2-甲基-2,4-戊二醇（MPD）是最常用的用于生物大分子结晶的化学添加剂。然而，其对水溶液中蛋白质的作用机制尚不清楚。我们对MPD分子与蛋白质结合的构象和环境进行了系统分析。我们发现，大多数MPD分子采用其最稳定的构象。它们更喜欢结合到疏水性位点，对亮氨酸侧链有明显的偏好。大多数MPD结合位点涉及螺旋或β-片结构中的氨基酸残基。MPD与蛋白质的结合是渗透性的，导致蛋白质表面凹槽和空腔（有时是配体结合和活性位点）中的水分子移位。这导致溶剂可及面积大幅减少，这可能对蛋白质稳定性有重大影响。蛋白质对MPD分子的包装并不理想，通常一些其他溶剂分子也与之结合。我们的分析表明，MPD并不像通常所说的那样是一种强变性剂。它通过优先水合作用促进蛋白质的稳定，MPD分子附着在疏水表面有助于水合作用。
