标签：NCBI原核基因组注释管道（PGAP）

现已推出：NCBI隐马尔可夫模型（HMM）14.0版！

下载14.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型（HMM）原核生物基因组注释管道（PGAP）！使用HMMER序列分析包裹。继续阅读“现在可用：NCBI隐马尔可夫模型（HMM）14.0版！” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）13.0版现已推出！

NCBI蛋白质谱13.0版本原核基因组注释管道（PGAP）现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能？

13.0版本包含：

NCBI维护的16143个HMM
自12.0版以来，共有315个新HMM
286个HMM，有更好的名称、EC编号、基因本体（GO）术语、基因符号或出版物

继续阅读“NCBI隐马尔可夫模型（HMM）13.0版现已推出！” →

新增！2023年5月发布独立PGAP

我们很高兴宣布发布新版本单机版的原核基因组注释管道（PGAP）具有许多令人激动的新功能。

改进的用户界面

这个版本有一个改进的用户界面，可以直接在命令行上获取基因组FASTA文件和相关的生物体名称。例如，要注释霍乱弧菌Vchol.fasta文件中的基因组序列：

pgap.py-r-g霍乱弧菌fasta-s霍乱弧菌-o霍乱弧菌annot

有关更多详细信息，请访问我们的快速入门第页。继续阅读“新增！2023年5月发布独立PGAP” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）12.0版现已推出！

NCBI蛋白质谱12.0版原核基因组注释管道（PGAP）现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

有什么新功能？

12.0版包含：

NCBI维护的15849个HMM
自11.0版以来，共有271个新HMM
1248个HMM，具有更好的名称、EC编号、，基因本体论（GO）术语、基因符号或出版物

继续阅读“NCBI Hidden Markov Models（HMM）12.0版现已推出！” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）11.0版现已推出！

原核生物基因组注释管道使用的NCBI蛋白质剖面隐马尔可夫模型（HMM）11.0版(PGAP公司)现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。继续阅读“NCBI隐马尔可夫模型（HMM）11.0版现已推出！” →

PGAP的新版本现已推出！

我们很高兴宣布单机版的新版本原核基因组注释管道（PGAP）。此版本通过使用以下方法提供PGAP注释基因组组装的完整性和污染评估，帮助您解释结果检查M.

CheckM为分类检查（–taxcheck，–auto-correct-tax）提供的物种或返回的物种使用一组谱系特异性基因。完整性越高，污染越低，装配越好！如果担心污染，请尝试FCS-GX公司，是一种用于检测原核和真核基因组组装中外来污染物的高度敏感工具。

这个新版本还包含代码更改，可以改进对一些长基因的预测，特别是在低复杂度区域。而且，与每一个版本一样，PGAP都包含了来自蛋白质家族模型集合提高了PGAP的结构和功能注释的精度。

请尝试此新版本并分享你的经历和我们一起！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）10.0版现已发布！

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型（HMM）的10.0版(PGAP公司)现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

10.0版本包含由NCBI维护的15360个模型，包括自9.0以来的228个新模型，99个显著修改的模型，205个分配了更好的名称、EC编号、，基因本体论（GO）术语、基因符号或出版物。您可以在蛋白质家族模型集合，其中还包括保守的域体系结构和BlastRules，并查找所有参考序列它们命名的蛋白质。

与HMM相关的GO术语现在被传播到CDSs和用PGAP注释的蛋白质。如果您错过了，请参阅我们的上一篇博客文章关于这个话题。

欢迎参加2022年ASM Microbe大会

美国微生物学会（ASM）微生物会议将于6月9日至13日在华盛顿特区举行。

NCBI工作人员Michael Feldgarden博士将获得ASM颁发的研究奖。其他NCBI工作人员将展示有关NCBI资源的海报，也将在我们的展位（#1128）上提供，以解决您的问题。过来看看有什么新功能，并提供反馈。我们希望在那里见到你！查看NCBI的活动时间表：继续阅读“欢迎参加2022年ASM Microbe大会，参加NCBI” →

RAPT中的新功能：更好的分类分配和GO注释

我们很高兴宣布对Read汇编和Annotation Pipeline Tool的两项改进(RAPT公司)，它允许您组装细菌或古细菌分离物的基因组读数，并在单击按钮时注释其基因。

改进了分类学分配

现在，RAPT会验证您提供的读物中的学名，并根据需要使用平均核苷酸身份进行更正(ANI公司)工具，它将您的基因组与GenBank（基因银行）将其放在分类树中。因此，即使你对测序的物种只有一个大致的了解，根据你的基因组定制的输入数据集也将用于注释，你将从RAPT中获得尽可能最好的基因集。继续阅读“RAPT中的新功能：更好的分类分配和GO注释” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）8.0版现已推出！

原核生物基因组注释管道使用的NCBI隐马尔可夫模型（HMM）8.0版(PGAP公司)，现在可用于下载。您可以使用HMMER公司序列分析包。

8.0版本包含15358个型号，其中包括自7.0版本以来新增的160个型号。此外，我们还添加了更好的名称、EC编号、，基因本体论（GO）超过550个现有HMM的术语、基因符号或出版物。您可以在蛋白质家族模型集合它还包括保守的域结构和BlastRules，并找到所有它们命名的RefSeq蛋白。

与HMM相关的GO术语现在传播到用PGAP注释的编码序列和蛋白质。如果您错过了，请参阅我们的上一篇博客文章关于这个话题。