标签：RNA-Seq号

在NCBI的基因表达综合数据库（GEO）中搜索、下载和可视化人类RNA-Seq基因表达数据

你有兴趣在50万个样本的数千个实验研究中访问一致计算的基因表达计数矩阵吗？现在你可以了！我们很高兴地宣布基因表达计数矩阵由所有人类RNA-seq研究产生地理位置.

搜索

您可以通过搜索GEO数据集找到RNA-seq计数的研究 “rnaseq计数”[过滤器]. 继续阅读“在NCBI的基因表达总表（GEO）中搜索、下载和可视化人类RNA-Seq基因表达数据” →

YouTube上的NCBI：定制MSA Viewer、SciENcv、植物和RNA-Seq数据、数据集和PubMed

错过了YouTube上的一些视频？这是最新的我们的频道.

自定义MSA查看器，使您的分析更轻松

我们不断改进多序列比对（MSA）查看器。此视频演示了几个新的流行功能，包括更改数据列、隐藏选定行、分析多态性等功能。

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在NCBI的Genome data Viewer中查看GEO、SRA或dbGaP数据轨迹

你知道吗，你可以在NCBI的基因组数据查看器（GDV）中看到表观基因组或其他实验数据？

您可以轻松地将来自GEO、SRA和dbGaP的对齐研究结果作为数据轨迹添加到GDV浏览器视图。只需转到工具栏上的“轨迹”按钮，然后选择菜单选项以配置轨迹。导航到弹出的“配置”面板上的“查找曲目”选项卡(图1).

基因组数据浏览器的屏幕截图，显示“轨迹”菜单和“查找轨迹”选项卡 — **图1。**转到浏览器工具栏上的“曲目”菜单，然后选择“配置曲目”选项。这将启动一个面板，您可以在其中添加、配置、删除和搜索数据轨迹。转到“查找曲目”选项卡，搜索要添加到浏览器视图中的曲目。注意：在搜索中，空格充当AND运算符，并接受通配符。

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序列读取存档使用SRA Lite精简数据

为了响应您对紧凑和快速交付数据的要求，NIH序列片段归档（SRA）现在提供了一种新的数据格式——SRA精简版（图1）。SRA Lite支持使用当前工具进行可靠、快速的数据传输、下载和分析。SRA Lite用简化的读取质量分数取代了提交的基本质量分数（BQS），将平均读取大小减少了约60%，以便更有效地分析和存储大型数据集。该格式旨在反映下一代测序的改进，包括平均读取长度和序列覆盖率的增加。事实上，数据已经改善到足以消除一些质量分数提高基因型准确性(预防性维修识别码：项目经理4439189).

图1。FASTQ公司从SRA Lite格式和SRA配置对话框转储。FASTQ将每个基的质量分数设置为30（ASCII编码中的“？”）。在SRA配置对话框中选择“首选具有简化基本质量分数的SRA Lite文件”以使用SRA Lite。继续阅读“序列读取档案使用SRA-Lite精简数据” →

8月18日网络研讨会：寻找研究生物体的数据：植物和RNA-Seq数据

2021年8月18日，东部时间下午12点，加入我们的第二次网络研讨会，为您的非模型研究有机体寻找数据。在本次网络研讨会中，您将学习如何使用NCBI的网络资源获取植物物种的数据黑杨木。您将了解如何从中查找、访问和分析基因和序列数据数据集集合以及其他NCBI网络资源，以及来自SRA公司以及SRA运行选择器。您还将看到一个示例，其中重点介绍了如何在中设置的典型工作流中使用和分析这些数据Jupyter笔记本使用NCBI下一代对准器魔法爆炸以获得样本的相对基因表达水平。

日期和时间：2021年8月18日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
注册

注册后，您将收到一封确认电子邮件，其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后，您可以在NCBI网络研讨会播放列表在上NLM YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

Magic-BLAST 1.6.0版在这里！

我们刚刚发布了的新版本（1.6.0）魔法爆炸基于BLAST的next-gen对齐工具，具有以下改进：

使用情况报告-您可以通过共享有关搜索的有限信息来帮助改进Magic-BLAST。这个BLAST用户手册包含有关收集的信息、如何使用以及如何选择退出的详细信息。
Magic BLAST可以访问NCBISRA公司当您使用-战略风险评估或-sra_批次选项。请参阅Magic-BLAST食谱了解更多详细信息。
如果目标BLAST数据库中存在NCBI分类ID，则在SAM输出中报告NCBI分类ID。
通过使用-out_unaligned<文件名>选项。您还可以使用-未对齐的fmt选项。默认格式与主报告的格式相同。

1.6.0版可执行文件可从NCBI FTP站点。请参阅发行说明，的NCBI GitHub站点和魔法爆炸出版了解更多信息。

在基因组数据查看器和序列查看器中查看内含子特征证据

你是基因生物学的研究人员吗？你对你的基因或感兴趣的基因中的其他剪接模式感兴趣吗？如果是这样的话，请务必探索以下图形视图中可用的内含子功能证据：NCBI注释的基因组组合。您可以查看用于调用基因剪接变异体的NCBI证据，添加其他内含子特征证据轨迹，并使用新的显示和筛选选项来更容易解释数据。

图1。图形视图单胺氧化酶基因(MAOA公司,MOAB公司)人类X染色体上显示内含子特征轨迹的区域（“RNA-seq内含子特征，聚集”和“Intropolis公司RNA-Seq内含子特征’）。将鼠标移到插入功能上可激活工具提示这显示了剪接位点的读取次数、染色体上的位置、内含子的长度以及剪接位点上的供体和受体碱基等细节。Intropolis曲目是通过配置轨迹菜单并进行了配置（底部菜单），以便按串对功能进行排序和筛选，从而只显示读取数大于500的功能。

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5月20日网络研讨会：使用BigQuery探索云中的SRA元数据

5月20日加入我们，学习如何使用谷歌的大查询从云中的序列读取存档（SRA）加快你的生物信息研究和发现项目。BigQuery是一个使用类似SQL的查询探索基于云的数据表的工具。在本次网络研讨会中，我们将向您介绍如何使用BigQuery挖掘SRA提交者提供的元数据以及SRA运行的分类分析结果。您将看到真实的案例研究，其中演示了如何找到有关SRA运行的关键信息，并为您自己的分析管道识别数据集。

日期和时间：2020年5月20日，星期三，美国东部时间下午12:00–下午12:45
注册

注册后，您将收到一封确认电子邮件，其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后，您可以在NCBI YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

4月8日网络研讨会：利用SRA在云中加速基因组学发现

2019年4月8日星期三下午12点，NCBI工作人员将向您展示如何利用云加速您的研究和发现。您将了解新的和现有的工具和数据，包括大查询,SRA工具包等等。您将了解云中的真实工作流，其中包括NCBI使用SRA数据和来自SRA云客户的案例研究

在本次网络研讨会结束时，您将知道从哪里寻找NCBI的新云产品，访问帮助信息以开始，并将了解如何在云中高效运行分析。

日期和时间：2020年4月8日，星期三，美国东部时间下午12:00–下午12:45
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