圆形方法提供了对生物分子小角度散射数据再现性的详细评估,并产生了基准一致性曲线

Trewella J公司瓦切特·P,比尔马J,布兰切特C,布鲁克斯E,查克拉瓦蒂S,Chatzimagas L公司,克利夫兰T,科维森N,克罗塞特B,达夫A,弗兰克·D,加贝尔·F,吉莉兰R,格雷厄特·M,格里沙耶夫A,格斯·J,哈梅尔·M,霍普金斯J,黄Q,轮毂J,胡拉·G,欧文·T,杰弗里斯·C,Jeong C,Kirby N,克鲁格·S,马特尔A,松井T,李恩,佩雷斯J,波尔卡L,PrangéT,拉杰科维奇一世,洛科·M,Rosenberg D,Ryan T,塞弗特·S,Sekiguchi H,斯维尔贡D,泰西拉·S,图鲁A,韦斯·T,惠顿A,木材K,左X,结晶学报D辑结构生物学78(11)(2022)内政部

SASDPQ4公司–共识SAXS概况-尿酸氧化酶

尿酸酶
兆瓦实验的 137 千帕
兆瓦预期 136 千帕
V(V)波罗德 220 纳米
日志I 1.12×100 1.12×10-1 1.12×10-2 1.12×10-3
尿液小角度散射数据 s,纳米-1
以I(s)为单位
Uricase Guinier阴谋 ln 1.13×100 R(右):3.2纳米 0 (3.2纳米)-2 2
(sR)2I(s)/I(0)
Uricase Kratky图 1.104 0 新加坡特别行政区
p(r)
尿液对距离分布函数 R(右):3.2纳米 0 D类最大值:9.2纳米

数据验证


配合和型号


日志I
s,纳米-1
DAMMIN型小便器

日志I
s,纳米-1
尿酶PDB(蛋白质数据库)模型

日志I
s,纳米-1
尿酶PDB(蛋白质数据库)模型

日志I
s,纳米-1
尿酶PDB(蛋白质数据库)模型

日志I
s,纳米-1
尿酶PDB(蛋白质数据库)模型

尿酸氧化酶的一致SAXS曲线由数据合并工具(ATSAS 3.1.0)生成,同时应用了异常值和错误过滤器。输入到数据组合器的数据是由纯SEC-SAXS(6)、纯批次SAXS(2)和合并的SEC-SAXS-批次SAXS(3)数据组成的11个散射剖面。所有贡献的数据都是独立的测量值,在贡献的散射剖面集中,没有任何单个测量值被多次表示。大部分贡献数据的缓冲液为100 mM Tris,pH 8.0,150 mM NaCl。分批测量的蛋白质浓度范围为1-7 mg/mL,所有显示聚集迹象的分批数据均与SEC-SAXS或低浓度数据合并,以消除聚集的任何影响。CRYSOL、Pepsi-SAXS和FoXS计算的尿酸氧化酶原子模型是去除小分子结晶剂的PDB ID 3L8W四聚体,并添加Modloop生成的C末端序列SLKSKL以反映使用SAXS测量的蛋白质序列。自定义WAXSiS计算(使用Gromacs软件)使用相同的坐标,并为MD计算添加显式水和适当数量的离子。

datcombine的数据输入可以在相关的zip文件中下载。模型配合按顺序显示(从上到下):DAMMIN、CRYSOL、百事-SAXS、FoXS和定制WAXSiS。共识SAXS数据的异常良好统计数据通常会导致模型拟合出现较大的χ平方值。

标签:基准
尿酸酶
摩尔类型   蛋白质
有机体   黄曲霉
奥利格。状态   四聚物
周一。兆瓦   34.1千Da
 
UniProt公司   Q00511问题(2-302)
顺序   美国金融服务贸易协会
 
PDB ID   3升8瓦
 
PDB ID   3升8瓦