（IUCr）结晶学报第D节第71卷第11部分，2015年11月

《水晶学报》。(2015).D类71,2150-2157
https://doi.org/10.107/S139900471501528X

用于细化低分辨率X射线结构的可变形复杂网络

C.张,Q.王和J.马

为了帮助大分子X射线晶体学中的结构精细化，开发了一种新的精细化算法，称为可变形复杂网络，该算法将基于角度网络的新型约束与目标函数中的可变形弹性网络模型相结合。

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一种氧调节二胍酸环化酶的结构分析

M.塔尔纳夫斯基,T.R.M.巴伦兹和一、施利钦

DosC是一种氧依赖性二鸟苷酸环化酶，可合成细菌第二信使环状二GMP。基于传感球蛋白结构域、连接中间结构域和催化环化酶结构域的高分辨率结构组装，描述了二聚体全蛋白模型，并提出了其调控假设。

PDB参考:DosC的GCS域，形式I（铁），4zva;形态II（亚铁），4zvb;DosC的MID域，形式I，4zvc;形式II，4zvd;DosC的GGDEF域，形式I（apo形式），4zve;形式II（GTPαS-bound），4zvf;形式III，4zvg;表格IV，4zvh

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酵母过氧化物酶体Δ的结构³，Δ²-烯基CoA异构酶与酰基CoA底物类似物络合：氢键网络对催化碱和氧阴离子空穴反应性的重要性

G.U.Onwukwe公司,M.K.Koski先生,P.皮科,W.施密茨和R.K.维伦加

酵母Δ野生型和突变型变体的结构和酶学结合及稳定性研究³,Δ²-烯基-CoA异构酶是巴豆糖酶超家族的一员，它证明并合理化了螺旋10和Arg100对该酶催化效率的重要性。

PDB参考:酵母Δ³,Δ²-烯醇-CoA异构酶，与乙酰乙酰-CoA络合物，4zdb;辛醇-CoA络合物，4zdc;与硫酸根离子结合，4zdd;F268A突变体，4zde;螺旋10缺失突变体4zdf

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蛋白质中氨基酸有序水合的结构：晶体结构分析

L.Biedermannová和B.施耐德

蛋白质晶体结构的水合作用在单个氨基酸水平上进行了研究。确定了水分子数量及其首选空间定位与各种参数的依赖关系，如溶剂可及性、二级结构和侧链构象。

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慢光循环和晚期质子释放的结构基础髋臼虫属海洋植物中的视紫红质I髋臼髋臼

M.弗鲁斯,J.塔莫加米,T.细坂,T.基库卡瓦,N.Shinya公司,M.Hato先生,北大泽,S.Y.Kim先生,K.-H.荣格,M.德穆拉,宫崎骏,N.卡莫,K.下野,T.Kimura-Someya公司,横山由纪夫和M.Shirouzu先生

的三种晶体结构髋臼虫属视紫红质I（ARI）蛋白A.髋臼三种不同的pH值分别为1.57、1.52和1.80 奥分辨率。根据这些结构及其光化学性质，讨论了ARI的光循环机制，ARI的光环比细菌视紫红质慢。

PDB参考:髋臼虫属视紫红质I，pH 6.5，5awz;pH值7.0，5ax0;pH值8.0，5ax1

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蛋白质晶体学中单位细胞参数的准确性

Z.道特和A.瓦洛达尔

空间组中出现的大量PDB沉积P（P）1但在实际中，为了评估大分子晶体单位-细胞参数的准确性，对具有较高对称性的晶体进行了分析。

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通过单基因或基因组ORF筛选选择可溶性/可折叠蛋白结构域：类鼻疽伯克霍尔德菌抗原BPSL2063

L.J.古雷,C.皮亚诺,C.迪安托尼奥,佩莱蒂（L.Perletti）,A.彼得雷利,R.别墅,E.马特拉佐,拉索（P.Lassaux）,C.桑托罗,S.普契奥,D.斯布拉特罗和博洛涅西

的保守结构域的晶体结构假鼻疽杆菌抗原BPSL2063是一种结构疫苗靶点，报道了基于单个基因和基因组DNA规模的ORF过滤文库的生成，作为识别折叠蛋白片段的工具，以支持其以可溶性形式生成，用于下游结构/生物化学研究。

PDB参考:BPSL2063的残留物657–992，4usx

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超氧化物还原酶来自肠贾第鞭毛虫：真核生物第一个SOR的结构特征表明其铁中心对光还原反应高度敏感

C.M.Sousa先生,P.卡彭蒂尔,P.M.马蒂亚斯,F.试验,F.平和,P.萨尔蒂,A.朱夫雷,T.M.班德拉和C.V.Romáo公司

真核生物超氧化物还原酶的第一个结构，肠杆菌，在2.0中描述奥分辨率。数据表明，铁中心还原后缺乏氧化还原相关的结构变化，蛋白质N末端环的灵活性高，结晶蛋白质对辐射损伤的敏感性高。

PDB参考:超氧化物还原酶，4d7p

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一些保守水分子在人转甲状腺素结构和功能中的推测作用

A.班纳吉,S.Dasgupta公司,B.P.穆霍帕迪亚和K.塞卡尔

对人类转甲状腺素中保守水分子的位置、缺失、网络和相互作用的系统研究可能会对蛋白质的各种结构和功能方面有所帮助。除此之外，本研究还为蛋白质分子的水介导结构和稳定性提供了一些合理的线索。

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AadA的结构肠道沙门菌：单体氨基糖苷（3′′）（9）腺苷转移酶

Y.Chen先生,J·纳斯瓦尔,吴圣美（S.Wu）,D.I.安德松和M.塞尔默

本文报道了氨基糖苷腺苷化酶AadA的晶体结构，并通过功能实验对其寡聚状态、配体结合和催化作用进行了研究。

PDB参考:AadA，4cs6

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GemC1卷曲线圈的结构及其与Geminin家族卷曲线圈蛋白的相互作用

C.Caillat公司,A.鱼类,D.-E.佩法尼,S.塔拉维拉斯,Z.Lygerou先生和A.佩拉基斯

GemC1线圈结构与其同源物Geminin和Idas相比有细微差异。细胞共表达实验和Geminin家族螺旋线圈的生物物理稳定性分析表明，仅GemC1螺旋线圈是不稳定的。

PDB参考:GEMC1线圈域，5c9n

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MATE转运体的晶体学研究是低分辨率、各向异性数据和晶体孪晶结构测定中的一个难题

J.赛默斯基,Y.Guo先生,J.Wang（王）和陆兆禧（M.Lu）

报道了一种MATE多药转运体的结构测定，但由于数据质量差和晶体孪生，这一方法受到了阻碍。从这项工作中吸取的教训可能对分析具有类似问题的X射线数据很有价值。

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邻氨基苯甲酸合酶复合物亚基I的结构和抑制结核分枝杆菌活性复合物的表达

G.巴西里,J.M.约翰斯顿,G.L.埃文斯,E.M.M.布洛赫,D.C.戈德斯通,E.N.M.吉吉斯,S.Kleinboelting公司,A.卡斯特尔,R.J.拉姆齐,A.马诺斯·特维,R.J.佩恩,J.S.洛特和E.N.贝克

邻氨基苯甲酸合成酶（AS）复合物结核分枝杆菌表达并求解了其主要亚基的晶体结构。抑制研究表明，抑制剂可以被设计成同时抑制AS和其他分支利用酶。

PDB参考:邻氨基苯甲酸合酶亚基I，5cwa

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所有四种血清型NS5蛋白的结构洞察和灵活特征登革热病毒溶液中

W.G.锯,G.Tria公司,A.格里伯,M.S.Subramanian马尼梅卡莱,Y.Zhao先生,A.Chandramohan,G.斯里尼瓦桑·阿南德,松井T,T·M·维斯,S.G.Vasudevan公司和G.Grüber公司

这个登革热病毒来自所有四种血清型的NS5蛋白在溶液中都是细长且有弹性的，而DENV-4 NS5蛋白比其他血清型更致密。甲基转移酶结构域和十残留连接子有助于提高灵活性，并位于溶液中RNA依赖RNA聚合酶结构域的顶部。

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网格和集合：同步加速器大分子晶体学束线的自动多晶体数据收集工作流程

U.Zander公司,G.布伦科夫,A.N.波波夫,D.de Sanctis公司,O.斯文森,A.A.麦卡锡,E.圆形,V.戈德利,C.米勒-迪克曼和G.A.伦纳德

本文介绍了从包含在同一载体上的生物大分子的一系列冷冻晶体中全自动收集和合并部分数据集，以及在各种系统上进行的测试实验的结果。

PDB参考:嗜热菌蛋白酶，5a3y;溶菌酶，5a3z;细菌视紫红质，5a44;5a45年;索默丁，5a47

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来自鸡胚CAM质粒的3,6-二酮环丙烷单加氧酶的氧化成分恶臭假单胞菌：II型Baeyer–Villiger单加氧酶的第一个晶体结构

M.N.Isupov先生,E.施罗德,R.P.吉布森,J.比彻,G.多纳迪奥,V.萨内伊,S.A.Dcunha公司,E.J.McChie（E.J.麦琪）,C.塞耶,C.F.达文波特,P.C.刘,Y.长谷川,H.岩崎,M.卡多,K.巴尔克,U.T.Bornscheuer公司,G.布伦科夫和J.A.小男孩

II型Baeyer–Villiger单加氧酶的第一个晶体结构显示其FMN辅因子与其他相关的细菌荧光素酶家族酶相比具有不同的环取向。

PDB参考:II型Baeyer–Villiger单加氧酶，载脂蛋白，5aec;FMN复合体，4uwm

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人类IgG1与FcγRI相互作用的结构观察：聚糖在结合中没有直接作用

V.奥加内西（Oganesyan）,Y.Mazor公司,C.杨,K.E.库克,R.M.伍兹,A.弗格森,博文硕士,T.马丁,朱军（J.Zhu）,H.Wu先生和W.F.Dall’Acquia公司

为了确定IgG1 Fc与FcγRI高亲和力相互作用的关键结构特征，以2.4的分辨率求解了相应络合物的结构 Å。

PDB参考:IgG1 Fc–FcγRI ECD复合物，4zne

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生物学历史与哲学

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研究论文

用于细化低分辨率X射线结构的可变形复杂网络

一种氧调节二胍酸环化酶的结构分析

酵母过氧化物酶体Δ的结构³，Δ²-烯基CoA异构酶与酰基CoA底物类似物络合：氢键网络对催化碱和氧阴离子空穴反应性的重要性

蛋白质中氨基酸有序水合的结构：晶体结构分析

慢光循环和晚期质子释放的结构基础髋臼虫属海洋植物中的视紫红质I髋臼髋臼

蛋白质晶体学中单位细胞参数的准确性

通过单基因或基因组ORF筛选选择可溶性/可折叠蛋白结构域：类鼻疽伯克霍尔德菌抗原BPSL2063

超氧化物还原酶来自肠贾第鞭毛虫：真核生物第一个SOR的结构特征表明其铁中心对光还原反应高度敏感

一些保守水分子在人转甲状腺素结构和功能中的推测作用

AadA的结构肠道沙门菌：单体氨基糖苷（3′′）（9）腺苷转移酶

GemC1卷曲线圈的结构及其与Geminin家族卷曲线圈蛋白的相互作用

MATE转运体的晶体学研究是低分辨率、各向异性数据和晶体孪晶结构测定中的一个难题

邻氨基苯甲酸合酶复合物亚基I的结构和抑制结核分枝杆菌活性复合物的表达

所有四种血清型NS5蛋白的结构洞察和灵活特征登革热病毒溶液中

网格和集合：同步加速器大分子晶体学束线的自动多晶体数据收集工作流程

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