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真菌疾病宣传周:NCBI的真菌病原体数据和文献

真菌疾病意识周:NCBI真菌病原数据和文献

这篇文章是为了支持CDC的真菌疾病宣传周-2021年9月20日至24日。

影响真菌病人们往往忽视了对人类健康的影响,但在新冠肺炎大流行期间,真菌感染与严重疾病和死亡之间的联系越来越密切,这使真菌疾病成为人们关注的焦点。

根据疾病预防控制中心,新冠肺炎患者最常见的真菌合并感染包括曲霉菌病或侵袭性念珠菌病,包括来自耳念珠菌其他报告的疾病有毛霉菌病、球虫病和隐球菌病。曲霉病通常由以下原因引起烟曲霉,毛霉菌病根霉属种,球虫病球虫病C.posadasii公司和隐球菌病新型隐球菌.

这篇文章探索了一些NCBI资源,其中包含与这些新冠肺炎相关疾病相关的真菌病原体的相关信息。

组装基因组

下表总结了新冠肺炎患者合并感染相关真菌类群的正确识别和注释基因组组合。这些和许多其他真菌也可以作为精选RefSeq基因组组装.

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参与的实验室向NIH基因检测注册中心提供了70多项新冠肺炎检测

参与的实验室向NIH基因检测注册中心提供了70多项新冠肺炎检测

在新冠肺炎疫情期间,公共卫生领域经常听到的一句话是“测试、测试、测试!”。在有症状或潜在接触的患者中检测SARS-CoV-2病毒的存在,或在疾病痊愈的患者中测试病毒抗体的存在,对于遏制其传播至关重要。去年秋天,NIH基因检测注册中心(全球技术法规)扩大其范围,包括对影响人类健康和疾病的微生物进行分子和血清学测试。它现在包含70多项新冠肺炎测试.

有54种分子遗传测试使用核酸扩增技术检测单个样本或池中的病毒RNA。虽然大多数测试仅检测SARS-CoV-2病毒RNA,但有8项测试检测多个细菌或病毒标记,作为一个小组的一部分。 两次测试在整个病毒基因组的靶向变异分析中检测病毒变异。16项血清学测试检测SARS-CoV-2抗体。

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NCBI RefSeq和gene中最新的与新冠肺炎相关的人类基因注释

对新冠肺炎生物学中涉及的人类基因感兴趣?NCBI的参考序列该小组一直在努力编写一组与冠状病毒感染和疾病有关的人类基因。现在,您可以在NCBI Gene和RefSeq中查看和搜索这些基因及其调控元件。

图1.人体顶部ACE2公司记录在基因数据库中。COVID-19信息可在摘要和注释信息部分中找到。

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冠状病毒宿主基因调控元件现在由RefSeq功能元件注释

新冠肺炎大流行已引起人们对与SARS-CoV-2进入相关的人类宿主基因以及调控这些基因表达的因素的关注。在NCBI,我们优先考虑了对这些基因在RefSeq功能元素项目。 我们的注释包括一些增强子、启动子、顺调控元件和蛋白质结合位点等特征类型。 在最新的人类注释发布中,我们注释了27个不同生物区域的236个调控特征(109.20200522)包括ABO公司ACE2公司,ANPEP公司CD209型CLEC4G公司CLEC4M系列CTSL公司,DPP4(DPP4)、和TMPRSS2型 基因

您可以使用我们的新轨道枢纽我们最近宣布。您还可以看到生物区域和特征轨迹。它们具有功能性和描述性元数据,包括生物区域摘要、实验证据类型、出版物支持等。

图1中的示例显示了NCBI的基因组数据查看器(GDV)中ABO基因区域(GRCh38,NW_009646201.1:73864-103789)人类ABO血型的测定者。最近一项全基因组关联研究发现,非编码ABO变异与新型冠状病毒肺炎严重程度相关(PMID:32558485),映射到此区域中的某些RefSeq功能元素。显示GDV中生物学区域的ABO区域图1。人类ABO基因区在NCBI GDV中显示RefSeq功能元素功能。生物区域聚集轨迹显示ABO上游增强子的潜在特征注释(LOC112637023号),启动子区域(LOC112679202号),+5.8内含子1增强子(位置112679198),3′调控区(LOC112639999号)和a+36.0下游增强子(LOC112637025号).功能元件特征包括许多增强子、启动子、顺调控元件和蛋白质/转录因子结合位点。

我们在网站,包括数据下载和提取选项。请继续关注NCBI见解以及其他NCBI社交媒体,以便将来发布RefSeq Functional Elements!

INSDC关于新冠肺炎期间SARS-CoV-2序列数据共享的声明

国家医学图书馆及其合作伙伴国际核苷酸数据库合作(INSDC)联合发表声明,鼓励科学界将其SARS-CoV-2序列提交给INSDC数据库。这些数据库提供了广泛的开放存取和集成数据、文献和工具,我们认为这些功能在研究界共同理解和打击新型冠状病毒肺炎时至关重要阅读下面的完整陈述。


国际核苷酸序列数据库合作组织(INSDC)的数据库网址:http://www.insdc.org/)捕获、组织、保存和呈现核苷酸序列数据,作为开放科学记录的一部分。INSDC成员机构–EMBL欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI公司)日本NIG DNA数据库(NIG-DDBJ公司)以及NIH国家医学图书馆的国家生物技术信息中心(美国国立生物技术信息中心)–致力于继续提供科学基础设施的这一关键要素。

全球新冠肺炎危机迫切需要快速公开共享疫情相关数据。最重要的是,获取SARS-CoV-2病毒基因组的序列数据对于我们了解新冠肺炎的生物学和传播至关重要。为了帮助这项工作,INSDC的三个成员都优先处理了严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型序列数据,并简化了提交流程。

通过INSDC数据库获得的数据提供了:

    • 快速开放访问–INSDC快速将提交的数据免费提供给每个人,不限制重复使用
    • 将原始序列读取数据链接到基因组集合,使研究人员能够验证集合的完整性,并调查基因组序列中的断言突变和变化
    • 将SARS-CoV-2序列与整个INSDC数据集成,包括相关冠状病毒基因组序列,以便进行物种间的比较
    • 序列与已发表文献的链接
    • 工具–INSDC合作伙伴提供集成数据分析工具,如BLAST,以增强发现过程

为了支持全球应对新冠肺炎危机,INSDC呼吁研究界:

    • 向INSDC数据库提交SARS-CoV-2原始数据
    • 向INSDC的数据库提交一致/汇总的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型数据
    • 作为序列提交的一部分,提供与序列隔离物或样品相关的信息;应至少提供隔离/采样的时间和地点以及隔离/采样标识符,以使序列的值最大化。
    • 如果科学家已经向其他数据库提交了资料,则这些资料应与INSDC的资料同时继续提交

INSDC数据库与全球生物信息学数据基础设施的集成,包括工具、二级数据库、计算能力和管理过程,确保了数据的快速传播,并推动了其最大影响。

除了INSDC成员机构在共享病毒序列数据方面的这些基本作用外,各机构还迅速建立了针对新冠肺炎的项目和资源:欧洲新冠肺炎数据平台来自EMBL-EBI,DDBJ新型冠状病毒研究数据资源NCBI SARS-CoV-2资源这些资源既证明了INSDC数据库与更广泛的生物信息学倡议的联系,也为新冠肺炎研究增加了直接价值。

盖伊·科克伦(EMBL-EBI公司),Ilene Karsch-Mizrachi公司(NCBI-NLM-NIH公司), &Masanori Arita公司(DDBJ公司)代表国际核苷酸序列数据库合作组织

NIH的以COVID为中心的序列读取档案(SRA)数据集现已在AWS上开放访问!

在搜索SARS-CoV-2序列时,您是否渴望以COVID为中心的SRA数据集?好消息-现在有了!我们很高兴地宣布增加了以冠状病毒为中心的数据集(包括来源归一化的SRA公司文件格式)到AWS公共数据集程序。现在可以在AWS开放数据注册.

研究人员现在可以访问超过13000条SRA跑步记录,其中包括冠状病毒科(CoV)内容通过基于kmer的方法识别,使用SRA分类分析工具.

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新NCBI SARS-CoV-2资源页面

您是否正在努力跟上与SARS-CoV-2病毒和相关疾病COVID-19相关的生物资源数量的快速增长?有一个新的第页帮助您在NCBI上找到SARS-CoV-2相关内容(图1)。这个新网站将帮助实验室科学家、生物信息学家、临床医生和其他人获取研究SARS-CoV-2和结束新冠肺炎大流行所需的信息。Cov-2_BLOG公司图1。新的SARS-CoV-2资源页面提供对数据提交、文献、分子信息和临床资源的访问。

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简化SARS-CoV-2数据的提交,并实现快速周转

sars-cov-2提交登录页

图1。SARS-CoV-2提交登录页,您可以在其中向GenBank或SRA提交。您还可以查看与SARS-CoV-2相关的其他资源。

使用NCBI的新功能和特殊支持,快速轻松地将SARS-CoV-2序列数据添加到不断增长的公共存档中。我们的新的SARS-CoV-2序列提交登录页将帮助您开始。GenBank提交的文件将在大约1-2个工作日内加入并发布,以及序列片段归档(SRA)提交通常在数小时内处理和发布。提交很简单!

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CORD-19:一种新的机器可读COVID-19文献数据集

你有兴趣挖掘有关新冠肺炎和新型SARS-Cov-2病毒的文献吗?您可能想查看COVID-19开放研究数据集(CORD-19)。CORD-19系列是由PMC、WHO、bioRxiv和medRxiv收集的13000多篇关注新型冠状病毒和冠状病毒的全文文章。为了制作这个数据集,国家医学图书馆与艾伦人工智能研究所、Chan Zuckerberg倡议(CZI)、乔治敦大学安全与新兴技术中心(CSET)、微软公司Kaggle和白宫科技政策办公室(OSTP)的同事合作。

CORD-19可用并将每周更新新文章。文章数据采用JSON格式,这使得该集合非常适合于数据挖掘、机器学习和自然语言处理等计算方法。我们希望这一系列能够成为行动呼吁让社区更好地了解冠状病毒及其引起的人类疾病。看看吧,让我们知道你的想法!