H.-L.曹,L.-H.孙,J.李,L.Tang（李·唐）,H.-M.Lu先生,Y.-Z.郭,J.何,Y.-M.刘,X.-Z.谢,沈海峰（H.F.Shen）,C.-Y.Zhang,W.-H.郭,L.-J.黄,P.尚,J.-H.He先生和D.-C.尹

反磁性悬浮技术有助于获得高质量的蛋白质晶体。比较三种无容器条件下的结果表明，抗磁悬浮技术对晶体质量的改善最大，其次是琼脂糖凝胶。

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JmjC-结构域蛋白JMJD5的结构

H.王,X.周,吴先生,C.王,十、张,陶毅（Y.Tao）,N.Chen（陈）和J.臧

JMJD5的晶体结构^176摄氏度发现位于底物结合囊的入口的三个带有大侧链的残基消除了JMJD5片段的组蛋白去甲基化酶活性。JMJD5与FIH的结构相似性表明，人JMJD5可能具有蛋白羟化酶的功能。

PDB参考:JMJD5、4gaz

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衍射数据集的有效分辨率和光学分辨率

L.Urzhumtseva公司,B.克拉霍尔兹和A.乌尔朱姆采夫

讨论了“分辨率”的概念，并提出了适用于各种衍射数据集的正式定义，包括完整和不完整以及各向同性和各向异性。

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抗体中和的结构基础单纯疱疹病毒

C.-C.李,L.-L.林,W.-E.陈,T.-P.Ko公司,J.-S.赖和A.H.-J.Wang

gD–E317-Fab复合晶体揭示了人类单抗E317在HSV gD上的构象表位，为理解病毒中和机制提供了分子基础。

PDB参考:E317-Fab，3周9天;gD–E317-Fab复合体，3w9e

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致病真菌分泌的主要金属蛋白酶的功能和结构研究烟曲霉

D.费尔南德斯,俄罗斯南部,J.本德雷尔,M.莫诺德和I.帕拉莱斯

锥形武器的秘密成功：揭示了主要胶原蛋白溶解和弹性溶解锌依赖蛋白酶的结构和功能细节烟曲霉.

PDB参考:烟曲霉金属蛋白酶，4k90

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巴西响尾蛇多肽色胺的结构土茯苓

M.A.科罗纳多,A.加布杜尔卡科夫,D.乔治亚,B.桑卡拉,村上春树,R.K.Arni公司和C.贝策尔

抗肿瘤和细胞穿透多肽色氨酸的晶体结构土榴莲据报道有毒液。

PDB参考:色氨酸，4gv5

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寡聚蛋白视紫红质复合物中与光活性位点的交叉蛋白质相互作用

T.跑步,G.奥佐罗斯基,Y.Gao高,O.A.西内舍科夫,王伟（W.Wang）,J.L.斯普迪奇和H.勒克

蛋白质视紫红质的第一个晶体结构显示出蛋白质的六方环，其中保守的光活性位点组氨酸从同一分子与希夫碱质子受体形成氢键，也与相邻原聚体的色氨酸残基形成氢键。结构和突变研究揭示了涉及分子间His-Trp对的原生质体之间离子移位机制和合作行为的新方面。

PDB参考:医学12业务流程再造，4jq6;热75BPR D97N，4公里;热75BPR D97N/Q105L，4节

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Rv2969c，对结核分枝杆菌是一种DsbA样酶，与VKOR衍生肽相互作用，具有DsbA类二硫化物氧化酶的非典型特征

L.普雷姆库马尔,B.赫拉斯,W.杜普雷斯,P.沃尔登,M.哈利利,F.库尔斯,D.P.费尔利和J.L.马丁

基因产物结核分枝杆菌Rv2969c是一种二硫氧化酶，具有典型的DsbA样折叠，具有新颖的结构和功能特征。

PDB参考:Rv2969c，4k6x

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BenM的DNA结合域揭示了识别T-N的结构基础₁₁-LysR型转录调控因子的序列基序

A.M.Alanazi先生,E.L.内德尔和C.莫曼

这里描述了DNA-蛋白质复合物的第一个结构，其中包括来自LysR型转录调节器（LTTR）的DNA-结合域，并用于解释LTTRs（T-N₁₁-A） ●●●●。序列特异性识别主要依赖于直接的蛋白-核苷酸碱基接触。

PDB参考:弯管-DBD/LH，3m1e;与p的络合物_B类站点1，4ihs;与p的络合物_本姆站点1，4iht

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与真核生物磷酸甘露糖变位酶相关的非典型α-磷酸葡萄糖变位酶的高分辨率结构

P.诺格利,P.M.马蒂亚斯,M.de Rosa先生,R.卡斯特罗,H.桑托斯,A.R.内维斯和M.阿彻

α-磷酸葡萄糖变位酶的结构乳杆菌揭示了与真核生物磷酸甘露糖变位酶的整体结构相似性，但在活性部位存在差异。

PDB参考:α-磷酸葡萄糖变位酶，4bnd

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通过内部硫-SAD阶段化解决木瓜植物防御藤条样蛋白的高分辨率结构

J.休特,E.J.Teinkela Mbosso,S.索罗,F.梅耶,Y.Looze公司,R.Wintjens公司和A.沃尔科尼

利用蛋白质中存在的六个固有硫原子，通过单波长反常衍射相位确定棒状蛋白质的第一晶体结构。

PDB参考:卡文，4jp6;4jp7格式

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糖苷水解酶家族81内切-β-1,3-葡聚糖酶的结构

P.Zhou（周）,Z.Chen（陈）,问燕,S.杨,R.希尔根菲尔德和Z.Jiang先生

β-1,3-葡聚糖内切酶的晶体结构米黑根霉(房间Lam81A）在2.3和2.0下以两种晶体形式测定分别为？分辨率。的结构房间Lam81A与所有可用的内切-β-1,3-葡聚糖酶结构有很大不同。

PDB参考:房间Lam81A，无I型，4k3a;形式II-Se，4k35

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改进密度修改前强反射的实验阶段

M.Uervirojnangkoorn先生,R.希尔根菲尔德,T.C.特威利格和R.J.里德

开发了一种遗传算法来优化SIR/SAD数据中最强反射的相位。这有助于在几个测试用例中进行密度修改和模型构建。

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用AFM和SAXS对卟啉的结构进行表征，揭示了紧态和扩展态的混合物

B.砂光机,G.Tria公司,A.V.Shkumatov公司,E.-Y.金,格罗斯曼,一、泰斯默,D.I.斯维尔贡和H.辛德林

小角度X射线散射和原子力显微镜的结合表明，三聚体双域蛋白卟啉采用多种紧凑和扩展构象，优先选择紧凑状态。这种行为是由长且主要是非结构化的连接区引起的，该连接区也与位于藻蛋白两端的结构化域相互作用。讨论了结构数据的潜在功能含义。

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全配体Hbζ的结构₂β₂^秒陷入紧张的构象中

M.K.萨福,T.-P.Ko公司,O.阿卜杜勒马利克,Z.他,A.H.-J.Wang,E.R.Schreiter公司和J.E.罗素

全连接血红蛋白ζ的晶体学分析₂β₂^秒据报道，被困在一个紧张的构象。

PDB参考:血红蛋白ζ₂β₂^秒，3w4u

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HPLC积分SAXS测量结合X射线晶体学测定GH3.12蛋白构象

A.圆形,E.布朗,R.马塞林,U.卡普,C.S.威斯特福尔,J.M.杰兹和C.祖别塔

结合小角X射线散射（SAXS）和晶体学数据，探讨了酰基酸-酰胺合成酶GH3.12的两步催化机理。直接在X射线束上游的在线尺寸排除色谱法提高了样品的均匀性，并允许测定溶液中蛋白质构象的变化。将X射线模型拟合到SAXS数据，以明确确定不同配体存在时的蛋白质构象。

PDB参考:GH3.12–AMPCPP–水杨酸复合物，4l39

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Sgt2二聚体结构域与参与尾锚定膜蛋白靶向内质网的Get5 UBL结构域复合

J.-Y.Tung（董建华）,Y.-C.李,T.-W.林和C.-D.萧

为了理解Sgt2和Get5的泛素样结构域之间的相互作用，并揭示该复合物在应激条件下对TA-蛋白递送功能的重要性，确定了Sgt2的N-末端二聚结构域和Get5泛素样区域之间的复合物的结构。

PDB参考:中士2N–Get5Ubl，3zdm

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的结构牙龈卟啉单胞菌OxyR调节域解释了OxyR调控子在大肠杆菌和牙龈假单胞菌

D.V.斯文塔兹,D.L.彼得森,E.A.Collazo-Santiago公司,J.P.刘易斯和H.T.赖特

OxyR调节氧化应激基因表达的差异大肠杆菌和牙龈卟啉单胞菌被解释为各自氧化和还原的OxyR调节域的结构和氨基酸序列的微小差异。这些差异影响OxyR四级结构，并通过全长OxyR–DNA复合物的模型构建进行预测，以赋予该转录调节器不同的DNA结合模式。

PDB参考:牙龈假单胞菌OxyR RD，氧化，3ho7;突变体，3t22;减少，3uki

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参与生物乙醇生成的双功能醇脱氢酶的结构热葡萄糖苷地杆菌

J.外部,S.J.克伦内尔,K.埃利,R.克里普斯,D.W.霍夫和M.J.丹森

ADHE蛋白的乙醇脱氢酶（ADH）结构域的晶体结构G.热葡萄糖苷酶已确定为2.5 奥分辨率。将其与醛脱氢酶结构域的同源模型对接（尚未确定其结构），可以构建完整的ADHE模型，以及据报道从该生物体和其他生物体中形成大型多聚体“螺旋体”的推测机制。

PDB参考:ADHE的ADH域，3zdr

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三维结构域交换和超分子蛋白组装：从人类胰腺核糖核酸酶二聚体交换变体的X射线结构观察

A.皮卡,A.梅利诺,A.K.Buell先生,T.P.J.诺尔斯,E.皮佐,G.D’Alessio（达莱斯奥）,F.西卡和L.马扎雷拉

人类胰腺核糖核酸酶变异体的结构域摆动二聚体的迷人晶体结构表明，该蛋白可以在溶液中形成纤维。用原子力显微镜对其进行了观察和表征。强调了结构域交换在诱导天然类原纤维形成中的重要性。

PDB参考:人胰腺核糖核酸酶4kxh的结构域摆动二聚体

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水稻GH1 Os7BGlu26β糖蛋白特异性的结构分析和研究-D类-甘露糖苷酶

A.Tankrathok公司,J.伊格莱西亚斯·费尔南德斯,S.Luang公司,罗宾逊,A.木村,C.罗维拉,M.赫莫娃和J.R.凯图达特·凯恩斯

水稻Os7BGlu26β的结构-D类-甘露糖苷酶及其产物与β的复合物-D类-甘露糖和Os7BGlu26与4-硝基苯基β的计算对接-D类-甘露糖苷表明D类-甘露糖吡喃糖环从^{O（运行）}S公司₂将船倾斜至B类_2,5个船到¹S公司₅酶在水解过程中脱糖过程中发生歪斜。这些结构导致了以下假设：与催化酸碱相互作用的残基在确定β-D类-甘露糖苷酶活性，由定点突变和动力学分析支持。

PDB参考:Os7BGlu26，本地，4jho;甘露糖复合物，4jie

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