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生物学
第75卷| 第12部分
国际标准编号：2059-7983

2019年12月发行

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封面插图：的结构棒状链霉菌哌啶-6-羧酸脱氢酶与NAD+绑定[哈斯等。(2019),《水晶学报》。D类75, 1107-1118]. 这种酶在生产[测试版]-内酰胺类抗生素是临床上最重要的一类抗生素。酶二聚体的整体结构如图所示，NAD-结合结构域为绿色，催化结构域为青色，二聚结构域为洋红。北美+被描述为黄色棒状模型。

CCP4型

《水晶学报》。(2019).D类75,1040-1050
https://doi.org/10.107/S2059798319010179
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非四面体孪生：从矿物到蛋白质

M.Sevvana先生,M.鲁夫,I.乌森,G.M.谢尔德里克和R.赫伯斯特·伊尔默
文中列举了从矿物到蛋白质的非merohedral双胞胎成功的数据处理、阶段化和精细化策略的例子。
CCDC参考资料:1940918;1940919;1940920;1940921;1940922;1940923;1940924;1940925
PDB参考:胰岛素，6或0;葡萄糖异构酶，6oqz
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《水晶学报》。(2019).D类75,1051-1062
https://doi.org/10.107/S2059798319013962
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利用数据库中的结构预测进行分子替换

A.J.辛普金,J.M.H.托马斯,F.辛科维奇,R.M.基根和D.J.里格登
预测从头算来自在线数据库的蛋白质模型是PDB分子替换的有用补充，但通常需要非平凡的处理才能成功。
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《水晶学报》。(2019).D类75,1063-1070
https://doi.org/10.107/S2059798319014372
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一种简单的超声冷冻电镜样品制备装置

J.L.鲁宾斯坦,H.郭,Z.A.里普斯坦,A.海达罗格鲁,A.金,叶昌明,J.M.Di Trani先生,S.Benlekbir公司和郭台铭
提出了一种用现成组件构成的装置制备高速低体积低温电子显微镜样品的方法。
EMDB参考:脱铁蛋白，EMD-20837
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研究论文

《水晶学报》。(2019).D类75,1071-1083
https://doi.org/10.107/S2059798319013500
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人血浆糖蛋白afamin中的受控脱水、结构柔韧性和钆MRI对比剂结合

A.纳希伯格,P.朱尤克斯,J.von Velsen先生,B.卢比和M.W.鲍勒
控制性脱水实验揭示了阿法明的一种新的结晶形式，阿法明是一种人体血浆糖蛋白和疏水分子的转运蛋白。这一比较显示了巨大的分子可塑性，并增强了检查多种晶体形式和完善多种模型的必要性，同时，新结构警告人们不要将PEG晶体中的脂肪酸配体密度解释为主要沉淀剂。一个同构的低分辨率结构模型表明，阿法明能够运输一种磁共振成像化合物钆替啶（Gd-DO3A）。
PDB参考:阿法明，6fak;含Gd-DO3A，6rq7的络合物
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《水晶学报》。(2019).D类75,1084-1095
https://doi.org/10.107/S205979831901475
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使用反常散射识别动态的部分占据的残留物

S.罗奇奥,R.杜曼,K.El Omari公司,V.Mykhaylyk公司,C.奥尔,Z.Yan先生,鲑鱼,瓦格纳,J.C.A.巴德威尔和S.霍洛维茨
使用结晶学对部分占据的异质蛋白质系统进行结构研究是困难的。这里介绍了检测晶体中这些状态的方法。
PDB参考:Spy H96L，与L18pI-Phe Im7肽复合物，6owx;与K20pI-Phe-Im7肽的复合物，6owy;含L19pI-Phe-Im7肽的复合物，6owz
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《水晶学报》。(2019).D类75,1096-1106
https://doi.org/10.107/S2059798319014608
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亚ngström分辨率下绿色荧光蛋白氢同位素效应的X射线晶体学研究

Y.Tai先生,K.塔卡巴,Y.Hanazono公司,H.-A.道,K.米奇和K.武田
为了比较质子化状态，特别是发色团周围质子化的状态，在亚ngström分辨率下对绿色荧光蛋白的氘化和蛋白质样品进行了X射线晶体学分析。
PDB参考:S65T/F99S/M153T/V163A绿色荧光蛋白变体，全氘化，pD 8.5，6kkz;全氘代，pD 7.0，6kl0;非中和，pD 8.5，6kl1
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《水晶学报》。(2019).D类75,1107-1118
https://doi.org/10.107/S2059798319014852
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哌啶-6-羧酸脱氢酶的结构与机理棒状链霉菌

D.哈斯,J·Hülsemann,G.H.卡尔森,K.Valegárd公司和I.安德森
哌啶-6-羧酸脱氢酶的高分辨率晶体结构棒状链霉菌以载脂蛋白形式并与辅因子NAD复合+，描述了产物α-氨基己二酸和底物类似物吡啶酸。所提供的数据为配体结合和催化提供了见解。
PDB参考:哌啶-6-羧酸脱氢酶，apo，6rtr;与NAD复合，6rts;吡啶甲酸配合物，6rtt;α-氨基己二酸6rtu配合物
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《水晶学报》。(2019).D类75,1119-1128
https://doi.org/10.107/S2059798319014918
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自动晶体学建模管道的比较

E.阿尔哈比,P.S.债券,R.卡利内斯库和K.Cowtan公司
四种蛋白质建模管道的比较(ARP协议/弯曲,海盗,PHENIX汽车制造和搁架)使用202个实验阶段案例中的数据集执行，这些数据都是观察到的，并且被截断以模拟较低的分辨率。
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《水晶学报》。(2019).D类75,1129-1137
https://doi.org/10.107/S2059798319015079
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氨基糖苷-2′′-磷酸转移酶核苷酸水解机制多样性的结构基础

C.A.史密斯,M.托斯,N.K.斯图尔特,L.马尔茨和S.B.瓦库连科
三元GDP-卡那霉素-氨基糖苷-2〃′-磷酸转移酶IIIa复合物的结构结构显示出对GTP水解无调节。
PDB参考:APH（2′′）-IIIa的GDP和卡那霉素复合物，6ctz
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《水晶学报》。(2019).D类75,1138-1147
https://doi.org/10.107/S2059798319013597
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GH6的晶体结构Orpinomyces属具有外活性和内活性的sp.Y102 CelC7酶及其与纤维二糖的复合物

H.-C.黄,L.-H Qi先生,Y.-C.陈和L.-C.蔡
GH6的晶体结构和酶学性质Orpinomyces属sp.Y102 CelC7酶表明，该酶可能以与纤维二水解酶和内切葡聚糖酶相同的方式进行酶水解。
PDB参考:奥普细胞C7，5jx5;纤维二糖复合物，6idw
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