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PICNIC公司

swMATH ID: 20386
软件作者： Greenman CD、Bignell G、Butler A、Edkins S、Hinton J、Beare D、Swamy S、Santarius T、Chen L、Widaa S、Futreal PA、Stratton MR
描述： PICNIC：利用微阵列癌症数据预测绝对等位基因拷贝数变化的算法。高通量寡核苷酸微阵列通常用于研究基因疾病，包括癌症。用于提取通常与遗传病相关的二倍体基因组的基因型和拷贝数变异函数的算法。然而，癌症基因组本质上是非整倍体，在使用这些技术时会导致系统错误。我们介绍了一种针对癌症的预处理变换和隐马尔可夫模型算法。这就产生了基因型分类、杂合性缺失区域的规范和绝对等位基因拷贝数分割。结合独立的实验技术，证明了准确的预测。这些方法以755个癌细胞株的affymetrix全基因组SNP6.0数据为例，可以推断出一些生物学特性。这些数据和编码算法可免费下载。
主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2800165/
相关软件： 血浆;R（右）;CARAT公司;基因SNP;BRLMM公司;寡聚物;DESeq2公司;群集验证;Repitools公司;生物导体;PennCNV公司;CNV-序列;生物HMM;闪光HMM;老虎扫描;aroma.afmetrix公司;昂飞
引用于： 5文件

标准条款

1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份
PICNIC：利用微阵列癌症数据预测绝对等位基因拷贝数变化的算法。 Zbl 1437.62475号
Chris D.Greenman。;格雷厄姆·比格内尔;亚当·巴特勒;莎拉·埃德金斯;乔恩·辛顿
2010
全部的 前5名

19位作者引用

2 Chris D.Greenman。
1 格雷厄姆·比格内尔
1 坎贝尔，P.J。
1 程晓星
1 奥赞·西纳
1 库克，S.L。
1 邓明华
1 莎拉·埃德金斯
1 乔恩·辛顿
1 克里斯托弗·霍姆斯。
1 伊尔克，奥兹勒姆
1 伊伊贡、杰姆
1 康永坚
1 钱敏平
1 曲江汉
1 斯特拉顿，M.R。
1 万，林
1 王，权
1 克里斯托弗·尤

5篇连载文章中引用

1 数学生物学杂志
1 统计学中的传播。模拟和计算
1 生物统计学
1 中国数学前沿
1 应用统计学年鉴

在4个字段中引用

4 统计学（62-XX）
2 生物学和其他自然科学（92-XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 计算机科学（68至XX）

按年份列出的引文