圆形方法提供了对生物分子小角度散射数据再现性的详细评估,并产生了基准一致性曲线

Trewella J公司瓦切特·P,比尔马J,布兰切特C,布鲁克斯E,查克拉瓦蒂S,Chatzimagas L公司,克利夫兰T,科维森N,克罗塞特B,达夫A,弗兰克·D,加贝尔·F,吉莉兰R,格雷厄特·M,格里沙耶夫A,格斯·J,哈梅尔·M,霍普金斯J,黄Q,轮毂J,胡拉·G,欧文·T,杰弗里斯·C,Jeong C,Kirby N,克鲁格·S,马特尔A,松井T,李恩,佩雷斯J,波尔卡L,PrangéT,拉杰科维奇一世,洛科·M,Rosenberg D,Ryan T,塞弗特·S,Sekiguchi H,斯维尔贡D,泰西拉·S,图鲁A,韦斯·T,惠顿A,木材K,左X,结晶学报D辑结构生物学78(11)(2022)内政部

SASDP55型–共识SANS概况-H2O缓冲液中的木糖异构酶

木糖异构酶
兆瓦实验的 172 千帕
兆瓦预期 173 千帕
日志I 6.11×10-1个 6.11×10-2 6.11×10-3 6.11×10-4
木糖异构酶小角散射数据 s,纳米-1个
以I(s)为单位
木糖异构酶吉尼尔曲线 长度6.12×10-1个 R(右):3.3纳米 0 (3.3纳米)-2 2
(sR)2I(s)/I(0)
木糖异构酶Kratky图 1.104 0 新加坡特别行政区
p(r)
木糖异构酶对距离分布函数 R(右):3.2纳米 0 D类最大值:9.7纳米

数据验证


配合和型号


日志I
s,纳米-1个
木糖异构酶PDB(蛋白质数据库)模型

日志I
s,纳米-1个
木糖异构酶PDB(蛋白质数据库)模型

日志I
s,纳米-1个
木糖异构酶OTHER模型

通过两步法获得了H2O缓冲液中木糖异构酶的一致SANS图谱。首先,使用数据合并工具(ATSAS 3.1.0)生成了七个蛋白质浓度为0.95–2.4 mg/mL的样本的一致批数据集,并应用了离群值和错误过滤器。随后,将所得曲线与两个样品在6.8 mg/mL下测得的s>0.4 nm-1的数据合并。所有数据均为独立测量值,且在贡献的散射剖面集中,没有任何单个测量值出现多次。缓冲液为50 mM Tris,pH 7.5,100 mM NaCl。CRYSON和Pepsi-SANS拟合的木糖异构酶原子模型是PDB ID 1MNZ四聚体,使用PyMol添加N末端Met,并去除小分子结晶剂。自定义WAXSiS型计算(使用中子散射因子和Gromacs软件)使用相同的坐标,并为MD计算添加显式水和适当数量的离子。

datcombine的数据输入可在相关的zip文件中下载,其中还包括未提取的6列格式数据和分辨率数据。模型拟合按顺序显示(从上到下):CRYSON、Pepsi-SAN和自定义WAXSiS(具有中子散射因子)。

标签:基准
木糖异构酶
摩尔类型   蛋白质
有机体   锈棕色链霉菌
奥利格。状态   四聚物
周一。兆瓦   43.2千帕
 
UniProt公司   第24300页(1-388)
顺序   美国金融服务贸易协会
 
PDB ID   100毫米
 
PDB ID   100万新西兰元