1.简介
20世纪80年代,雅克·杜博切特(Jacques Dubochet)及其同事建立了蛋白质溶液薄膜的玻璃化和成像电子显微镜(杜博切特等。, 1988). Dubochet的方法仍然是低温电子显微镜的标准方法,需要将几微升的蛋白质溶液涂敷在涂有碳膜或金膜的电子显微镜支撑格栅上,该薄膜上有许多微米级的孔。然后用滤纸吸走大部分溶液,留下约500–1000 一种厚厚的水膜,通过放入制冷剂浴中迅速冻结。尽管取得了巨大的成功,但这种方法仍有几个缺点。首先,这个过程非常浪费。例如,使用1 需要~3的MDa蛋白复合物 ~3时的样品ml 毫克 毫升−1图像中粒子的最佳密度(Rubinstein等。, 2003),所用溶液含有~9×10−6 g由~5×10组成的蛋白质12分子。如果吸墨纸形成1000 覆盖3层的厚膜 直径为mm的格栅,仅~2×10−9 g蛋白质或~1×109分子仍然存在,这意味着实验中使用的材料损失了99.98%。目前,典型的分析可能包括~106分子,相当于所用样品的~0.00002%。其次,用滤纸吸干样本的过程通常需要几秒钟。在此期间,样品的表面积与体积之比急剧增加,允许蛋白质与空气-水界面相互作用,从而导致优先取向或变性样品(Glaeser等。, 2016; D'Impima公司等。, 2019; 诺布尔,丹迪等。, 2018; Noble,魏等。, 2018). 印迹过程的速度较慢也使用于样本时间分辨可视化的实验设计复杂化。
已经描述了几种最新的方法来规避样本制备中吸墨法的部分或全部限制。时间分辨EM实验已经用压力驱动微流体(Feng等。, 2017; 卡莱洪卡尔等。, 2018)和电压辅助(Kontziampasis等。, 2019)喷洒装置。已经通过使用微毛细管施加小体积的样品溶液来解决样品损失问题,cryoWriter设备能够施加小于5 样本nl到传统EM网格(凯默林等。,2013年; 阿诺德等。, 2016, 2017; 施密德利等。, 2019). 这种方法使人类20S蛋白酶体结构的测定达到了~3.5 从1隔离后的分辨率 微升培养的人类细胞(Schmidli等。, 2019). 另一个最近描述的设备使用一个特制的压电换能器将样品应用于低温电磁网格,该换能器设计用于通过产生驻波(Ashtiani等。, 2018). NIH国家自动分子显微镜资源中心(Jain等。, 2012; 丹迪等。, 2018). Spotiton设备使用一个压电换能器耦合到一个微毛细管上,类似于喷墨打印机,将数十微微立方体的液滴流施加到电磁网格上。该小组最近的一项突破是开发了“自吸”电磁网格,大大提高了冰膜的质量(Wei等。, 2018; 拉津科夫等。, 2016). 这些网格是通过在碱性pH下用过硫酸铵溶液处理铜-铑EM网格来生产的,这会导致Cu(OH)的生长2网格铜表面上的纳米线。纳米线的作用是从网格中去除多余的液体,类似于吸墨纸,但规模较小,速度更快。不幸的是,纳米线的生长过程破坏了已经覆盖有多孔碳或金膜的商用样品网格。然而,使用微接触印刷方法,可以很容易地用规则排列的孔生产塑料薄膜(切斯特等。, 2007; 马尔等。, 2014). 这些薄膜可以沉积在自吸网格上,然后涂上碳或金(Meyerson等。, 2014; Russo&Passmore,2014年). Spotiton设备允许快速制备样本,大大减少了所需的样本量,原则上允许进行时间分辨实验。
上述方法的几个方面需要对机械和光学组件进行精确的工程设计,这使得不专门从事仪器设计的实验室的建设变得复杂。在这里,我们提出了一种简单而廉价的低温电子显微镜样品制备装置,将样品作为水滴应用于自吸芯电子显微镜格栅,水滴由现成的超声波加湿器改装而成。该设备具有几个优点,包括快速制备样品、低样品消耗和执行时间分辨实验的能力。最重要的是,该设备可以很容易地适用于特定应用实验的设计。为了方便这个角色,我们用标准组件构建了这个设备,并用一台运行Python程序的廉价Raspberry Pi单板计算机控制它。所有定制零件的设计都以开源文件的形式提供,零件可以通过在线3D打印、CNC铣削和印刷电路板制造服务进行制造,即使实验室没有技术车间。这种设计理念将允许其他研究小组将该设备用于其他应用。由于使用了压电换能器来产生样品液滴,并且为了向率先使用自吸网格的Spotiton仪器致敬,我们将我们的设备命名为Shake-it-off或SIO。
4.讨论
在这里,我们已经表明,一个简单的设备结合了3D打印和CNC铣削零件、印刷电路板和廉价的消费类组件,能够生产出适合于高分辨率低温电子显微镜分析的样品,样品的含量为~100 毫秒时间分辨率。这种时间分辨率可以进行简单的混合和冷冻实验,例如,放置两个分开的~500 nl压电换能器上的反应物滴,而不是单个~1 ml滴。设备的3D打印和CNC铣削部件的所有设计,以及印刷电路板和Python仪器控制软件的设计文件,均可在https://github.com/johnrubinstein网站通过这些设计,对技术车间和设备访问有限的科学家可以通过使用互联网上访问的服务轻松构建自己的设备。
这种开源设计的目的是,SIO设备可以轻松定制和修改,以用于特殊应用。设备的各种组件也可能需要改进。例如,该装置的第二个版本已经计划好,通过使用xyz公司定位阶段。此外,该设备的一个简单吸墨纸版本也正在构建中,它将以较小的成本提供商用网格冻结设备(如Vitrobot、Gatan CP3和Leica EM GP)的优势,并具有各种所需的定制功能。这里描述的仪器通过从样品中产生气溶胶来工作。因此,在处理气溶胶可能对健康造成潜在危害的样品时,如处理某些病毒、毒素或朊病毒蛋白时,不应使用。
致谢
我们感谢Hui Wei、Venkat Dandey、Clint Potter和Bridget Carragher就自吸式格栅和Spotiton设备进行的有益对话,以及Luca Rima和Thomas Braun就冷冻书写器设备进行的有用对话。JLR感谢Jianhua Zhao、Anna Zhou和Daniel Schep赠送了一台Raspberry Pi电脑,该电脑启动了该项目。这项工作于2019年4月29日至5月1日在CCP-EM春季研讨会上发表,手稿的预印本于2019年5月9日提交给bioRxiv。在加拿大创新基金会和安大略省研究基金会的支持下,多伦多高分辨率高通量低温电子显微镜设施收集了高分辨率数据。作者的贡献如下。JLR构思了该项目,设计并建造了大部分设备,编写了软件,测试了设备,并编写了手稿。HG通过低温电子显微镜对大多数标本进行了成像,对设备的改进提出了许多建议,并计算了3D地图。ZAR测试了该设备,提出了改进建议,并计算了3D地图。AH建议改进电子设备并设计印刷电路板。AA和CMY提出了设计方面的建议,制造了用于喷涂过程光学特性描述的组件,此处未作描述,并指导了电子设备的初始设计。JMDT重新设计了一些3D打印组件。SB协助收集Titan Krios的数据。TK提供了设计建议,并执行了几个车间步骤。
资金筹措信息
HG获得了安大略研究生奖学金和多伦多大学卓越奖。ZAR得到了加拿大卫生研究院博士研究奖的支持。JMDT得到了病童医院博士后奖学金的支持。这项工作得到了向JLR提供的自然科学和工程委员会发现拨款的支持。JLR得到了加拿大研究椅计划的支持。
工具书类
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| 结构 生物学 |
国际标准编号:2059-7983
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