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生物学

第78卷| 第11部分

国际标准编号：2059-7983

2022年11月发布

突出显示的插图

封面插图：光合甘油醛3-磷酸脱氢酶（GAPDH），一种卡尔文-本森循环中的关键酶[马洛塔等。(2022),《水晶学报》。D类78, 1399–1411]GAPDH低聚物低温电子显微镜密度图，符合从氧化A晶体结构导出的模型₂B类₂与NADP络合⁺如图所示。这个13 分辨率A₁₀B类₁₀地图是a的五边形₂B类₂四聚体C类5个对称和一个中心5531 Å²宽的海星状空腔。

CCP4型

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验证：使用增强的预测模型进行无模型阶段化ARCIMBOLDO_螺纹

A.麦地那,E.吉梅内斯,I.卡巴列罗,A.卡斯特尔维,特里维诺山谷,M.阿尔科洛,R.莫利纳,J.A.赫莫索,桑米托医学博士,R.博尔赫斯和I.乌森

使用预测模型的准确性AlphaFold公司和罗斯塔福尔德通过分子替换简化了相位调整，并提出了模型偏差问题。ARCIMBOLDO_螺纹通过引入相位解决方案的系统、局部验证，解决结构问题，同时在晶体学测定中建立实验信息。

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退出不确定性隧道：从水晶浸泡到验证命中

M.P.马丁和M.E.M.诺贝尔

简要概述了药物发现的hit-identification/validation阶段使用的技术，强调了正交测量和三角测量在早期晶体学hit validation中的重要性。

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放AlphaFold公司要使用的模型phenix.process_predicted_model模型和ISOLDE公司

R.D.Oeffner先生,T.I.克罗尔,C.密兰,潘宝坤,C.J.施利克苏普,R.J.里德和T.C.特威利格

菲尼克斯进程预测模型和ISOLDE公司提供无缝集成AlphaFold公司-预测模型到蛋白质结构解决工作流中。

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研究论文

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圆形方法提供了对生物分子小角度散射数据再现性的详细评估，并产生了基准一致性曲线

小角X射线散射（SAXS）和小角中子散射（SANS）使用12个SAXS和4个SANS仪器对溶液中的5种标准蛋白质进行测量，证明了重复性，并得出一致的散射曲线，这为评估从原子坐标进行散射预测的方法提供了基础基准集。

SASBDB参考:SAXS数据：核糖核酸酶A，SASDPP4;尿酸氧化酶，SASDPQ4;木糖异构酶;木聚糖酶，SASDPS4;溶菌酶，SASDPT4;SANS数据：D中的核糖核酸酶A₂O缓冲器，SASDPU4;D溶菌酶₂O缓冲器，SASDPV4;D中的木聚糖酶₂O缓冲器，SASDPW4;尿酸氧化酶₂O缓冲器，SASDPX4;D中的木糖异构酶₂O缓冲器，SASDPY4;H中的溶菌酶₂O缓冲器，SASDPZ4;H中的核糖核酸酶₂O缓冲器，SASDP25;H中的木聚糖酶₂O缓冲器，SASDP35;尿酸氧化酶₂O缓冲器，SASDP45;H中的木糖异构酶₂O缓冲器，SASDP55

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低温电磁栅的聚电解质涂层改善了横向分布并防止了大分子聚集

D.赫莱比克,M.Gondová,L.Valentová,T.Füzik公司,A.Přid公司,J.诺瓦切克和P.普列夫卡

在应用样品之前，用单链DNA覆盖低温电子显微镜网格，可以减少大分子的聚集并改善其分布。它可以从传统网格上聚集的样品中确定结构。

EMDB参考:ssDNA涂层格栅上的六聚体，EMD-14679;多孔碳网格上的六聚体，EMD-14680;ssDNA涂层网格上的人80S核糖体，EMD-14704;ssDNA涂层格栅上的脱铁蛋白，EMD-14705

PDB参考:ssDNA涂层格栅上的六聚体，7ze1;ssDNA涂层格栅上的脱铁蛋白，7zg7;ssDNA涂层网格上的人80S核糖体，7zfw

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一种约2.5亿年前的虾青素金属肽酶的发酵潜伏期

T.格瓦拉,A.罗德里格斯-班奎里,W.Stöcker先生,C.贝克尔·保利和F.X.戈米斯·吕斯

马蹄蟹多棘鲎是一种古老的螯合物，是研究肽酶进化和功能的模式生物。它含有一种虾青素金属肽酶，X射线结构分析揭示了其潜伏期的机制。

PDB参考:多棘鲎虾青素酶原，8a28

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糖苷水解酶亚家族GH5_57具有高度重新设计的催化界面来处理复杂的杂-β-甘露聚糖

M.P.马丁斯,M.A.B.Morais博士,G.F.Persinoti公司,R.H.加利纳里,L.Yu先生,Y.Yoshimi先生,F.B.帕索斯修女,T.B.利马,S.F.巴比里,J.L.M.西尔维拉,V.伦巴第,北Terrapon,P.杜普利,B.亨利赛特和村上春树

从水豚肠道微生物群中检索到的一个系统发育距离较远的糖苷水解酶家族5成员显示了一个大而开放的催化界面，适合识别复杂的异甘露聚糖，从而建立了新的GH5_57亚家族。本研究扩展了目前对最大GH家族之一的机制和功能的理解。

PDB参考:盖GH5_57，8d89

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人snRNP组装因子AAR2与PRPF8 RNase H样结构域复合物的结构和功能研究

M.普鲁斯纳,K.F.桑托斯,J.艾利斯,C.英雄,F.海德,M.C.Wahl先生和G.韦伯

人类AAR2的晶体结构与中央剪接体因子PRPF8和在体外功能数据揭示了人类snRNP组装的结构基础。

PDB参考:AAR2绑定到PRPF8 RNaseH域，7pjh

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DNA聚合酶I的晶体结构Thermus公司噬菌体G20c

J.阿赫奎斯特,J.A.Linares-Pastén,A.茉莉花属,M.韦林,M.Hákansson先生,L.A.Svensson公司,L·王,H.瓦兹拉威克,A.瓦尔森,Ó. H.Friðjónsson先生,G.奥斯。Hreggviðsson公司,B.凯特森·斯特里伯尼,E.Glomsaker公司,O.车道,S.Al-Karadaghi公司和E.Nordberg Karlsson公司

DNA聚合酶I的晶体结构Thermus公司噬菌体G20c是一类相关嗜热噬菌体中DNA聚合酶I的第一个晶体结构。该结构揭示了一个称为SβαR的新结构基序，该基序以前在其他DNA聚合酶I（或DNA多聚酶a家族）中没有发现。

PDB参考:PolI_G20c，7r0k;ExnV1，7r0t

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解开光合AB-GAPDH的调控途径

R.马洛塔,A.德尔·朱迪斯,L.Gurieri先生,S.范蒂,P.斯威克,L.加兰提尼,G.法利尼,P.特罗斯特,S.费尔曼尼和F.斯巴拉

光合甘油醛3-磷酸脱氢酶（AB-GAPDH）异构体的调控依赖于完全活性异四聚体（a₂B类₂)并抑制低聚物。实验证据表明，菠菜AB-GAPDH的抑制作用取决于A的二聚体、四聚体或五聚体的形成₂B类₂由B亚单位的C末端延伸连接在一起的模块，该延伸自一个模块四聚体并占据相邻四聚体的两个活性位点。

EMDB参考:GADPH，一个₂B类₂，EMD-13824;A类₄B类₄，EMD-13825;A类₈B类₈，主要确认人，EMD-13826;A类₈B类₈，替代异构体，EMD-13827;A类₁₀B类₁₀，EMD-13828

PDB参考:GADPH，A型₂B类₂，第7季度53;A类₄B类₄，第7季度54;A类₈B类₈，主要确认人，7q55;A类₈B类₈，替代构象，7q56;A类₁₀B类₁₀，第7季度57

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