txdb制造商
从基因组注释制作TxDb对象的工具
生物导体版本：释放（3.19）
一组工具，用于从各种来源（例如UCSC、Ensembl和GFF文件）的基因组注释生成TxDb对象。这些工具允许用户下载给定集合的转录物、外显子和CDS的基因组位置，并将其导入TxDb对象。TxDb对象在GenomicFeatures包中实现，以及以方便的格式提取所需特征的灵活方法。
作者：H.Pagès[aut，cre]，M.Carlson[aut]，P.Aboyoun[aut'，s.Falcon[aut]，M.Morgan[aut].Lawrence[ctb]，J.MacDonald[ctb].M.Ramos[ctb]，s.Saini[ctb].Shepherd[ctb]
维护人员：H.Pagès<hpages.on.github at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“txdbmaker”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“txdbmaker”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“txdbmaker”）
细节
| 生物视图 |
注释,数据导入,遗传学,基因组注释,基因组组装,基础设施,排序,软件 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
生物遗传学,S4载体,基因组信息Db(>= 1.39.9),基因组范围,基因组特征 |
| 进口 |
方法、utils、stats、工具，高温气冷堆,rjson语言,数据库接口,RSQ网站(>= 2.0),I范围,UCSC.utils公司,注释Dbi,博科生物,生物IO,rtracklayer公司,生物反应器(>= 2.59.1) |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/txdbmaker网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/Bioconductor/txdbmaker/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
RMariaDB数据库,微型数据库.db,集成数据库,RUnit（运行单位）,仿生风格,针织物 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
我的基因 |
| 导入我 |
ASpli公司,DegNorm（度正常）,EpiTxDb公司,火焰,基因组图,内部专家,ORFik公司,外部,有机体Dbi,QuasR公司,RCAS公司,RNAmodR（无线电导航修改器）,Rhisat2号机组,RiboDiPA公司,crispr设计,crisprViz公司,自定义ProDB,亚eqR2,积极主动,问题BAMr,补偿,核糖体轮廓QC,扫描MiRApp,毛茸茸的,西塔德拉,轨迹查看器,tx转换器,tximeta公司,geneLen数据库 |
| 建议我 |
批注中心,BUSpaRse公司,DEXSeq公司,火焰,基因组特征,基因组范围,SPLINTER公司,拼接图,颠簸猎人,双重麻烦,eisaR公司,雷尔,重新计票,系统管道R |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
