标签：下一步基因测序（NGS）

NCBI跟踪数据库将于2022年6月退役。SRA中提供的数据。

NCBI的追踪档案将于2022年6月17日退役。您可以通过搜索序列片段归档（SRA）在退休时使用TI编号、生物或中心名称。

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序列读取存档使用SRA Lite精简数据

为了响应您对紧凑和快速交付数据的要求，NIH序列片段归档（SRA）现在提供了一种新的数据格式–SRA精简版（图1）。SRA Lite支持使用当前工具进行可靠、快速的数据传输、下载和分析。SRA Lite用简化的读取质量分数取代了提交的基本质量分数（BQS），将平均读取大小减少了约60%，以便更有效地分析和存储大型数据集。该格式旨在反映下一代测序的改进，包括平均读取长度和序列覆盖率的增加。事实上，数据已经改善到足以消除一些质量分数提高基因型准确性(预防性维修识别码：项目经理4439189).

图1。FASTQ公司从SRA Lite格式和SRA配置对话框转储。FASTQ将每个基的质量分数设置为30（ASCII编码中的“？”）。在SRA配置对话框中选择“首选具有简化基本质量分数的SRA Lite文件”以使用SRA Lite。继续阅读“序列读取存档使用SRA Lite精简数据” →

Magic-BLAST 1.6.0版在这里！

我们刚刚发布了的新版本（1.6.0）魔术爆破，基于BLAST的下一代比对工具，具有以下改进：

使用报告-您可以通过共享有关搜索的有限信息来帮助改进Magic BLAST。这个BLAST用户手册包含有关收集的信息、如何使用以及如何选择退出的详细信息。
Magic BLAST可以访问NCBISRA公司当您使用-战略风险评估或-sra_批次选项。请参阅Magic-BLAST食谱了解更多详细信息。
如果目标BLAST数据库中存在NCBI分类ID，则会在SAM输出中报告它们。
通过使用-out_unaligned<文件名>选项。您还可以使用-未对齐的fmt选项。默认格式与主报告的格式相同。

1.6.0版可执行文件可从NCBI FTP站点。请参阅发行说明，的NCBI GitHub站点和魔法爆炸出版了解更多信息。

5月19日网络研讨会：使用新的网络RAPT服务组装和注释原核基因组

2021年5月19日东部时间下午12点加入我们，学习如何使用新的RAPT试点服务只需点击按钮，即可组装和注释公共或私人Illumina基因组，读取细菌或古细菌分离物的序列。RAPT由基因组组装器SKESA和原核基因组注释管道（PGAP）两个主要组成部分组成，并在几个小时内生成质量与RefSeq相当的注释基因组。

日期和时间：2021年5月19日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
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注册后，您将收到一封确认电子邮件，其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后，您可以在NCBI网络研讨会播放列表在上NLM YouTube频道。您可以在网络研讨会和课程页面.

5月20日网络研讨会：使用BigQuery探索云中的SRA元数据

5月20日加入我们，学习如何使用谷歌的大查询从中快速搜索数据云中的序列读取存档（SRA）加快你的生物信息研究和发现项目。BigQuery是一个使用类似SQL的查询探索基于云的数据表的工具。在本次网络研讨会中，我们将向您介绍如何使用BigQuery挖掘SRA提交者提供的元数据以及SRA运行的分类分析结果。您将看到真实的案例研究，其中演示了如何找到有关SRA运行的关键信息，并为您自己的分析管道识别数据集。

日期和时间：2020年5月20日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
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注册后，您将收到一封确认电子邮件，其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后，您可以在NCBI YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

使用BigQuery分类分析表在云中查找SRA数据集！

现在序列读取存档(SRA公司)是在云端公开可用，您可以利用高性能云计算的强大功能来分析所有想要的数据，而无需下载一个字节。为了帮助你以编程方式查找数据集你感兴趣的，我们已经装载了大查询使用SRA元数据表，其中包含提交序列时提供的描述性信息。SRA元数据表的搜索取决于所提交元数据的质量和一致性，这意味着有时识别一组完整且相关的合适序列可能是一个挑战。然而，分类分析表可以成为克服这一挑战的有用工具。原因如下。

当特定物种的序列k-mers在提交的序列中匹配时，NCBI索引SRA使用一个或多个分类术语运行。The 分类分析表因此，（tax_analysis）根据从参考基因组中取样的这些独特散列的特异性和准确性特征，成为每次运行中检测到的所有分类ID的目录。我们现在已经添加了分类分析表到BigQuery，这样您可以按此筛选数十万次运行计算分类内容以收集目标数据集。将其与BigQuery分类表（将学名与分类ID连接起来）并链接回BigQuery元数据表.

探索/链接到这四个新表格在BigQuery中：

tax_analysis_info：STAT工具结果的摘要表
taxanalysis：使用分类分析表，根据kmer对分类树中特定有机体或分支的点击，查找任意数量的运行。
分类法：NCBI分类数据库，您可以在其中根据生物体名称定位taxid。
kmer：包含映射到特定有机体的kmer，允许您继续进一步探索有机体内容。通过构建自定义kmer库，可以在下游分析中利用kmer表。

大查询示例
图1。SRA使用分类表和BigQuery运行taxid:694002β冠状病毒.

查看我们的有用的摘要信息以获取有关分类学分析的更多信息。

我们正在积极研究新的工具和方法，以帮助您使用云访问和计算SRA数据。我们正在BigQuery中试用此新功能，并计划将此信息添加到Amazon Cloud（AWS）中雅典娜很快。

联系我们 sra@ncbi.nlm.nih.gov让我们知道你的想法！

如果您需要帮助，请参阅我们的 教程 和 操作视频播放列表  YouTube上！

SRA云序列有望获得与新冠肺炎相关的更多发现

我们最近宣布我们在两个云平台上公开了所有序列读取档案（SRA）。这个基因序列存档是一个信息宝库，云环境通过一个GCP公司或美国焊接学会账户–直接从您自己的设备上。高通量测序使得数据生成速度极快且成本低廉，这推动了SRA的快速增长。将其放到云中可以进行分析“所有这些序列中的高通量未组装序列数据”.

那么，等待的潜在发现有哪些呢？为了研究一些可能性，我们有持有一系列共同马拉松查看是否可以在SRA云数据集中发现潜伏的已知和未知病毒。扰流板警报–他们是! 就在最近，斯坦福大学的一个团队报道他们通过对SRA的meta-metagenomic搜索确定的数据集进行检查，并使用SRA工具包。该团队面临的一个挑战是下载数据集：2.5TB，相当于大约10个¹³基地花了48个多小时才集合起来。怎么可能基于云的SRA工具使这项任务更容易/更快了吗？方法如下：

大查询：允许本机云编程访问和搜索云中的SRA元数据。 SRA工具包能够分别从云中的SRA数据集检索和读取排序文件以及将文件写入相同的格式。
马上就来到云端的是用于读取对齐和注释管道工具（RAPT）的大规模BLAST处理的工具。这些工具允许直接在云中分析数据，无需下载到本地存储进行分析。
也在工作中是一种机制，可以更好地访问NCBI工具计算的SRA运行的分类内容。

我们不断添加新功能，以更好地支持您的云工作流，我们很乐意为您提供帮助！联系我们sra@ncbi.nlm.nih.gov如果你有问题或需要帮助，开始吧。如果您需要帮助设置GCP或AWS，请按照我们的YouTube上的操作指南视频。

4月8日网络研讨会：利用SRA在云中加速基因组学发现

2019年4月8日星期三下午12点，NCBI工作人员将向您展示如何利用云加速您的研究和发现。您将了解新的和现有的工具和数据，包括大查询,SRA工具包等等。您将了解云中的真实工作流，其中包括NCBI使用SRA数据和来自SRA云客户的案例研究

在本次网络研讨会结束时，您将知道从哪里寻找NCBI的新云产品，访问帮助信息以开始，并将了解如何在云中高效运行分析。

日期和时间：2020年4月8日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
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