尿酸氧化酶的一致SAXS曲线由数据合并工具(ATSAS 3.1.0)生成,同时应用了异常值和错误过滤器。输入到数据组合器的数据是由纯SEC-SAXS(6)、纯批次SAXS(2)和合并的SEC-SAXS-批次SAXS(3)数据组成的11个散射剖面。所有贡献的数据都是独立的测量值,在贡献的散射剖面集中,没有任何单个测量值被多次表示。大部分贡献数据的缓冲液为100 mM Tris,pH 8.0,150 mM NaCl。分批测量的蛋白质浓度范围为1-7 mg/mL,所有显示聚集迹象的分批数据均与SEC-SAXS或低浓度数据合并,以消除聚集的任何影响。CRYSOL、Pepsi-SAXS和FoXS计算的尿酸氧化酶原子模型是去除小分子结晶剂的PDB ID 3L8W四聚体,并添加Modloop生成的C末端序列SLKSKL以反映使用SAXS测量的蛋白质序列。自定义WAXSiS计算(使用Gromacs软件)使用相同的坐标,并为MD计算添加显式水和适当数量的离子。
datcombine的数据输入可以在相关的zip文件中下载。模型配合按顺序显示(从上到下):DAMMIN、CRYSOL、百事-SAXS、FoXS和定制WAXSiS。共识SAXS数据的异常良好统计数据通常会导致模型拟合出现较大的χ平方值。
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