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边缘R

swMATH ID: 6936
软件作者： 马克·D·罗宾逊；戴维斯·麦卡锡（Davis J.McCarthy）；戈登·斯迈思
描述： edgeR：用于数字基因表达数据差异表达分析的Bioconder软件包。预计在不久的将来，新兴的数字基因表达（DGE）技术将在许多功能基因组学应用中取代微阵列技术。一项基本的数据分析任务，尤其是基因表达研究，涉及确定是否有证据表明转录物或外显子的计数在不同的实验条件下显著不同。edgeR是一个生物导体软件包，用于检查复制计数数据的差异表达。过度分散的泊松模型用于解释生物和技术变异性。经验贝叶斯方法用于调节转录本之间的过度分散程度，提高推断的可靠性。只要复制至少一种表型或实验条件，即使复制水平最低，也可以使用该方法。除测序数据外，该软件还可能具有其他应用，如蛋白质组肽计数数据。
主页： http://www.bioconductor.org/
关键词： 生物信息学
相关软件： 生物导体；DEseq公司；对；DESeq2公司；Voom公司；利马；KEGG公司；BaySeq公司；顶帽；全球气候变化评估；DEGseq公司；RSEM（RSEM）；EB序列；ggplot2；CRAN（起重机）；STAR公司；HT序列；MIMIX公司；记录仪；收缩贝叶斯
引用于： 65文件
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231位作者引用

4 丹·奈特尔顿
三 刘鹏
三 戈登·史密斯（Gordon K。Smyth）。
三 丹妮拉·维滕（Daniela M.Witten）。
2 桑德琳·杜多特
2 瑞安·吉尔。
2 Lee，Juhee先生
2 李洪哲
2 艾伦·T·L·伦。
2 罗宾（Stéphane Robin）
2 马克·罗宾逊。
2 赵宏宇
2 赵思海戴夫
1 德拉加纳·艾季奇
1 阿卡林，阿尔图纳
1 沃伦·亚历山大。
1 阿兰塞（Ana M.Aransay）。
1 塞尔吉奥·巴卡拉多
1 乌迪卡·班达拉
1 尼科·比伦文克尔
1 蒂姆·贝·巴思
1 毕，冉
1 彼得·约翰·比克尔
1 威廉·比斯卡里
1 朱迪思·波尔（Judith M.Boer）。
1 内森·博利
1 伊丽莎白·博纳菲德
1 詹姆斯·本特利·布朗
1 吉勒斯·塞勒克斯
1 陈，艾琳A。
1 陈梦洁
1 陈娜美
1 陈云顺
1 程瑞华
1 布洛克·C·克里斯滕森。
1 钟东军
1 Bertrand S.克拉克。
1 克拉克、詹妮弗·林恩
1 艾丽斯·克莱恩
1 莱昂纳多·科拉多·托雷斯
1 海伦娜·克劳尔。
1 崔世奇
1 Siamak Zamani Dadaneh
1 索姆纳特·达塔
1 苏西米塔·达塔
1 肖恩·戴维斯。
1 德梅内泽斯（de Menezes），雷内·克斯曼（Reneée X）。
1 阿尔贝托·桑托斯·德尔加多
1 西蒙·迪迈尔
1 阿德里安·多布拉
1 杜若菲
1 巴巴拉·恩格哈特（Barbara E.Engelhardt）。
1 阿丹德·贝尔曼（AdandéBelarmain）范多汉（Fandohan）
1 方志德
1 斯特凡诺·法瓦罗
1 冯、戴
1 Marco A.R.费雷拉。
1 佛兰德·弗兰克
1 艾莉莎·弗雷泽（Alyssa C.Frazee）。
1 Angga M.福迪。
1 梅利娜·加洛平
1 拉德·加拉贝赫（Raad Z.Gharaibeh）。
1 德巴希·戈什
1 桑托什·吉里拉扬
1 瓦维奥·班比拉（Flávio Bambirra）的贡萨尔维斯（Gonçalves）
1 杰纳迪·戈林
1 古哈、苏巴鲁
1 斯特凡·哈斯（Stefan A.Haas）。
1 迈克尔·哈肯伯格
1 Kasper D.Hansen。
1 何燕怡
1 安妮·G·霍恩。
1 苏珊·福尔摩斯。
1 Jeanine J.Houwing-Disitermaat。
1 许文平
1 胡一娟
1 胡宗良
1 黄海燕
1 黄新恩
1 黄丽君
1 柯蒂斯·赫滕豪威尔
1 约瑟夫·乔治·易卜拉欣
1 拉斐尔·伊里扎里。
1 安德鲁·杰菲（Andrew E.Jaffe）。
1 佛罗伦萨贾夫雷齐克
1 普拉塞帕·杰加纳坦
1 郑成文
1 丹尼尔·杰斯克（Daniel R.Jeske）。
1 季铁明
1 姜慧
1 姜若兰
1 克里斯蒂安·乔宾
1 Johnson，玛拉
1 克劳斯·荣格
1 罗曼·格莱莱·卡凯
1 维拉·卡尔谢尔
1 玛格丽特·卡拉加斯。
1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。
1 Sunduz Keles公司
1 Kiełbasa，Szymon M。
…还有131位作者
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24篇连载文章中引用

15 应用统计学年鉴
11 遗传学和分子生物学中的统计应用
5 农业、生物和环境统计杂志
4 美国统计协会杂志
4 分子生物学方法
三 生物计量学
2 生物医学杂志
2 贝叶斯分析
1 斯堪的纳维亚统计杂志
1 数学生物学通报
1 统计与概率信件
1 中国统计局
1 应用统计学杂志
1 生物统计学
1 统计建模
1 统计方法与应用
1 韩国统计学会杂志
1 医学中的计算和数学方法
1 电子统计杂志
1 概率统计杂志
1 理论生物学杂志
1 ICSA统计丛书
1 概率与统计科学的前沿
1 查普曼和霍尔/CRC计算生物学系列
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在6个字段中引用

54 统计学（62-XX）
38 生物学和其他自然科学（92-XX）
三 总体主题；集合（00-XX）
2 数值分析（65-XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 计算机科学（68至XX）

按年份列出的引文