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NLM在规模研讨会上宣布重新安排治疗

数据管理在当今的生物医学研究中发挥着关键作用，并确保科学数据可用于未来的研究和重用。在大流行期间，比以往任何时候都更需要尽快向研究人员、医务人员和公众获取科学信息。为了响应对提高管理速度、规模和可靠性的需求，计算机自动化/辅助变得越来越理想。

国家医学图书馆（NLM）很高兴宣布重新安排三天大规模治疗（虚拟）研讨会，将于2022年3月28日至30日举行。

海报摘要提交，截止日期：2022年3月7日
登记处，截止日期：2022年3月21日

NLM研讨会将邀请受邀的演讲者，汇集生物保藏商、自动化策展方法的开发人员和其他利益相关者，并将提供一个机会来了解更多关于生物医学数据策展现状的信息，分享您的研究和挑战，并讨论高级计算技术在科学数据管理中的应用。我们邀请对生物医学数据管理方法和工具感兴趣的学术界、政府、出版商和行业的参与者注册并参加这个激动人心的研讨会。鼓励参与者提交摘要以供海报展示时参考。

使用BigQuery分类分析表在云中查找SRA数据集！

现在序列读取存档(SRA公司)是在云端公开可用，您可以利用高性能云计算的强大功能来分析所有想要的数据，而无需下载一个字节。为了帮助你以编程方式查找数据集你感兴趣的，我们已经装载了大查询使用SRA元数据表，其中包含提交序列时提供的描述性信息。SRA元数据表的搜索取决于所提交元数据的质量和一致性，这意味着有时识别一组完整且相关的合适序列可能是一个挑战。然而，分类分析表可以成为克服这一挑战的有用工具。原因如下。

当特定物种的序列k-mers在提交的序列中匹配时，NCBI索引SRA使用一个或多个分类术语运行。The 分类分析表因此，（tax_analysis）根据从参考基因组中取样的这些独特散列的特异性和准确性特征，成为每次运行中检测到的所有分类ID的目录。我们现在已经添加了分类分析表到BigQuery，这样您可以按此筛选数十万次运行计算分类内容以收集目标数据集。将其与BigQuery分类表（将学名与分类ID连接起来）并链接回BigQuery元数据表.

探索/链接到这四个新表格在BigQuery中：

tax_analysis_info：STAT工具结果的摘要表
taxanalysis：使用分类分析表，根据kmer对分类树中特定有机体或分支的点击，查找任意数量的运行。
分类法：NCBI分类数据库，您可以在其中根据生物体名称定位taxid。
kmer：包含映射到特定有机体的kmer，允许您继续进一步探索有机体内容。通过构建自定义kmer库，可以在下游分析中利用kmer表。

大查询示例
图1。SRA使用分类表和BigQuery为taxid:694002运行β冠状病毒.

查看我们的有用的摘要信息有关分类分析的更多信息。

我们正在积极开发新的工具和方法，帮助您使用云来访问和计算SRA数据。我们正在BigQuery中试用此新功能，并计划将此信息添加到Amazon Cloud（AWS）中雅典娜很快。

联系我们 sra@ncbi.nlm.nih.gov让我们知道你的想法！

如果您需要帮助，请参阅我们的 教程 以及 操作视频播放列表  YouTube上！

NLM在规模研讨会上宣布策展

数据管理在当今的生物医学研究中发挥着关键作用，并确保科学数据可用于未来的研究和重用。为了提高人工管理的速度和范围，人们越来越需要计算机自动化/辅助。

国家医学图书馆（NLM）很高兴宣布为期两天的规模养护研讨会，将于2020年4月27日至28日在美国马里兰州贝塞斯达的国立卫生研究院（NIH）校园举行。由特邀演讲者参加的NLM研讨会将汇集生物验证器、自动化管理方法开发人员和其他利益相关者，并将提供一个机会，了解更多有关生物医学数据管理的现状，分享您的研究和挑战，并讨论先进计算技术在科学数据管理中的应用。我们邀请来自学术界、政府、出版商和行业的参与者参加这个令人兴奋的研讨会，他们对生物医学数据管理中使用的方法和工具感兴趣。鼓励参与者提交摘要以供海报展示时参考。

海报摘要提交截止日期：2020年3月6日

注册截止日期：2020年4月17日

网站：https://www.nlm.nih.gov/curationworkshop2020/index.html

征求建议书：1月在纽约GC举办的“云中单细胞”代码马拉松

纽约基因组中心将于2020年1月15日至17日举办NCBI单细胞云计算竞赛。项目建议书的提交截止日期为12月2日。

请提交您的提案并申请在这里.

范围内有哪些主题？

这场共同竞赛的重点是单细胞数据，包括RNA、DNA和染色质的可及性。我们对SRA数据的管道和分析、数据互操作性以及在集群中使用机器学习技术的建议特别感兴趣。我们也欢迎关于教程管道和教育工具的建议。您将可以访问云中的计算资源，将您的想法转化为工作原型。访问我们的网站例如以前的codeathon项目。

继续阅读“提案征集：1月纽约市政府云计算竞赛中的单细胞” →

1月8日至10日在匹兹堡举行的NIH生物医学数据科学Codeathon

NCBI很高兴于2020年1月8日至10日在宾夕法尼亚州匹兹堡与卡内基·梅隆大学合作，宣布举办生物医学数据科学Codeathon。

我们专门寻找有复杂疾病、精确医学和基因组分析经验的人。如果这描述了您，请应用！这项活动是为研究人员举办的，包括学生和博士后，他们已经参与了生物信息学数据的使用或高通量实验大规模基因组分析管道的开发。这项活动对任何被选中参加codeathon并愿意前往匹兹堡的人开放。

潜在主题包括：

病毒基因组图工具
图像分析管道
RNAseq管线
癌症图像基因组
复杂疾病分析

继续阅读“1月8日至10日在匹兹堡举行的NIH生物医学数据科学Codeathon” →

在落基山基因组黑客大会上展示NCBI的基因组浏览器

2019年6月18日，NCBI的Sanjida Rangwala将在一个会议这是落基山基因组黑客如前所述邮递，NCBI员工也将参与NCBI风格编程马拉松作为大型活动的一部分。基因组浏览器演示将向您展示如何创建视觉效果，提供见解，并显示来自NCBI来源的基因、转录本、变异、表观基因组学和GWAS数据之间的联系。您还将了解如何上传自己的数据并在自己的页面上嵌入NCBI查看器。