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CNV-序列

swMATH ID: 17970
软件作者： C.Xie、M.T.Tammi
描述： CNV-seq：一种利用高通量测序检测拷贝数变化的新方法。背景：DNA拷贝数变异（CNV）已被公认为遗传变异的重要来源。阵列比较基因组杂交（aCGH）通常用于CNV检测，但微阵列平台有一些固有的局限性。结果：在这里，我们描述了一种使用鸟枪测序（CNV-seq）检测拷贝数变化的方法。该方法基于一个稳健的统计模型，该模型描述了完整的分析过程，并允许计算CNV检测的基本置信值。我们的结果表明，读取次数而不是读取长度是决定检测分辨率的关键因素。这有利于快速产生大量短读的下一代测序方法。结论：覆盖率在0.1×-8×之间的各种测序方法的模拟显示总体特异性在91.7～99.9之间
主页： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-10-80
相关软件： rSW序列;读取深度;R（右）;平方英尺;SeqBBS系列;PICNIC公司;DNA副本;生物HMM;ExomeCNV公司;DEseq公司;边缘R;生物导体;seqCBS公司;线索;PennCNV公司;CARAT公司;布拉特
引用于： 9文件
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24位作者引用

4 陈杰
1 安玲玲
1 坎贝尔，P.J。
1 库克，S.L。
1 纳桑·达纳克·奥卢
1 方志德
1 Chris D.Greenman。
1 哈斯，Stefan A。
1 季铁明
1 维拉·卡尔谢尔
1 Lee，Jaeeun先生
1 李华
1 爱你，迈克尔一世。
1 赛义德·埃米尔·马列克普尔
1 阿莱娜，我的什切科娃
1 哈米德·佩泽什克
1 梅迪·萨德吉
1 Shen，Jeremy J。
1 斯特拉顿，M.R。
1 太阳，鲁平
1 马丁·文格伦
1 杨胜平
1 艾登·伊特
1 张南希·若南

5篇连载文章中引用

三 遗传学和分子生物学中的统计应用
2 应用统计学杂志
1 数学生物学杂志
1 数学生物科学
1 应用统计学年鉴

在3个字段中引用

7 生物学和其他自然科学（92-XX）
6 统计学（62-XX）
2 概率论与随机过程（60-XX）

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